| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-11页 |
| 第一章 HIV与艾滋病 | 第11-36页 |
| ·简介 | 第11-12页 |
| ·HIV结构和基因组 | 第12-13页 |
| ·HIV生命周期 | 第13-16页 |
| ·病毒入胞 | 第13-14页 |
| ·病毒RNA基因组逆转录 | 第14-15页 |
| ·病毒DNA基因整合到宿主细胞核染色体 | 第15页 |
| ·基因表达 | 第15页 |
| ·病毒颗粒形成和释放 | 第15-16页 |
| ·病毒成熟 | 第16页 |
| ·HIV-1药物治疗 | 第16-18页 |
| ·抗逆转录病毒药物 | 第16-17页 |
| ·耐药性 | 第17-18页 |
| ·HIV-1整合酶结构、功能和抑制 | 第18-25页 |
| ·整合酶结构 | 第18-19页 |
| ·整合酶功能 | 第19-20页 |
| ·整合酶-LEDGF/p75相互作用 | 第20-21页 |
| ·整合酶抑制剂 | 第21-23页 |
| ·整合酶突变引起的耐药性 | 第23-25页 |
| ·分子模拟方法在HIV-1整合酶中的研究进展 | 第25-26页 |
| ·本章小结 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-36页 |
| 第二章 基于结构的药物设计相关计算方法 | 第36-49页 |
| ·简介 | 第36页 |
| ·计算方法 | 第36-45页 |
| ·同源模建 | 第36-39页 |
| ·分子对接 | 第39-40页 |
| ·分子动力学模拟 | 第40-42页 |
| ·结合自由能 | 第42-44页 |
| ·残基作用网络 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45页 |
| 参考文献 | 第45-49页 |
| 第三章 抗HIV药物Raltegravir的作用机制研究 | 第49-66页 |
| ·研究背景 | 第49页 |
| ·模型和方法 | 第49-51页 |
| ·同源模建 | 第49-50页 |
| ·HIV-1整合体及其与Raltegravir结合模型的构建 | 第50页 |
| ·分子动力学模拟 | 第50-51页 |
| ·结合自由能计算 | 第51页 |
| ·结果和讨论 | 第51-61页 |
| ·HIV-1整合体及其与Raltegravir的结合模型 | 第51-53页 |
| ·分动力学模拟轨迹的监控 | 第53-55页 |
| ·病毒DNA与HIV-1整合酶作用机理 | 第55-58页 |
| ·Raltegravir作用机制 | 第58-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 第四章 HIV-1整合酶突变引起的对Raltegravir的耐药性机理研究 | 第66-81页 |
| ·研究背景 | 第66页 |
| ·模型和方法 | 第66-68页 |
| ·结构准备 | 第66-67页 |
| ·分子动力学模拟 | 第67页 |
| ·结合自由能计算 | 第67-68页 |
| ·结合自由能分解 | 第68页 |
| ·熵变计算 | 第68页 |
| ·结果和讨论 | 第68-77页 |
| ·体系的平衡 | 第68-69页 |
| ·HIV-1整合体与Raltegravir复合物的结构 | 第69-74页 |
| ·结合自由能 | 第74-75页 |
| ·HIV-1整合酶突变对Raltegravir的耐药性机理探讨 | 第75-77页 |
| ·对合理药物设计的启示 | 第77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-81页 |
| 第五章 HIV-1整合酶链转移抑制剂药物的交叉耐药性机理研究 | 第81-102页 |
| ·研究背景 | 第81-82页 |
| ·模型和方法 | 第82-85页 |
| ·模拟体系的建立 | 第82-83页 |
| ·分子动力学模拟 | 第83-84页 |
| ·结合自由能计算 | 第84页 |
| ·自由能分解 | 第84页 |
| ·残基作用网络计算 | 第84-85页 |
| ·结果和讨论 | 第85-96页 |
| ·模型的构建与分子动力学模拟 | 第85-90页 |
| ·热力学分析 | 第90-93页 |
| ·残基作用网络及其连通性分析 | 第93-96页 |
| ·本章小结 | 第96页 |
| 参考文献 | 第96-102页 |
| 第六章 LEDGINs对HIV-1整合酶的变构抑制机理研究 | 第102-121页 |
| ·研究背景 | 第102-103页 |
| ·模型和方法 | 第103-106页 |
| ·模拟体系的建立 | 第103-104页 |
| ·分子动力学模拟 | 第104-105页 |
| ·热力学计算 | 第105-106页 |
| ·自由能分解 | 第106页 |
| ·结果和讨论 | 第106-116页 |
| ·建立的起始结构 | 第106-107页 |
| ·分子动力学模拟 | 第107-109页 |
| ·BI-1001,CX14442和LEDGF/p75与HIV-1整合酶的结合分析 | 第109-115页 |
| ·LEDGINs结合引起HIV-1整合酶活性位点构象的变化 | 第115-116页 |
| ·本章小结 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-121页 |
| 第七章 总结与展望 | 第121-122页 |
| 附录 | 第122-130页 |
| 在学期间已发表的论文 | 第130-131页 |
| 致谢 | 第131页 |
