| 摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-28页 |
| 1.1 苏云金芽胞杆菌的介绍 | 第13-16页 |
| 1.1.1 苏云金芽胞杆菌的系统分类 | 第13页 |
| 1.1.2 苏云金芽胞杆菌的发现 | 第13页 |
| 1.1.3 苏云金芽胞杆菌的杀虫活性研究 | 第13-14页 |
| 1.1.4 苏云金芽胞杆菌的组学研究 | 第14-16页 |
| 1.2 苏云金芽胞杆菌CT-43菌株的介绍 | 第16页 |
| 1.2.1 苏云金芽胞杆菌CT-43菌株的来源、分型和杀虫活性 | 第16页 |
| 1.2.2 苏云金芽胞杆菌CT-43菌株的全基因组 | 第16页 |
| 1.2.3 苏云金芽胞杆菌CT-43菌株的转录组 | 第16页 |
| 1.3 细菌调节RNA的研究现状 | 第16-27页 |
| 1.3.1 细菌调节RNA的多样性 | 第16-21页 |
| 1.3.1.1 细菌sRNA的介绍 | 第17-18页 |
| 1.3.1.2 细菌核酸开关的介绍 | 第18-20页 |
| 1.3.1.3 细菌CRISPR系统的介绍 | 第20-21页 |
| 1.3.2 细菌sRNA的研究现状 | 第21-23页 |
| 1.3.2.1 细菌sRNA的生物信息学预测与分析策略 | 第21页 |
| 1.3.2.2 细菌sRNA研究的实验方法 | 第21-22页 |
| 1.3.2.3 细菌sRNA的生化生理功能 | 第22-23页 |
| 1.3.3 细菌核酸开关的研究现状 | 第23-27页 |
| 1.3.3.1 细菌核酸开关的生物信息学研究 | 第23-24页 |
| 1.3.3.2 细菌核酸开关研究的实验方法 | 第24页 |
| 1.3.3.3 文献报道的核酸开关 | 第24-25页 |
| 1.3.3.4 核酸开关串联重复结构 | 第25页 |
| 1.3.3.5 c-di-GMP核酸开关 | 第25-26页 |
| 1.3.3.6 c-di-GMP核酸开关的应用研究 | 第26-27页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第27-28页 |
| 1.4.1 学术研究的意义 | 第27页 |
| 1.4.2 应用研究的意义 | 第27-28页 |
| 2 材料和方法 | 第28-55页 |
| 2.1 材料 | 第28-35页 |
| 2.1.1 引物、质粒和菌株 | 第28-32页 |
| 2.1.2 主要耗材、药品和仪器 | 第32-34页 |
| 2.1.2.1 常规分子克隆实验的试剂 | 第32-33页 |
| 2.1.2.2 蓝白斑显色和β-半乳糖苷酶试验的试剂 | 第33页 |
| 2.1.2.3 感受态制备用的缓冲液 | 第33页 |
| 2.1.2.4 主要耗材 | 第33页 |
| 2.1.2.5 主要仪器 | 第33-34页 |
| 2.1.3 培养基和相关溶液 | 第34-35页 |
| 2.1.3.1 培养基配方 | 第34页 |
| 2.1.3.2 抗生素配制及使用方法 | 第34页 |
| 2.1.3.3 诱导剂IPTG的配制及使用方法 | 第34-35页 |
| 2.2 方法 | 第35-55页 |
| 2.2.1 生物信息学预测与分析 | 第35-37页 |
| 2.2.1.1 基因间隔区序列的提取 | 第35页 |
| 2.2.1.2 基因间隔区序列与转录组数据的整合 | 第35页 |
| 2.2.1.3 转录基因间隔区序列的注释 | 第35-36页 |
| 2.2.1.4 非ρ因子依赖性的孤儿终止子的预测 | 第36页 |
| 2.2.1.5 孤儿启动子的预测 | 第36页 |
| 2.2.1.6 假定sRNA二级结构的预测 | 第36页 |
| 2.2.1.7 c-di-GMP核酸开关二级结构的模拟和热稳定性分析 | 第36-37页 |
| 2.2.2 常规分子克隆实验 | 第37-39页 |
| 2.2.2.1 感受态细胞的制备 | 第37页 |
| 2.2.2.2 质粒抽提 | 第37页 |
| 2.2.2.3 总DNA抽提 | 第37页 |
| 2.2.2.4 目的片段的PCR扩增 | 第37-38页 |
| 2.2.2.5 PCR产物的纯化 | 第38页 |
| 2.2.2.6 目的片段及载体的酶切消化 | 第38页 |
| 2.2.2.7 酶切产物的纯化 | 第38页 |
| 2.2.2.8 线性化载体和目的片段的连接环化 | 第38页 |
| 2.2.2.9 连接产物转化感受态细胞 | 第38页 |
| 2.2.2.10 转化子的筛选 | 第38-39页 |
