| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 1 绪论 | 第9-12页 |
| ·比较基因组学与分子进化分析产生的背景、意义 | 第9-10页 |
| ·本文的主要工作 | 第10-12页 |
| 2 生物序列及其结构的比较 | 第12-71页 |
| ·引言 | 第12-22页 |
| ·生物大分子序列的比较分析研究概况 | 第12-15页 |
| ·RNA结构的比较分析研究概况 | 第15-19页 |
| ·蛋白质结构的比较分析研究概况 | 第19-22页 |
| ·DNA序列的相似性分析 | 第22-32页 |
| ·相对相似性度量及其应用 | 第22-27页 |
| ·加权相似性度量及其应用 | 第27-32页 |
| ·RNA二级结构的新描述及其在RNA二级结构比较中的应用 | 第32-53页 |
| ·RNA二级结构特征序列 | 第34-35页 |
| ·基于RNA二级结构特征序列的二级结构相似性分析方法 | 第35-39页 |
| ·RNA二级构型 | 第39-40页 |
| ·RNA二级结构的二级构型聚类法 | 第40-42页 |
| ·RNA Catalan框架(RCS) | 第42-48页 |
| ·基于RNA Catalan框架(RCS)的结构比较研究 | 第48-50页 |
| ·基于RCS的RNA二级结构的直接计数 | 第50-53页 |
| ·蛋白质结构的比较 | 第53-69页 |
| ·蛋白质二级结构的随机过程描述 | 第53-54页 |
| ·蛋白质结构的转移概率划分法 | 第54-59页 |
| ·蛋白质二级结构的三角图形分析 | 第59-63页 |
| ·基于三角图形表示的蛋白质结构划分分析 | 第63-65页 |
| ·蛋白质二级结构的傅立叶能谱分析 | 第65-67页 |
| ·基于傅立叶频谱的蛋白质结构聚类分析 | 第67-69页 |
| ·小结 | 第69-71页 |
| 3 进化树的构建 | 第71-99页 |
| ·引言——分子进化分析的研究概况 | 第71-73页 |
| ·基于一类氨基酸划分的发生树构建方法 | 第73-78页 |
| ·蛋白质特征序列 | 第74-75页 |
| ·进化距离度量 | 第75-76页 |
| ·构建进化树 | 第76页 |
| ·实例分析 | 第76-78页 |
| ·基于氨基酸Hydropathy Profile的发生树构建方法 | 第78-88页 |
| ·蛋白质Hydropathy Profile序列 | 第79页 |
| ·进化距离度量 | 第79-80页 |
| ·构建进化树 | 第80页 |
| ·实例验证与方法比较 | 第80-88页 |
| ·基于RNA二级结构的发生树构建方法 | 第88-97页 |
| ·RNA二级结构的线性特征序列 | 第88-90页 |
| ·进化距离度量 | 第90-91页 |
| ·构建进化树 | 第91页 |
| ·实例验证与方法比较 | 第91-97页 |
| ·小结 | 第97-99页 |
| 结论 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-111页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第111-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
