| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 插图索引 | 第12-14页 |
| 附表索引 | 第14-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-22页 |
| ·项目来源 | 第15页 |
| ·研究背景与意义 | 第15-17页 |
| ·生物序列的新型表示 | 第17-18页 |
| ·序列和结构分析方法 | 第18-19页 |
| ·本文主要工作 | 第19-20页 |
| ·本文结构组织 | 第20-22页 |
| 第2章 生物序列和结构分析方法 | 第22-53页 |
| ·分子生物学基础 | 第22-27页 |
| ·DNA序列 | 第22-23页 |
| ·其他序列 | 第23-25页 |
| ·RNA二级结构 | 第25-27页 |
| ·序列分析 | 第27-48页 |
| ·序列比对 | 第27-32页 |
| ·序列分析的可视化方法 | 第32-44页 |
| ·突变分析方法 | 第44-46页 |
| ·系统发育分析方法 | 第46-48页 |
| ·RNA二级结构分析 | 第48-52页 |
| ·RNA二级结构相似性分析 | 第49-51页 |
| ·RNA二级结构预测 | 第51-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 第3章 基于核苷酸二联体图形表示的相似性分析及应用 | 第53-69页 |
| ·基于核苷酸二联体的3D图形表示 | 第54-59页 |
| ·3D图形表示 | 第54-55页 |
| ·实例 | 第55-57页 |
| ·曲线族的特征 | 第57-59页 |
| ·基于图形表示的序列相似性分析 | 第59-67页 |
| ·协方差矩阵 | 第60页 |
| ·基因序列的相似性分析 | 第60-61页 |
| ·实验结果与分析 | 第61-67页 |
| ·基于图形表示的系统发育分析 | 第67-68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 第4章 基于编码序列的比较与相似性分析方法研究 | 第69-83页 |
| ·基于编码序列的比较 | 第69-71页 |
| ·基于编码规则的图形表示 | 第71-75页 |
| ·相似性分析 | 第75-82页 |
| ·本章小结 | 第82-83页 |
| 第5章 RNA二级结构的新型表示及应用研究 | 第83-100页 |
| ·RNA二级结构表示方法 | 第83-86页 |
| ·RNA二级结构和子结构的定义 | 第83-85页 |
| ·RNA二级结构图形表示方法 | 第85-86页 |
| ·RNA二级结构的三维立方体表示 | 第86-88页 |
| ·基于RNA新型表示的点突变分析 | 第88-92页 |
| ·异或操作结果 | 第88-90页 |
| ·点突变分析 | 第90-92页 |
| ·基于RNA新型表示的结构比对 | 第92-99页 |
| ·结构比对算法 | 第93-95页 |
| ·案例分析 | 第95-99页 |
| ·本章小结 | 第99-100页 |
| 第6章 进化树构建算法研究 | 第100-115页 |
| ·基于模糊聚类的进化树构建 | 第101-109页 |
| ·模糊数学基础 | 第101-102页 |
| ·基于模糊聚类的进化树构建算法 | 第102-103页 |
| ·实验结果与分析 | 第103-109页 |
| ·基于最小生成树的进化树构建 | 第109-114页 |
| ·基于完全图的最小生成树的进化树构建算法 | 第110-111页 |
| ·实验 | 第111-114页 |
| ·本章小结 | 第114-115页 |
| 结论 | 第115-118页 |
| 参考文献 | 第118-127页 |
| 附录A 攻读学位期间发表论文目录 | 第127-128页 |
| 附录B 攻读学位期间参与的项目和获得的奖励 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129页 |