| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 引言 | 第10-40页 |
| 1.1 核糖体的结构与功能 | 第10-17页 |
| 1.1.1 核糖体的结构 | 第10-14页 |
| 1.1.2 核糖体的功能：蛋白质的翻译过程 | 第14-17页 |
| 1.2 核糖体组装过程的研究 | 第17-29页 |
| 1.2.1 核糖体体外组装过程的研究 | 第18-20页 |
| 1.2.2 核糖体体内组装过程的研究 | 第20-22页 |
| 1.2.3 核糖体体内组装与体外组装的比较 | 第22-23页 |
| 1.2.4 组装因子在核糖体体内组装过程中的作用 | 第23-29页 |
| 1.3 冷冻电镜技术及其在核糖体组装过程研究中的应用 | 第29-34页 |
| 1.3.1 电子显微镜成像 | 第29-30页 |
| 1.3.2 冷冻电镜技术的主要方法 | 第30-31页 |
| 1.3.3 冷冻电镜技术的发展 | 第31-32页 |
| 1.3.4 冷冻电镜技术在核糖体组装过程研究中的应用 | 第32-34页 |
| 1.4 枯草芽孢杆菌 50S亚基组装因子YlqF研究进展 | 第34-36页 |
| 1.5 本课题研究内容及研究意义 | 第36-40页 |
| 1.5.1 本课题的主要研究内容 | 第36-37页 |
| 1.5.2 本课题研究的理论意义 | 第37页 |
| 1.5.3 本课题研究的应用价值 | 第37-40页 |
| 第2章 枯草芽孢杆菌 50S大亚基组装中间体的研究 | 第40-91页 |
| 2.1 引言 | 第40页 |
| 2.2 主要实验仪器 | 第40-41页 |
| 2.3 实验材料与方法-成熟 50S亚基部分 | 第41-53页 |
| 2.3.1 枯草芽孢杆菌成熟 50S亚基的纯化 | 第41-43页 |
| 2.3.2 冷冻电镜样品制备 | 第43-45页 |
| 2.3.3 冷冻电镜数据收集 | 第45-48页 |
| 2.3.4 冷冻电镜数据处理 | 第48-52页 |
| 2.3.5 搭建原子模型 | 第52-53页 |
| 2.4 实验材料与方法- 45S组装中间体部分 | 第53-60页 |
| 2.4.1 45S组装中间体的纯化 | 第53-55页 |
| 2.4.2 45S组装中间体的鉴定 | 第55页 |
| 2.4.3 定量质谱对 45S组装中间体蛋白质组成进行定量分析 | 第55-57页 |
| 2.4.4 45S组装中间体电镜数据处理 | 第57-58页 |
| 2.4.5 构建各类组装中间体的原子模型 | 第58-59页 |
| 2.4.6 构建各组装中间体原子模型的温度图谱（Temperature Map） | 第59-60页 |
| 2.5 实验结果 | 第60-89页 |
| 2.5.0 成熟 50S大亚基的提取、纯化 | 第60-61页 |
| 2.5.1 成熟 50S大亚基结构解析 | 第61-64页 |
| 2.5.2 45S核糖体的纯化、验证 | 第64-66页 |
| 2.5.3 不成熟 45S亚基蛋白质组成的定量质谱分析 | 第66-70页 |
| 2.5.4 不成熟 45S核糖体颗粒的二维图像分析 | 第70-72页 |
| 2.5.5 不成熟 45S组装中间体的冷冻电镜三维结构分析 | 第72-78页 |
| 2.5.6 45S组装中间体的功能中心是高度不稳定的 | 第78-81页 |
| 2.5.7 45S组装中间体 23S rRNA的结构域IV和V没有完成正确组装 | 第81-84页 |
| 2.5.8 H38的重定向是 50S亚基组装后期关键的限速步骤 | 第84-86页 |
| 2.5.9 体内 50S大亚基后期组装过程模型 | 第86-89页 |
| 2.6 本章小结 | 第89-91页 |
| 第3章 大亚基组装因子YlqF与 50S亚基相互作用的研究 | 第91-108页 |
| 3.1 引言 | 第91页 |
| 3.2 实验仪器 | 第91页 |
| 3.3 实验材料与实验方法 | 第91-96页 |
| 3.3.1 ylqF△N10菌株中不成熟 45S核糖体的纯化与结构解析 | 第91-92页 |
| 3.3.2 枯草芽孢杆菌YlqF蛋白的过量表达与纯化 | 第92-95页 |
| 3.3.3 YlqF与 50S或 45S核糖体的结合验证以及二者复合物的获得 | 第95-96页 |
| 3.3.4 YlqF与 50S/45S复合物冷冻电镜样品制备、数据收集与数据处理 | 第96页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第96-106页 |
| 3.4.1 ylqF△N10菌株中不成熟 45S核糖体结构解析 | 第96-98页 |
| 3.4.2 YlqF蛋白质的过量表达、纯化 | 第98-99页 |
| 3.4.3 YlqF与50S/45S结合验证以及二者复合物的组装 | 第99-102页 |
| 3.4.4 YlqF与 45S组装中间体复合物结构 | 第102-104页 |
| 3.4.5 YlqF与成熟 50S亚基复合物结构 | 第104-105页 |
| 3.4.6 YlqF在 50S亚基组装过程中的功能分析 | 第105-106页 |
| 3.5 本章小结 | 第106-108页 |
| 第4章 其他工作：MecA-ClpC复合物的冷冻电镜结构研究 | 第108-114页 |
| 4.1 引言 | 第108-109页 |
| 4.2 实验方法 | 第109页 |
| 4.2.1 MecA和ClpC突变体的纯化与六聚体复合物的装配 | 第109页 |
| 4.2.2 冷冻电镜样品制备 | 第109页 |
| 4.2.4 原子模型的柔性Fitting（Flexible Fitting） | 第109页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第109-112页 |
| 4.3.1 四种状态复合物的冷冻电镜结构解析 | 第109-110页 |
| 4.3.2 中央孔洞的可塑性和D1 loop的位置 | 第110-111页 |
| 4.3.3 MecA的N端结构域控制底物进入ClpC解旋酶 | 第111页 |
| 4.3.4 核苷酸水解诱导D1和D2两层环状结构之间的相对旋转 | 第111-112页 |
| 4.4 本章小结 | 第112-114页 |
| 第5章 讨论与展望 | 第114-119页 |
| 5.1 总结 | 第114-118页 |
| 5.1.1 研究内容总结 | 第114-116页 |
| 5.1.2 相关讨论：核糖体组装的质量控制机制 | 第116-117页 |
| 5.1.3 冷冻电镜技术在本研究中的重要作用 | 第117-118页 |
| 5.2 展望 | 第118-119页 |
| 5.2.1 YlqF作用机制方面 | 第118页 |
| 5.2.2 大亚基组装过程研究方面 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第135页 |
