关于乳腺癌的基因共表达网络分析及药物预测
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 引言 | 第10页 |
| 1.2 研究背景 | 第10-12页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.4 本文主要研究内容 | 第14页 |
| 1.5 论文组织结构 | 第14-16页 |
| 第2章 相关概念与算法 | 第16-29页 |
| 2.1 RNA-Seq数据 | 第16-17页 |
| 2.2 数据库 | 第17-20页 |
| 2.2.1 TCGA数据库 | 第17-18页 |
| 2.2.2 DAVID | 第18-19页 |
| 2.2.3 GEO数据库 | 第19-20页 |
| 2.2.4 MCE数据库 | 第20页 |
| 2.3 差异基因分析方法 | 第20-21页 |
| 2.4 WGCNA构建步骤 | 第21-26页 |
| 2.4.1 定义相似矩阵 | 第22-23页 |
| 2.4.2 定义邻接函数 | 第23页 |
| 2.4.3 邻接函数参数选择 | 第23-24页 |
| 2.4.4 确定节点间相异度 | 第24页 |
| 2.4.5 鉴定基因模块 | 第24-25页 |
| 2.4.6 WGCNA相关术语 | 第25-26页 |
| 2.5 差异模块分析方法 | 第26-29页 |
| 2.5.1 模块差异关联分析 | 第26-27页 |
| 2.5.2 模块差异基因相关性分析 | 第27-29页 |
| 第3章 数据预处理与差异基因筛选 | 第29-36页 |
| 3.1 数据预处理 | 第29-33页 |
| 3.1.1 数据来源 | 第29-30页 |
| 3.1.2 数据正则化处理 | 第30-31页 |
| 3.1.3 限制编码蛋白质基因 | 第31页 |
| 3.1.4 去除离群样本 | 第31-33页 |
| 3.2 差异基因筛选 | 第33-36页 |
| 第4章 基因共表达网络构建与模块分析 | 第36-46页 |
| 4.1 基因共表达网络构建 | 第36-38页 |
| 4.1.1 软阈值确定 | 第36-37页 |
| 4.1.2 基因模块识别 | 第37-38页 |
| 4.2 模块差异关联分析 | 第38-40页 |
| 4.3 模块功能富集分析 | 第40-41页 |
| 4.4 模块差异基因相关性分析 | 第41-45页 |
| 4.5 本章小结 | 第45-46页 |
| 第5章 药物预测 | 第46-49页 |
| 总结与展望 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 攻读学位期间公开发表论文 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 作者简介 | 第57页 |
