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猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析

中文摘要第1-11页
ABSTRACT第11-14页
1 文献综述第14-33页
   ·猪生产性状相关基因研究进展第14-20页
     ·猪QTL定位研究现状第14-15页
     ·候选基因分析法克隆基因第15-20页
       ·与生长和胴体性状相关的候选基因第15-17页
       ·与肉质性状相关的候选基因第17页
       ·与繁殖性状相关的候选基因第17-19页
       ·与抗病力相关的候选基因第19-20页
   ·12号染色体上基因的分离、定位现状第20-24页
     ·12号染色体上可能存在重要生理生化功能的基因第20-21页
     ·12号染色体上的基因定位现状第21-24页
   ·比较基因图谱在分离新基因中的应用第24页
   ·表达序列标签(EST)在分离新基因中的应用第24-25页
   ·杂种板(Hybrid panel)技术用于猪的基因定位研究现状第25-28页
     ·体细胞杂种板(SCHP)用于染色体区域定位第26-27页
     ·辐射杂种板(RH)用于染色体区域定位第27-28页
   ·待分离的候选基因的研究现状第28-33页
     ·磷脂酶D2(PLD2)基因第28-29页
     ·生长因子受体结合蛋白7(GRB7)基因第29页
     ·颗粒蛋白(GRN)基因第29-30页
     ·Ⅰ型胶原蛋白α1亚基(COL1A1)基因第30页
     ·磷酸甘露糖长醇利用缺陷型(MPDU1)基因第30-31页
     ·微管蛋白特异的伴侣蛋白(TBCD)基因第31页
     ·组蛋白乙酰转移酶(GCN5L2)基因第31-32页
     ·MAC30基因第32页
     ·TIP-1基因第32页
     ·KIAA1582基因第32-33页
2 本研究的目的和意义第33-34页
3 材料与方法第34-52页
   ·材料第34-38页
     ·样品第34-35页
       ·DNA样品第34-35页
       ·组织样品第35页
     ·培养基、酶及试剂盒第35-36页
     ·菌株第36页
     ·主要试剂及配制第36-38页
       ·主要试剂第36-37页
       ·其它试剂的配制第37-38页
     ·主要仪器设备第38页
     ·主要分子生物学软件第38页
   ·方法第38-52页
     ·猪12号染色体上新基因的分离法第38-43页
       ·用于基因分离的引物的设计方法第38-41页
       ·PCR扩增条件第41页
       ·PCR产物的纯化、克隆和测序第41-42页
       ·DNA序列同源性检索鉴定第42-43页
     ·新分离基因物理定位的SCHP和RH法第43-44页
       ·引物设计第43页
       ·PCR扩增分型方法第43页
       ·数据分析方法第43-44页
     ·猪基因的多态性和遗传方式检测第44-45页
     ·用RACE方法获取MPDU1和GRN基因的全长cDNA及序列分析第45-49页
       ·电脑克隆策略第45页
       ·用RACE方法扩增MPDU1和GRN基因的全长cDNA序列第45-49页
       ·MPDU1,GRN基因全长cDNA序列分析第49页
     ·猪MPDU1,GRN基因的组织表达谱分析第49-50页
     ·新分离基因与性状的关联分析第50-52页
       ·基因型检测第50页
       ·标记-性状关联分析第50-52页
4 结果第52-105页
   ·基因片段的分离、序列析与鉴定结果第52-60页
     ·猪特异的引物扩增结果第52-53页
     ·扩增产物的序列分析结果第53-57页
     ·扩增产物的鉴定结果第57-60页
   ·用RACE方法克隆猪MPDU1基因和GRN基因全长cDNA的结果第60-70页
     ·总RNA的提取第60页
     ·MPDU1基因RACE扩增结果第60-62页
     ·猪MPDU1基因的氨基酸序列分析结果第62-64页
     ·猪MPDU1基因的组织表达研究结果第64页
     ·GRN基因cDNA及RACE扩增结果第64-66页
     ·猪GRN基因的氨基酸序列分析结果第66-70页
     ·猪GRN基因的组织表达研究结果第70页
   ·基因的定位结果第70-76页
     ·利用SCHP进行染色体区域定位结果第70-74页
       ·MPDU1基因染色体区域定位结果第70-73页
       ·其他基因染色体区域定位结果第73-74页
     ·利用辐射杂种板RH进行精细定位结果第74-76页
   ·新分离基因的多态性与遗传方式检测结果第76-98页
     ·PLD2基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果第76-79页
       ·PLD2基因的SINE的插入、缺失多态性在不同猪群中的检测结果第77-79页
       ·PLD2基因的SINE序列的遗传方式检测结果第79页
     ·GRB7基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果第79-84页
       ·GRB7基因的遗传变异检测第79-81页
       ·GRB7基因在不同猪种中的多态性分析第81-83页
       ·GRB7基因多态位点的遗传方式检测结果第83-84页
     ·GRN基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果第84-87页
       ·GRN基因的遗传变异检测第84-85页
       ·GRN基因在不同猪种中的多态性分析第85-87页
       ·GRN基因多态位点的遗传方式检测结果第87页
     ·COL1A1基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果第87-90页
       ·COL1A1基因的遗传变异检测第87-88页
       ·COL1A1基因在不同猪种中的多态性分析第88-89页
       ·COL1A1基因多态位点的遗传方式检测结果第89-90页
     ·MPDU1基因的遗传多态性检测结果第90-93页
       ·MPDU1基因的遗传变异检测第90-91页
       ·MPDU1基因在不同猪种中的多态性分析第91-93页
     ·MAC30基因的遗传多态性检测结果第93-95页
       ·MAC30基因的遗传变异检测第93页
       ·MAC30基因在不同猪种中的多态性分析第93-95页
     ·TIP-1基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果第95-98页
       ·TIP-1基因的遗传变异检测第95-96页
       ·TIP-1基因在不同猪种中的多态性分析第96-97页
       ·TIP-1基因多态位点的遗传方式检测结果第97-98页
   ·不同基因多态位点与部分性状的关联分析结果第98-105页
     ·PLD2基因SINE多态与部分性状的关联分析第100页
     ·GRB7基因多态位点与部分性状的关联分析第100-101页
     ·GRN基因多态位点与部分性状的关联分析第101-102页
     ·COL1A1基因多态位点与部分性状的关联分析第102页
     ·MPDU1基因多态位点与部分性状的关联分析第102-103页
     ·MAC30基因多态位点与部分性状的关联分析第103页
     ·TIP-1基因多态位点与部分性状的关联分析第103-105页
5 讨论第105-112页
   ·关于新基因的分离第105-106页
   ·关于新基因的定位第106-107页
   ·关于SNP检测第107-108页
   ·关于全长cDNA第108-109页
   ·关于基因型与性状的关联分析第109-112页
     ·SINE序列可能具有遗传效应第109-110页
     ·基因型与生长性状的关联分析第110页
     ·基因型与胴体、肉质性状的关联分析第110-111页
     ·基因型与免疫生化指标的关联分析第111页
     ·MPDU1基因的多态性与性状的关系第111-112页
6 小结第112-114页
参考文献第114-126页
附录1 缩略词表第126-127页
附录2 主要性状的中英文对照和缩写第127-128页
在读期间发表论文题录第128-129页
致谢第129-130页

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