| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-39页 |
| 1. 线粒体与线粒体基因组 | 第13-25页 |
| 1.1. 真核生物的线粒体 | 第13-14页 |
| 1.2. 三羧酸循环与ATP的合成 | 第14页 |
| 1.3. 线粒体的遗传体系 | 第14-15页 |
| 1.4. 线粒体基因组 | 第15-23页 |
| 1.5. 线粒体DNA与DNA条形码 | 第23-25页 |
| 2. 分子进化与系统发育 | 第25-30页 |
| 2.1. 核酸序列的演化 | 第26-27页 |
| 2.2. 系统发育的推断 | 第27-29页 |
| 2.3. 分子钟假说 | 第29-30页 |
| 3. 昆虫基因组研究进展 | 第30-39页 |
| 3.1. 基因组研究概述 | 第30-32页 |
| 3.2. 基因组的进化 | 第32-33页 |
| 3.3. 昆虫基因组研究现状 | 第33-39页 |
| 第2章 重要害螨的线粒体基因组测序 | 第39-77页 |
| 1. 材料与方法 | 第42-48页 |
| 1.1. 物种的鉴定 | 第42页 |
| 1.2. DNA的提取 | 第42页 |
| 1.3. ITS2的PCR扩增 | 第42-43页 |
| 1.4. PCR-RFLP酶切鉴定 | 第43页 |
| 1.5. cox1基因的扩增 | 第43-44页 |
| 1.6. PCR产物回收 | 第44页 |
| 1.7. 连接与转化反应 | 第44-45页 |
| 1.8. 质粒提取 | 第45页 |
| 1.9. 测序 | 第45-46页 |
| 1.10. 长片段PCR扩增全线粒体基因组 | 第46-47页 |
| 1.11. 长片段测序 | 第47-48页 |
| 1.12. 序列分析 | 第48页 |
| 2. 结果与分析 | 第48-74页 |
| 2.1. 测序数据质控 | 第48-50页 |
| 2.2. 叶螨线粒体基因组注释与比较 | 第50-74页 |
| 3. 讨论 | 第74-77页 |
| 第3章 叶螨科线粒体基因组进化模式的分析 | 第77-89页 |
| 1. 材料与方法 | 第78-79页 |
| 1.1. 序列来源 | 第78页 |
| 1.2. 分析方法 | 第78-79页 |
| 2. 结果与分析 | 第79-88页 |
| 2.1. 线粒体基因组碱基组成的分析 | 第79-83页 |
| 2.2. 线粒体基因组遗传距离的分析 | 第83页 |
| 2.3. 线粒体基因组进化模式的分析 | 第83-86页 |
| 2.4. 线粒体基因组碱基替换的饱和性分析 | 第86-87页 |
| 2.5. 叶螨科系统发生的重建 | 第87-88页 |
| 3. 讨论 | 第88-89页 |
| 第4章 螯肢亚门线粒体基因组系统发育的研究 | 第89-103页 |
| 1. 材料与方法 | 第90-91页 |
| 1.1. 序列来源 | 第90页 |
| 1.2. 系统发生 | 第90-91页 |
| 2. 结果与分析 | 第91-100页 |
| 2.1. 鳌肢亚门(Chelicerata)线粒体基因组的系统发育分析 | 第91-92页 |
| 2.2. 不同数据集构建的进化树 | 第92-100页 |
| 3. 讨论 | 第100-103页 |
| 第5章 叶螨转录组的比较与进化分析 | 第103-133页 |
| 1. 材料与方法 | 第104-107页 |
| 1.1. 转录组测序 | 第104页 |
| 1.2. 测序数据质量剪切及统计 | 第104-105页 |
| 1.3. 转录组从头组装 | 第105页 |
| 1.4. ORF预测 | 第105页 |
| 1.5. 功能注释 | 第105-106页 |
| 1.6. 直系同源基因分析 | 第106页 |
| 1.7. 微卫星的查找 | 第106-107页 |
| 2. 结果与分析 | 第107-130页 |
| 2.1. 原始数据质控与拼接 | 第107-108页 |
| 2.2. 注释 | 第108-122页 |
| 2.3. 直系同源基因分析 | 第122-126页 |
| 2.4. 微卫星的查找 | 第126-130页 |
| 3. 讨论 | 第130-133页 |
| 全文总结 | 第133-135页 |
| 参考文献 | 第135-155页 |
| 附录1 | 第155-164页 |
| 附录2 | 第164-166页 |
| 附录3 | 第166-168页 |
| 附录4 | 第168-169页 |
| 附录5 | 第169-170页 |
| 附录6 | 第170-179页 |
| 学术论文发表情况 | 第179-181页 |
| 致谢 | 第181页 |