| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第1章 引言 | 第8-15页 |
| ·课题背景 | 第8-11页 |
| ·表观遗传学与DNA 甲基化 | 第8-10页 |
| ·CpG 岛 | 第10-11页 |
| ·课题意义 | 第11页 |
| ·研究现状 | 第11-13页 |
| ·本论文研究内容 | 第13-14页 |
| ·章节安排 | 第14-15页 |
| 第2章 CPG 岛甲基化的预测 | 第15-40页 |
| ·DNA 甲基化的检测方法 | 第16-17页 |
| ·亚硫酸氢钠（sodium bisulfite）法 | 第16-17页 |
| ·甲基化敏感的限制性内切酶法 | 第17页 |
| ·基因表达阵列法 | 第17页 |
| ·实验数据集及训练样本的选取 | 第17-20页 |
| ·特征选择 | 第20-27页 |
| ·CpG 岛定义涉及的序列组成特征 | 第21页 |
| ·转录因子结合位点TFBS | 第21-25页 |
| ·短重复序列Alu Y | 第25-27页 |
| ·实验结果及讨论 | 第27-40页 |
| ·支持向量机（SVM）简介 | 第27-31页 |
| ·分类器的构建及性能 | 第31-32页 |
| ·在线预测工具MethCGI | 第32-35页 |
| ·与其他DNA 甲基化预测工作的比较 | 第35-36页 |
| ·分类相关的转录因子结合位点（TFBS） | 第36-38页 |
| ·MethCGI 在其他组织中的应用 | 第38-40页 |
| 第3章 CPG 岛不被甲基化的保护机制探索 | 第40-46页 |
| ·研究现状 | 第40-42页 |
| ·计算研究探索CPG 岛不被甲基化的保护机制 | 第42-45页 |
| ·机制探讨及前景展望 | 第45-46页 |
| 第4章 其他表观遗传学的研究现状 | 第46-58页 |
| ·核小体定位（NUCLEOSOME POSITIONING） | 第46-50页 |
| ·核小体相位检测 | 第46-47页 |
| ·核小体定位的计算研究 | 第47-50页 |
| ·核小体定位计算研究小结 | 第50页 |
| ·组蛋白修饰（HISTONE MODIFICATION） | 第50-54页 |
| ·组蛋白乙酰化（histone acetylation） | 第52-53页 |
| ·组蛋白甲基化（histone methylation） | 第53页 |
| ·组蛋白修饰的实验检测方法 | 第53-54页 |
| ·组蛋白修饰的计算研究 | 第54页 |
| ·基因印迹（IMPRINTING） | 第54-58页 |
| ·基因印迹的实验检测 | 第55-56页 |
| ·计算方法预测基因印迹 | 第56-58页 |
| 第5章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第65页 |
