| 摘要 | 第12-14页 |
| Abstract | 第14页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-25页 |
| 1.1 芍药概述 | 第15页 |
| 1.2 芍药种子休眠的研究进展 | 第15-16页 |
| 1.3 种子休眠的激素调控机制 | 第16-19页 |
| 1.3.1 ABA在种子萌发过程中的作用 | 第17-18页 |
| 1.3.2 BR在种子萌发过程中的作用 | 第18页 |
| 1.3.3 乙烯在种子萌发过程中的作用 | 第18页 |
| 1.3.4 GA在种子萌发过程中的作用 | 第18-19页 |
| 1.4 DELLA蛋白的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4.1 DELLA蛋白的结构 | 第19页 |
| 1.4.2 DELLA蛋白的功能 | 第19-20页 |
| 1.5 RNA-Seq技术的研究进展 | 第20-22页 |
| 1.5.1 RNA-Seq技术的发展 | 第20-21页 |
| 1.5.2 RNA-Seq的优势 | 第21-22页 |
| 1.5.3 RNA-Seq研究基因的差异表达 | 第22页 |
| 1.6 本研究的目的意义及技术路线 | 第22-25页 |
| 1.6.1 本研究的目的意义 | 第22-23页 |
| 1.6.2 本研究的内容和技术路线 | 第23-25页 |
| 第二章 芍药种子下胚轴萌发前后转录组样品的测序 | 第25-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第25页 |
| 2.1.2 测序材料准备 | 第25页 |
| 2.1.3 试验仪器与试剂 | 第25-26页 |
| 2.2 试验方法 | 第26-29页 |
| 2.2.1 操作前有关器皿及药品的处理 | 第26页 |
| 2.2.2 芍药种子总RNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.3 总RNA的检测 | 第27页 |
| 2.2.4 cDNA文库的构建和Illumina HiSeq2000测序 | 第27-28页 |
| 2.2.5 数据过滤和de novo拼接 | 第28页 |
| 2.2.6 基因功能注释及分类 | 第28页 |
| 2.2.7 预测编码蛋白框CDS | 第28-29页 |
| 2.2.8 SSR分析 | 第29页 |
| 2.3 结果与分析 | 第29-34页 |
| 2.3.1 RNA提取质量评估 | 第29页 |
| 2.3.2 转录组测序及序列拼接 | 第29页 |
| 2.3.3 基因功能注释结果 | 第29-30页 |
| 2.3.4 Unigene的GO功能分类注释 | 第30页 |
| 2.3.5 Unigene的KOG功能分类注释 | 第30-31页 |
| 2.3.6 KEGG pathways分析 | 第31-32页 |
| 2.3.7 SSR信息分析 | 第32-33页 |
| 2.3.8 Unigene的编码蛋白(CDS)预测结果 | 第33-34页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第34-36页 |
| 2.4.1 小结 | 第34-35页 |
| 2.4.2 讨论 | 第35-36页 |
| 第三章 芍药种子下胚轴萌发前后的差异表达基因分析 | 第36-45页 |
| 3.1 试验材料 | 第36页 |
| 3.2 试验方法 | 第36-37页 |
| 3.2.1 差异基因表达水平聚类分析 | 第36页 |
| 3.2.2 差异基因GO富集分析 | 第36页 |
| 3.2.3 差异基因KEGG富集分析 | 第36-37页 |
| 3.2.4 qRT-PCR分析 | 第37页 |
| 3.3 结果与分析 | 第37-43页 |
| 3.3.1 差异表达基因的筛选 | 第37-38页 |
| 3.3.2 差异基因表达模式聚类 | 第38-39页 |
| 3.3.3 差异表达基因的GO功能显著性富集结果 | 第39-41页 |
| 3.3.4 差异表达基因的Pathway显著性富集分析 | 第41-42页 |
