| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-21页 |
| ·微生物群落的研究进展 | 第14-16页 |
| ·研究微生物群落结构的分子生物学技术 | 第16-20页 |
| ·Illumina测序应用于微生物群落分析存在的问题 | 第20-21页 |
| 第二章 BIPES方法的建立 | 第21-44页 |
| ·引言 | 第21-22页 |
| ·材料与方法 | 第22-30页 |
| ·材料 | 第22-24页 |
| ·方法 | 第24-30页 |
| ·结果 | 第30-40页 |
| ·Illumina的测序准确度 | 第30-35页 |
| ·双末端序列的拼接 | 第35-38页 |
| ·量化结果 | 第38-40页 |
| ·讨论 | 第40-44页 |
| 第三章 Two-Stage Clustering(TSC)两阶段聚类 | 第44-68页 |
| ·引言 | 第44-46页 |
| ·本研究涉及的几个基本概念 | 第45-46页 |
| ·本研究所用缩写 | 第46页 |
| ·方法 | 第46-50页 |
| ·TSC算法 | 第46-49页 |
| ·计算环境 | 第49-50页 |
| ·结果和讨论 | 第50-68页 |
| ·TSC与经典方法之间的比较 | 第50-52页 |
| ·用TSC来估计人工数据库中OTU的数目 | 第52-54页 |
| ·TSC可有效的减少计算时间和最大内存需求 | 第54-55页 |
| ·TSC中随着cutoff值的增加而出现CL/AL/SL聚类结果趋同 | 第55-59页 |
| ·TSC可高效的将100万的序列聚类 | 第59-61页 |
| ·ARA的检测 | 第61-64页 |
| ·Rarefaction curves | 第64-65页 |
| ·TSC有相似或更好的beta多样性比较结果 | 第65-68页 |
| 第四章 实例 | 第68-74页 |
| ·数据简介 | 第68页 |
| ·BIPES质控分析过程中各步骤序列数统计 | 第68-70页 |
| ·Alpha多样性分析 | 第70-71页 |
| ·Beta多样性分析 | 第71-74页 |
| 总结 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 成果 | 第80-81页 |
| 附录 | 第81-86页 |
| 致谢 | 第86-88页 |
| 统计学证明 | 第88页 |
