半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）性腺发育中性别相关基因挖掘及Sox基因家族生物信息学分析
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-25页 |
| 1 高通量转录组的概述 | 第11-15页 |
| 1.1 转录组与转录组学 | 第11页 |
| 1.2 转录组研究技术 | 第11-12页 |
| 1.3 基于转录组数据的共表达网络构建 | 第12-15页 |
| 2 鱼类性腺转录组学研究 | 第15-18页 |
| 2.1 鱼类性腺概述 | 第15-16页 |
| 2.2 半滑舌鳎早期性腺分化与发育研究 | 第16-17页 |
| 2.3 性腺转录组分析 | 第17-18页 |
| 3 鱼类性别相关基因研究 | 第18-21页 |
| 3.1 芳香化酶基因 | 第18-19页 |
| 3.2 vasa基因 | 第19页 |
| 3.3 foxl2基因 | 第19-20页 |
| 3.4 dmrt基因 | 第20页 |
| 3.5 其它性别相关基因 | 第20-21页 |
| 4 Sox基因家族概述 | 第21-22页 |
| 4.1 Sox基因家族的鉴定 | 第21页 |
| 4.2 Sox基因亚族分类及成员 | 第21-22页 |
| 4.3 Sox基因与性别决定及分化 | 第22页 |
| 5 本论文研究的意义 | 第22-25页 |
| 第二章 半滑舌鳎早期性腺转录组分析 | 第25-37页 |
| 1 材料和方法 | 第25-28页 |
| 1.1 半滑舌鳎性腺材料收集 | 第25-26页 |
| 1.2 RNA样品提取及处理 | 第26-27页 |
| 1.3 数据质控和过滤 | 第27页 |
| 1.4 基因表达值计算 | 第27-28页 |
| 1.5 雌雄差异表达基因筛选 | 第28页 |
| 2 结果与分析 | 第28-35页 |
| 2.1 RNA-Seq测序数据比对统计 | 第28-32页 |
| 2.2 基因覆盖度分析 | 第32-33页 |
| 2.3 雌雄差异表达基因的筛选 | 第33-35页 |
| 3 讨论 | 第35-37页 |
| 第三章 性别决定、分化及性腺发育相关基因挖掘 | 第37-49页 |
| 1 实验数据和处理方法 | 第38-40页 |
| 1.1 实验数据 | 第38页 |
| 1.2 数据处理 | 第38-40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-46页 |
| 2.1 雌雄差异表达基因功能分类 | 第40-41页 |
| 2.2 雌雄差异基因生物通路富集分析 | 第41-42页 |
| 2.3 半滑舌鳎早期性腺的基因共表达网络构建 | 第42-43页 |
| 2.4 半滑舌鳎性别功能相关基因模块的挖掘 | 第43-45页 |
| 2.5 性别相关基因挖掘及网络拓扑结构可视化 | 第45-46页 |
| 3 讨论 | 第46-49页 |
| 第四章 半滑舌鳎Sox基因家族生物信息学分析 | 第49-59页 |
| 1 材料和方法 | 第50-52页 |
| 1.1 半滑舌鳎基因组及转录组本地数据库建立 | 第50页 |
| 1.2 半滑舌鳎Sox基因家族分离、鉴定 | 第50页 |
| 1.3 Sox基因蛋白保守结构域分析 | 第50页 |
| 1.4 Sox基因结构分析及染色体定位 | 第50-51页 |
| 1.5 Sox基因进化分析 | 第51页 |
| 1.6 Sox基因表达分析 | 第51页 |
| 1.7 相关网站 | 第51-52页 |
| 2 结果与分析 | 第52-57页 |
| 2.1 半滑舌鳎Sox基因家族成员的分离及鉴定 | 第52-53页 |
| 2.2 半滑舌鳎Sox基因家族蛋白结构域分析 | 第53-54页 |
| 2.3 半滑舌鳎Sox基因结构分析 | 第54页 |
| 2.4 半滑舌鳎Sox基因家族染色体定位 | 第54-55页 |
| 2.5 半滑舌鳎Sox基因进化分析 | 第55-56页 |
| 2.6 半滑舌鳎Sox基因表达分析 | 第56-57页 |
| 3 讨论 | 第57-59页 |
| 全文总结 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-71页 |
| 附录 | 第71-79页 |
| 硕士期间论文发表情况 | 第79-81页 |
| 致谢 | 第81页 |
