凉山半细毛羊QM基因的克隆、组织表达及生物信息学分析
| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 文献综述 | 第11-22页 |
| 1 生物信息学 | 第11-13页 |
| ·生物信息学 | 第11-12页 |
| ·基因的电子克隆 | 第12-13页 |
| 2 生物信息学算法 | 第13-15页 |
| ·BLAST算法 | 第13页 |
| ·序列拼接 | 第13页 |
| ·FISHER'S EXACT TEST | 第13-14页 |
| ·分子进化算法 | 第14-15页 |
| 3 QM基因及其研究进展 | 第15-19页 |
| ·QM基因克隆及分析 | 第15-16页 |
| ·QM基因的亚细胞定位 | 第16页 |
| ·QM的生物学功能 | 第16-19页 |
| ·QM基因编码核糖体蛋白 | 第16-17页 |
| ·转录调节因子的活性 | 第17-18页 |
| ·QM与细胞的分化、生长 | 第18-19页 |
| ·肿瘤抑制作用 | 第19页 |
| 4 基因的组织表达分析 | 第19-20页 |
| 5 凉山半细毛羊 | 第20页 |
| 6.本研究的目的及意义 | 第20-22页 |
| 材料与方法 | 第22-37页 |
| 1.材料 | 第22-24页 |
| ·样品的采集 | 第22页 |
| ·实验主要仪器 | 第22页 |
| ·主要试剂 | 第22-23页 |
| ·计算机资源及应用软件 | 第23-24页 |
| ·计算机配置 | 第23页 |
| ·主要数据库 | 第23页 |
| ·生物信息学软件 | 第23-24页 |
| 2 实验方法 | 第24-37页 |
| ·绵羊QM基因的电子克隆 | 第24-26页 |
| ·探针基因的获得 | 第24页 |
| ·获得绵羊同源EST片段 | 第24-26页 |
| ·重叠群组装 | 第26页 |
| ·获得全长cDNA | 第26页 |
| ·凉山半细毛羊QM基因克隆 | 第26-31页 |
| ·总RNA提取 | 第26-27页 |
| ·双链cDNA合成 | 第27-29页 |
| ·PCR扩增 | 第29-30页 |
| ·PCR产物的回收与纯化 | 第30页 |
| ·凉山半细毛羊QM基因测序 | 第30-31页 |
| ·凉山半细毛羊QM基因组织表达分析 | 第31-34页 |
| ·总RNA提取 | 第31页 |
| ·总RNA质量测定 | 第31页 |
| ·磁珠纯化mRNA | 第31-32页 |
| ·反转录反应 | 第32-33页 |
| ·PCR反应 | 第33-34页 |
| ·表达产物酶标定量 | 第34页 |
| ·凉山半细毛羊QM基因及其蛋白的生物信息学分析 | 第34-36页 |
| ·SQM基因ORF预测 | 第34页 |
| ·SQM基因内含子/外显子剪切位点识别 | 第34页 |
| ·SQM基因调控区域CpG岛分析 | 第34-35页 |
| ·SQM基因限制性核酸内切酶位点分析 | 第35页 |
| ·SQM蛋白氨基酸组成、分子量、等电点分析 | 第35页 |
| ·SQM蛋白跨膜区分析 | 第35页 |
| ·SQM蛋白疏水性分析 | 第35-36页 |
| ·SQM蛋白二级结构预测 | 第36页 |
| ·SQM蛋白三级结构预测 | 第36页 |
| ·绵羊QM基因的数字化差异表达分析 | 第36页 |
| ·QM基因同源分析 | 第36-37页 |
| ·不同物种QM同源基因下载 | 第36-37页 |
| ·多序列比对 | 第37页 |
| ·构建进化树 | 第37页 |
| 结果与分析 | 第37-56页 |
| 1 绵羊QM基因的序列的电子克隆 | 第37-39页 |
| 2.凉山半细毛羊QM基因克隆 | 第39-41页 |
| ·PCR产物的检测 | 第39页 |
| ·凉山半细毛羊QM基因序列 | 第39-41页 |
| 3.凉山半细毛羊QM基因组织表达分析 | 第41-43页 |
| ·总RNA质量测定及定量 | 第41-42页 |
| ·组织表达分析 | 第42-43页 |
| ·RT-PCR结果 | 第42页 |
| ·定量结果 | 第42-43页 |
| 4.凉山半细毛羊SQM基因的生物信息学分析 | 第43-52页 |
| ·SQM基因ORF预测 | 第43-44页 |
| ·SQM基因内含子/外显子剪切位点 | 第44页 |
| ·SQM基因调控区域CPG岛分析 | 第44-45页 |
| ·SQM基因限制性核酸内切酶位点分析 | 第45-46页 |
| ·SQM蛋白氨基酸组成,分子量及等电点 | 第46-48页 |
| ·SQM编码蛋白跨膜结构分析 | 第48-49页 |
| ·SQM编码蛋白疏水性分析 | 第49-50页 |
| ·SQM蛋白的二级结构预测 | 第50-51页 |
| ·SQM蛋白三级结构预测 | 第51-52页 |
| 5 绵羊QM基因的数字化差异表达分析 | 第52-53页 |
| 6.QM基因同源分析 | 第53-56页 |
| 讨论 | 第56-60页 |
| 1.绵羊QM基因序列 | 第56-57页 |
| 2 凉山半细毛羊QM基因全序列及其生物信息学分析 | 第57-58页 |
| 3 绵羊QM基因的数字化差异表达分析 | 第58-59页 |
| 4 凉山半细毛羊QM基因组织表达分析 | 第59页 |
| 5 凉山半细毛羊QM基因同源分析 | 第59-60页 |
| 结论 | 第60-62页 |
| 1 首次克隆出凉山半细毛羊QM基因 | 第60-61页 |
| 2 建立了绵羊功能基因电子克隆的方法 | 第61页 |
| 3 初步分析凉山半细毛羊QM基因功能 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第69页 |
