基于最大熵隐马尔可夫模型的基因启动子识别
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-12页 |
| ·国内外研究进展 | 第8-9页 |
| ·本文的研究背景 | 第9-10页 |
| ·本文的研究内容及研究方法 | 第10-12页 |
| 第二章 方法 | 第12-30页 |
| ·基于隐马尔可夫模型的启动子识别方法 | 第12-16页 |
| ·HMM | 第12-13页 |
| ·基于Profile HMM的启动子模型构建 | 第13页 |
| ·识别流程 | 第13-16页 |
| ·Baum-Welch算法 | 第14-15页 |
| ·前向算法 | 第15-16页 |
| ·基于最大熵马尔可夫模型的启动子识别方法 | 第16-25页 |
| ·最大熵模型 | 第16-20页 |
| ·通用迭代算法 | 第18-19页 |
| ·改进迭代算法 | 第19-20页 |
| ·最大熵马尔可夫模型 | 第20-21页 |
| ·方法流程 | 第21-25页 |
| ·分析提取特征 | 第22-23页 |
| ·基于GIS算法训练MEMM模型 | 第23-24页 |
| ·MEMM-前向算法 | 第24-25页 |
| ·基于最大熵隐马尔可夫模型的启动子识别方法 | 第25-30页 |
| ·ME-HMM | 第25-26页 |
| ·基于模体(Motif)的启动子模型构建 | 第26-27页 |
| ·识别流程 | 第27-30页 |
| ·基于IIS算法训练ME-HMM | 第28-29页 |
| ·MEHMM前向算法 | 第29-30页 |
| 第三章 实验验证 | 第30-38页 |
| ·数据选用与格式 | 第30页 |
| ·编程环境 | 第30-31页 |
| ·实验过程 | 第31-38页 |
| ·HMM | 第31-33页 |
| ·MEMM | 第33-35页 |
| ·ME-HMM | 第35-38页 |
| 第四章 实验结果 | 第38-42页 |
| ·阈值 | 第38页 |
| ·可靠性检验 | 第38-39页 |
| ·性能评价 | 第39-42页 |
| ·评价指标 | 第39-40页 |
| ·性能分析 | 第40-42页 |
| 第五章 讨论 | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-46页 |
| 致谢 | 第46-48页 |
| 攻读学位期间完成和发表的学术论文 | 第48页 |
