| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-25页 |
| 1.1 实时合成测序技术 | 第11-17页 |
| 1.1.1 焦磷酸测序技术 | 第11-14页 |
| 1.1.2 离子半导体DNA测序技术 | 第14-15页 |
| 1.1.3 荧光焦磷酸测序技术 | 第15-16页 |
| 1.1.4 单分子实时测序(SMRT)技术 | 第16-17页 |
| 1.2 实时合成测序相关生物信息学 | 第17-23页 |
| 1.2.1 同聚物问题 | 第17-19页 |
| 1.2.2 基因组重测序序列比对 | 第19-21页 |
| 1.2.3 特征分析 | 第21-23页 |
| 1.3 本论文研究的目的及内容 | 第23-24页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第23页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第23-24页 |
| 1.4 本章小结 | 第24-25页 |
| 第二章 两核苷酸实时合成测序相关算法 | 第25-61页 |
| 2.1 两核苷酸实时合成测序编码解码原理 | 第25-32页 |
| 2.1.1 字符编码解码算法 | 第27-28页 |
| 2.1.2 一阶模式编码解码算法 | 第28-29页 |
| 2.1.3 按位编码解码算法 | 第29-31页 |
| 2.1.4 颜色编码及解码 | 第31-32页 |
| 2.2 两核苷酸实时合成测序模拟算法 | 第32-36页 |
| 2.3 两核苷酸实时合成测序数据处理 | 第36-59页 |
| 2.3.1 两核苷酸实时合成测序序列比对算法 | 第36-58页 |
| 2.3.2 两核苷酸实时合成测序反向互补序列的转化 | 第58-59页 |
| 2.4 本章小结 | 第59-61页 |
| 第三章 两核苷酸实时合成测序特征分析 | 第61-71页 |
| 3.1 测序错误 | 第61-62页 |
| 3.2 SNP突变、“缺失”/“插入”位点的识别 | 第62-65页 |
| 3.3 特征分析算法 | 第65-70页 |
| 3.3.1 识别序列两两比对中的所有非匹配点 | 第65-68页 |
| 3.3.2 限制参数的设置 | 第68-69页 |
| 3.3.3 运用两核甘酸实时合成测序特征 | 第69-70页 |
| 3.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 两核苷酸实时合成测序信息分析系统实现 | 第71-81页 |
| 4.1 编码及解码 | 第71-74页 |
| 4.1.1 编码 | 第71-73页 |
| 4.1.2 解码 | 第73-74页 |
| 4.2 序列比对 | 第74-78页 |
| 4.2.1 基于Homopolymer-Aware-Smith-Waterman-Gotoh序列比对 | 第74-76页 |
| 4.2.2 基于Peaks-Aware-Smith-Waterman-Gotoh序列比对 | 第76-78页 |
| 4.3 特征分析 | 第78-80页 |
| 4.3.1 识别序列两两比对中的所有非匹配点 | 第78-79页 |
| 4.3.2 限制参数的设置 | 第79页 |
| 4.3.3 运用两核苷酸实时合成测序特征分析 | 第79-80页 |
| 4.4 本章小结 | 第80-81页 |
| 第五章 总结与展望 | 第81-85页 |
| 5.1 总结 | 第81-82页 |
| 5.2 展望 | 第82-85页 |
| 参考文献 | 第85-89页 |
| 作者简介 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
