| 摘 要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 1 绪论 | 第9-33页 |
| ·PRE-MRNA 可变剪接 | 第9-11页 |
| ·可变剪接与人类疾病 | 第11-13页 |
| ·可变剪接的研究方法 | 第13-22页 |
| ·可变剪接数据库发展现状 | 第22-24页 |
| ·本文的研究意义及主要研究内容 | 第24-27页 |
| 参考文献 | 第27-33页 |
| 2 基于BLAST 的可变剪接搜索算法的研究 | 第33-43页 |
| ·ASA (ALTERNATIVE SPLICING ASSEMBLER)算法的研究开发 | 第33-38页 |
| ·建立可变剪接数据库BASD (BIOSINO ALTERNATIVE SPLICING DATABASE) | 第38-39页 |
| ·验证BASD 数据 | 第39-40页 |
| ·小结 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-43页 |
| 3 高效可变剪接搜索算法－ASDT 的研究开发 | 第43-74页 |
| ·高效联配计算策略分析 | 第43-44页 |
| ·ASDT 算法的研究开发 | 第44-69页 |
| ·剪接模式的归并与质量控制 | 第69-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-74页 |
| 4 可变剪接模式的分析与应用 | 第74-92页 |
| ·剪接模式的EST 表达水平 | 第74-75页 |
| ·FISHER 精确检验 | 第75-78页 |
| ·使用FISHER 精确检验寻找BASD 数据库中的肿瘤特异剪接模式 | 第78-83页 |
| ·使用ASDT 在基因组范围内分析肝癌相关可变剪接型 | 第83-89页 |
| ·基于EST 表达水平的可变剪接模式研究方法的局限性 | 第89-90页 |
| ·小结 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-92页 |
| 5 ASDAT 软件包的研究开发及疾病相关可变剪接模式研究的解决方案探讨 | 第92-109页 |
| ·ASDT 软件的开发 | 第92-95页 |
| ·ASDT 效率分析 | 第95-103页 |
| ·ASDAT 软件包的研究开发和疾病相关可变剪接模式研究解决方案探讨 | 第103-107页 |
| ·小结 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-109页 |
| 6 总结与展望 | 第109-112页 |
| ·总结 | 第109-111页 |
| ·前景展望 | 第111-112页 |
| 附录1 | 第112-115页 |
| 附录2 | 第115-119页 |
| 附录3 | 第119-128页 |
| 附录4 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第130-131页 |
| 学位论文原创性声明 | 第131-132页 |
| 学位论文版权使用授权书 | 第132页 |
