| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 前言 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-17页 |
| 1 基于新一代代测序技术 (NGS) 的转录组测序 (RNA-seq) | 第10-14页 |
| ·新一代测序技术 (NGS) | 第10-11页 |
| ·新一代测序技术 (NGS) 简介 | 第10页 |
| ·新一代测序技术优缺点 | 第10-11页 |
| ·转录组测序 (RNA-seq) | 第11-14页 |
| ·RNA-seq简介 | 第11页 |
| ·RNA-seq测序平台 | 第11页 |
| ·RNA-seq原理及流程 | 第11-12页 |
| ·RNA-seq优势 | 第12页 |
| ·RNA-seq在植物转录组中的应用 | 第12-13页 |
| ·挑战与展望 | 第13-14页 |
| 2 SSR分子标记研究进展 | 第14-16页 |
| ·SSR分子标记概述 | 第14页 |
| ·SSR分子标记开发 | 第14-15页 |
| ·SSR分子标记来源 | 第14页 |
| ·SSR分子标记开发技术 | 第14-15页 |
| ·SSR分子标记在木犀属中的应用 | 第15-16页 |
| ·问题与展望 | 第16页 |
| 3 研究目的与意义 | 第16-17页 |
| 第二章 短丝木犀转录组测序信息分析 | 第17-32页 |
| 1 引言 | 第17页 |
| 2 材料和方法 | 第17-20页 |
| ·材料和处理 | 第17页 |
| ·总RNA的提取及检测 | 第17页 |
| ·转录组测序 | 第17-18页 |
| ·测序质量评估 | 第18-19页 |
| ·生物信息学分析 | 第19-20页 |
| ·转录本拼接 | 第19页 |
| ·功能注释及分类 | 第19页 |
| ·预测编码蛋白框 (Coding sequence, CDS) | 第19-20页 |
| 3 结果与分析 | 第20-30页 |
| ·RNA提取与检测 | 第20页 |
| ·转录组测序质量 | 第20页 |
| ·转录组拼接组装结果 | 第20-22页 |
| ·功能注释及分类 | 第22-29页 |
| ·功能注释结果 | 第22-23页 |
| ·基因分类结果 | 第23-29页 |
| ·CDS (Coding sequences) 预测 | 第29-30页 |
| 4 结论与讨论 | 第30-32页 |
| ·转录组测序及拼接 | 第30-31页 |
| ·功能注释及分类 | 第31-32页 |
| 第三章 SSR位点挖掘与SSR引物开发 | 第32-47页 |
| 1 引言 | 第32页 |
| 2 材料和方法 | 第32-36页 |
| ·实验材料 | 第32-33页 |
| ·植物材料 | 第32-33页 |
| ·试剂、仪器及设备 | 第33页 |
| ·方法与流程 | 第33-36页 |
| ·DNA提取与检测 | 第33-34页 |
| ·SSR位点查找与分析和引物设计 | 第34页 |
| ·多态性引物筛选 | 第34-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-45页 |
| ·SSR位点信息分析 | 第36-42页 |
| ·微卫星位点分布特征与比较 | 第36-39页 |
| ·微卫星重复次数和长度分布 | 第39-42页 |
| ·微卫星多态性预测 | 第42页 |
| ·SSR引物设计 | 第42-43页 |
| ·DNA提取与检测 | 第43页 |
| ·引物的筛选及多态性检测 | 第43-45页 |
| 4 结论与讨论 | 第45-47页 |
| ·短丝木犀转录组SSR位点分布特征 | 第45-46页 |
| ·SSR引物设计、筛选和多态性检测 | 第46-47页 |
| 第四章 总结 | 第47-49页 |
| 1 主要结论 | 第47-48页 |
| 2 主要创新点 | 第48页 |
| 3 问题和不足 | 第48页 |
| 4 展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-56页 |