| 2.2.2.11 重组质粒序列的验证 | 第39页 |
| 2.2.3 两个质粒共转化感受态细胞 | 第39页 |
| 2.2.4 电转化构建重组菌株的方法 | 第39页 |
| 2.2.4.1 电转化感受态细胞的制备 | 第39页 |
| 2.2.4.2 电转化及复苏培养 | 第39页 |
| 2.2.5 重组质粒及重组菌株构建过程 | 第39-48页 |
| 2.2.5.1 筛选孤儿启动子的重组质粒及重组菌株 | 第39-41页 |
| 2.2.5.2 考察核酸开关转录控制的重组质粒及重组菌株 | 第41-44页 |
| 2.2.5.3 环鸟苷二磷酸环化酶基因pleD的表达质粒 | 第44-45页 |
| 2.2.5.4 考察核酸开关响应c-di-GMP的重组质粒及重组菌株 | 第45-47页 |
| 2.2.5.5 c-di-GMP传感器测试质粒pRP0122-Pbe-atr及其实验菌株 | 第47-48页 |
| 2.2.6 蓝白筛选实验 | 第48-49页 |
| 2.2.6.1 菌种准备 | 第48-49页 |
| 2.2.6.3 LB固体培养基显色平板准备 | 第49页 |
| 2.2.6.3 接种及菌斑培养 | 第49页 |
| 2.2.7 β-半乳糖苷酶试验 | 第49-51页 |
| 2.2.7.1 菌种准备和二次转接扩大培养 | 第49页 |
| 2.2.7.2 样品准备及一次生长曲线制备 | 第49页 |
| 2.2.7.3 样品的前处理 | 第49-50页 |
| 2.2.7.4 β-半乳糖苷酶酶活力测定 | 第50页 |
| 2.2.7.5 总蛋白含量测定 | 第50页 |
| 2.2.7.6 β-半乳糖苷酶比活力的计算 | 第50-51页 |
| 2.2.8 传感器菌株的菌体颜色观察 | 第51-52页 |
| 2.2.8.1 菌种准备和二次转接扩大培养 | 第51页 |
| 2.2.8.2 IPTG诱导表达pleD | 第51页 |
| 2.2.8.3 菌液样品处理 | 第51页 |
| 2.2.8.4 拍照记录 | 第51-52页 |
| 2.2.9 荧光分光光度法测定菌液的荧光强度 | 第52页 |
| 2.2.9.1 菌液样品准备 | 第52页 |
| 2.2.9.2 仪器参数设定 | 第52页 |
| 2.2.9.3 荧光波谱扫描和数据处理 | 第52页 |
| 2.2.10 激光扫描共聚焦显微镜荧光成像 | 第52-55页 |
| 2.2.10.1 菌液样品准备 | 第52页 |
| 2.2.10.2 仪器参数设定 | 第52-54页 |
| 2.2.10.3 激光扫描共聚焦显微镜荧光成像及图像处理 | 第54-55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-69页 |
| 3.1 假定sRNA的生物信息学预测 | 第55-56页 |
| 3.2 假定sRNA的专用孤儿启动子的筛选 | 第56-57页 |
| 3.3 假定sRNA的二级结构预测 | 第57-58页 |
| 3.4 c-di-GMP核酸开关的保守性分析 | 第58-60页 |
| 3.4.1 c-di-GMP核酸开关的注释 | 第58-59页 |
| 3.4.2 3个重复单元间的序列及二级结构保守性分析 | 第59-60页 |
| 3.5 c-di-GMP核酸开关及其串联重复结构的调节机制 | 第60-61页 |
| 3.5.1 c-di-GMP核酸开关的调节机制 | 第60页 |
| 3.5.2 c-di-GMP核酸开关串联重复结构的调节动力学模型 | 第60-61页 |
| 3.6 实验考察c-di-GMP核酸开关串联重复结构的调节特征 | 第61-64页 |
| 3.6.1 Bt c-di-GMP-I串联重复结构的转录控制 | 第61-63页 |
| 3.6.2 Bt c-di-GMP-I串联重复结构对c-di-GMP的应答 | 第63-64页 |
| 3.7 c-di-GMP传感器的测试 | 第64-69页 |
| 3.7.1 c-di-GMP传感器的设计原理 | 第64-65页 |
| 3.7.2 利用报道基因pleD对c-di-GMP传感器进行测试 | 第65-67页 |
| 3.7.3 c-di-GMP传感器的稳定性 | 第67-69页 |
| 4 讨论 | 第69-72页 |
| 4.1 苏云金芽胞杆菌的sRNA筛选 | 第69页 |
| 4.2 c-di-GMP核酸开关串联重复结构的研究 | 第69-70页 |
| 4.3 c-di-GMP传感器的设计与测试 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-81页 |
| 致谢 | 第81页 |
