| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-28页 |
| 1.1 中国猪遗传资源概况 | 第11-13页 |
| 1.1.1 中国猪遗传资源的结构 | 第11-12页 |
| 1.1.2 中国地方猪遗传资源种质特性 | 第12-13页 |
| 1.2 中国地方猪遗传资源的保护 | 第13-15页 |
| 1.2.1 中国地方猪遗传资源的保种进程 | 第13-14页 |
| 1.2.2 中国地方猪遗传资源保种方法 | 第14-15页 |
| 1.2.3 地方猪保种群体现行的保种制度 | 第15页 |
| 1.3 遗传多样性评估手段及指标 | 第15-20页 |
| 1.3.1 遗传多样性 | 第15-16页 |
| 1.3.2 遗传多样性检测手段 | 第16-17页 |
| 1.3.3 基于分子标记评估遗传多样性的指标 | 第17-20页 |
| 1.3.4 基因组遗传多样性 | 第20页 |
| 1.4 全基因组重测序及应用 | 第20-24页 |
| 1.4.1 Illumina HiSeq测序原理及流程概述 | 第21-22页 |
| 1.4.2 全基因组重测序的分析策略 | 第22-23页 |
| 1.4.3 全基因组重测序的研究进展 | 第23-24页 |
| 1.5 计算机模拟在畜禽保种中的研究进展 | 第24-28页 |
| 1.5.1 基于群体遗传学理论对畜禽保种方案的模拟研究 | 第25-26页 |
| 1.5.2 基于分子标记对畜禽保种方案的模拟研究 | 第26-28页 |
| 第二章 研究意义与技术路线 | 第28-31页 |
| 2.1 研究意义 | 第28页 |
| 2.2 研究目标 | 第28页 |
| 2.3 研究方案 | 第28-31页 |
| 第三章 基于全基因组重测序对太湖猪高繁殖力种质特性的研究 | 第31-68页 |
| 3.1 引言 | 第31页 |
| 3.2 材料与方法 | 第31-50页 |
| 3.2.1 试验动物、细胞、菌株及质粒 | 第31-32页 |
| 3.2.2 试剂及细胞培养耗材 | 第32-33页 |
| 3.2.3 主要仪器设备 | 第33页 |
| 3.2.4 主要溶液配制 | 第33-35页 |
| 3.2.5 分析软件 | 第35页 |
| 3.2.6 猪耳组织基因组DNA提取 | 第35-36页 |
| 3.2.7 测序文库构建及全基因组重测序流程 | 第36页 |
| 3.2.8 数据分析流程 | 第36-38页 |
| 3.2.9 基因分型 | 第38-39页 |
| 3.2.10 组织总RNA提取 | 第39-40页 |
| 3.2.11 Quantitative PCR反应 | 第40-42页 |
| 3.2.12 猪ESR1基因克隆及表达载体构建 | 第42-44页 |
| 3.2.13 猪BMPR1B基因内含子调控区活性检测 | 第44-46页 |
| 3.2.14 染色质免疫共沉淀 | 第46-48页 |
| 3.2.15 冰冻切片 | 第48页 |
| 3.2.16 Western Blot免疫印记 | 第48-50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-66页 |
| 3.3.1 全基因组重测序数据概况 | 第50-52页 |
| 3.3.2 选择性清除分析 | 第52-58页 |
| 3.3.3 太湖猪正选择信号分析 | 第58-59页 |
| 3.3.4 太湖猪受选择位点功能富集分析 | 第59页 |
| 3.3.5 太湖猪高繁殖力候选基因——BMPR1B基因 | 第59-62页 |
| 3.3.6 BMPR1B基因内含子Ⅰ的突变对猪高繁殖性状的遗传效应分析 | 第62-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-67页 |
| 3.4.1 候选的受选择区域与太湖猪种质特性分析 | 第66页 |
| 3.4.2 随机遗传遗传漂变对品种种质特性的影响 | 第66页 |
| 3.4.3 非编码突变对性状形成的效应 | 第66-67页 |
| 3.4.4 BMPR1B基因对繁殖力的影响 | 第67页 |
| 3.5 小结 | 第67-68页 |
| 第四章 利用全基因组SNP标记监测猪保种群体遗传多样性变化的研究 | 第68-88页 |
| 4.1 引言 | 第68页 |
| 4.2 材料与方法 | 第68-70页 |
| 4.2.1 基础群的产生 | 第68-69页 |
| 4.2.2 保种群实施的保种策略以及群体遗传多样性估计 | 第69页 |
| 4.2.3 基于IBD概率的基因组遗传多样性 | 第69-70页 |
| 4.2.4 家系基因组组分分析 | 第70页 |
| 4.3 结果与分析 | 第70-85页 |
| 4.3.1 基础群的产生及标记密度的选择 | 第70-71页 |
| 4.3.2 保种群遗传多样性的动态变化 | 第71-74页 |
| 4.3.3 基于IBD和IBS的基因组遗传多样性和近交系数在保种世代间的变化规律 | 第74-76页 |
| 4.3.4 遗传漂变对小保种群体基因频率的影响 | 第76-77页 |
| 4.3.5 公猪家系基因组组分分析 | 第77-82页 |
| 4.3.6 母猪家系基因组组分分析 | 第82-85页 |
| 4.4 讨论 | 第85-87页 |
| 4.4.1 遗传多样性评估指标的相关性及灵敏性分析 | 第85-86页 |
| 4.4.2 影响遗传多样性评估标记选择的因素 | 第86-87页 |
| 4.4.3 双标SNP标记对优化保种策略的效应 | 第87页 |
| 4.5 小结 | 第87-88页 |
| 第五章 讨论 | 第88-90页 |
| 5.1 品种分子种质特性的挖掘的必要性 | 第88-89页 |
| 5.2 基于"品种种质特性"监测保种效果 | 第89页 |
| 5.3 展望 | 第89-90页 |
| 第六章 结论 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-97页 |
| 致谢 | 第97-99页 |
| 附录 | 第99-107页 |
| 作者简历 | 第107-108页 |