| 3.3.5 植物激素信号转导通路中与种子萌发相关的基因的qRT-PCR验证 | 第42-43页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第43-45页 |
| 3.4.1 小结 | 第43页 |
| 3.4.2 讨论 | 第43-45页 |
| 第四章 DELLA蛋白PlGAI1基因的克隆及功能分析 | 第45-58页 |
| 4.1 试验材料 | 第45-46页 |
| 4.1.1 试验材料及处理 | 第45页 |
| 4.1.2 菌株与载体 | 第45页 |
| 4.1.3 试验试剂 | 第45页 |
| 4.1.4 仪器与耗材 | 第45页 |
| 4.1.5 溶液的配制 | 第45-46页 |
| 4.1.6 试验所用引物生物信息学软件 | 第46页 |
| 4.2 试验方法 | 第46-50页 |
| 4.2.1 操作前有关器皿及药品的处理 | 第46页 |
| 4.2.2 芍药种子总RNA的提取 | 第46页 |
| 4.2.3 cDNA的合成 | 第46-47页 |
| 4.2.4 芍药DELLA蛋白PlGAI1基因全长ORF的克隆 | 第47-50页 |
| 4.3 结果与分析 | 第50-57页 |
| 4.3.1 芍药种子总RNA的提取 | 第50页 |
| 4.3.2 芍药DELLA蛋白PlGAI1基因全长的克隆 | 第50-51页 |
| 4.3.3 PlGAI1基因编码的蛋白质序列分析 | 第51-53页 |
| 4.3.4 PlGAI1基因编码的蛋白质相关结构的分析 | 第53-55页 |
| 4.3.5 PlGAl1蛋白质二级结构分析 | 第55-56页 |
| 4.3.6 PlGAI1蛋白质三级结构分析 | 第56页 |
| 4.3.7 亚细胞的初步定位 | 第56-57页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第57-58页 |
| 4.4.1 小结 | 第57页 |
| 4.4.2 讨论 | 第57-58页 |
| 第五章 DELLA蛋白PlGAI1基因的原核表达分析 | 第58-69页 |
| 5.1 试验材料 | 第58页 |
| 5.1.1 试验材料及处理 | 第58页 |
| 5.1.2 菌株与载体 | 第58页 |
| 5.1.3 主要生化试剂 | 第58页 |
| 5.1.4 仪器与耗材 | 第58页 |
| 5.2 试验方法 | 第58-66页 |
| 5.2.1 RNA的提取及cDNA的制备 | 第58页 |
| 5.2.2 引物设计与PCR扩增 | 第58-60页 |
| 5.2.3 表达载体pET-32a(+)质粒的线性化 | 第60-61页 |
| 5.2.4 PCR产物与表达载体pET-32a(+)的同源重组 | 第61页 |
| 5.2.5 连接产物的转化 | 第61页 |
| 5.2.6 质粒提取与鉴定 | 第61-63页 |
| 5.2.7 克隆鉴定 | 第63页 |
| 5.2.8 重组蛋白的表达 | 第63页 |
| 5.2.9 表达产物的SDS-PAGE检测 | 第63-65页 |
| 5.2.10 重组蛋白的纯化 | 第65-66页 |
| 5.3 结果与分析 | 第66-68页 |
| 5.3.1 RNA的检测和cDNA的检测 | 第66页 |
| 5.3.2 提取质粒的检测 | 第66-67页 |
| 5.3.3 PlGAI1基因编码的蛋白在大肠杆菌中的表达 | 第67页 |
| 5.3.4 目的蛋白的纯化 | 第67-68页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第68-69页 |
| 5.4.1 小结 | 第68页 |
| 5.4.2 讨论 | 第68-69页 |
| 第六章 结论 | 第69-70页 |
| 6.1 芍药种子下胚轴萌发前后转录组测序结果 | 第69页 |
| 6.2 芍药种子下胚轴萌发前后的差异基因 | 第69页 |
| 6.3 成功克隆芍药种子PlGAI1基因 | 第69页 |
| 6.4 芍药种子PlGAI1基因编码的蛋白在大肠杆菌中明显表达 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第77-78页 |
