| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-28页 |
| ·测序技术的发展 | 第14页 |
| ·RNA-seq 技术 | 第14-21页 |
| ·RNA-seq 技术的测序流程 | 第15-17页 |
| ·cDNA 上机测序过程 | 第17-21页 |
| ·RNA-seq 技术的数据处理流程 | 第21-25页 |
| ·读段的定位 | 第23-24页 |
| ·读段定位结果的后续处理 | 第24-25页 |
| ·多样本的 RNA-seq 数据的处理 | 第25页 |
| ·本文工作 | 第25-28页 |
| 第2章 RNA-seq 技术所产生的读段的定位 | 第28-52页 |
| ·引言 | 第28页 |
| ·深度测序初期的短读段的定位 | 第28-38页 |
| ·基于空位种子方法的读段定位 | 第29-33页 |
| ·基于 Burrows-Wheeler 转换的定位方法 | 第33-36页 |
| ·其他用于读段定位的方法 | 第36-37页 |
| ·SAM 数据格式 | 第37-38页 |
| ·跨越剪切位点的读段定位 | 第38-41页 |
| ·Tophat 软件定位读段的流程 | 第39-40页 |
| ·SpliceMap 软件包定位读段的流程 | 第40页 |
| ·MapSplice 软件包定位读段的流程 | 第40-41页 |
| ·SeqSaw 软件包定位读段 | 第41-48页 |
| ·长度较短读段的定位 | 第43-48页 |
| ·仿真实验 | 第48-49页 |
| ·实验数据集合 | 第49-51页 |
| ·小结 | 第51-52页 |
| 第3章 利用 RNA-seq 评估基因表达水平和检测差异表达基因 | 第52-68页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·评估基因表达水平的方法 | 第52-56页 |
| ·利用 RPKM 值来评估基因表达水平 | 第53-54页 |
| ·借助 RPKM 来评估剪切异构体表达水平 | 第54-56页 |
| ·检测差异表达基因 | 第56-65页 |
| ·实验数据 | 第58-59页 |
| ·在 MA 图的基础上结合随机抽样模型来检测基因表达差异 | 第59-61页 |
| ·在 MA 图的基础上结合技术重复检测基因表达差异 | 第61-63页 |
| ·多重检验矫正 | 第63页 |
| ·实验结果 | 第63-65页 |
| ·多对多生物重复样本的情况下检测差异表达基因 | 第65页 |
| ·小结 | 第65-68页 |
| 第4章 利用 RNA-seq 技术检测未知的剪切位点 | 第68-82页 |
| ·引言 | 第68-69页 |
| ·实验数据集合 | 第69页 |
| ·数据处理 | 第69-74页 |
| ·读段的定位 | 第69页 |
| ·双端的读段对的处理 | 第69-70页 |
| ·可滑动定位的处理 | 第70-71页 |
| ·预测的剪切位点 | 第71-73页 |
| ·预测结果与已知剪切位点的比较及新剪切位点的检验 | 第73-74页 |
| ·实验结果 | 第74-81页 |
| ·剪切位点的预测结果 | 第74-76页 |
| ·测序深度对预测剪切位点的影响 | 第76-78页 |
| ·新检测出的剪切位点的组成情况 | 第78-79页 |
| ·检测差异表达的剪切位点 | 第79-80页 |
| ·剪切位点表达值的其他应用 | 第80-81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| 第5章 结论与展望 | 第82-86页 |
| 参考文献 | 第86-92页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第92-94页 |
| 致谢 | 第94页 |
