| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 主要符号对照表 | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-29页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第11-12页 |
| 1.1.1 城市水体功能 | 第11页 |
| 1.1.2 城市景观娱乐水体的生物风险 | 第11页 |
| 1.1.3 我国城市水体污染现状 | 第11-12页 |
| 1.2 水传性人类细菌病原菌的种类 | 第12-13页 |
| 1.2.1 肠道病原菌 | 第12-13页 |
| 1.2.2 环境病原菌 | 第13页 |
| 1.3 细菌病原菌的检测方法 | 第13-16页 |
| 1.3.1 基于培养和分子生物技术的方法比较 | 第13-15页 |
| 1.3.2 扩增子高通量测序检测细菌病原菌多样性 | 第15-16页 |
| 1.4 细菌病原菌在城市水体中的分布和来源 | 第16-25页 |
| 1.4.1 基于传统方法研究城市水体人类细菌病原菌的分布规律 | 第17-20页 |
| 1.4.2 城市水体人类细菌病原菌多样性研究 | 第20-21页 |
| 1.4.3 细菌病原菌在水体各种介质中的分布 | 第21-23页 |
| 1.4.4 城市水体中细菌病原菌的来源及微生物源解析方法 | 第23-25页 |
| 1.5 研究现状总结 | 第25-26页 |
| 1.6 本研究的目的、主要内容与技术路线 | 第26-29页 |
| 1.6.1 研究目的 | 第26页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第26-28页 |
| 1.6.3 技术路线 | 第28-29页 |
| 第2章 材料与方法 | 第29-49页 |
| 2.1 环境样品采集与预处理 | 第29页 |
| 2.2 水质指标测定方法 | 第29-30页 |
| 2.3 流式细胞仪测定水中微生物细胞总数 | 第30-31页 |
| 2.4 细菌基因组DNA提取 | 第31-32页 |
| 2.5 高通量测序及数据处理 | 第32-35页 |
| 2.5.1 细菌16S rRNA基因多样性测序实验流程 | 第32-33页 |
| 2.5.2 测序数据处理 | 第33-35页 |
| 2.6 基于高通量测序结果识别潜在病原菌 | 第35-39页 |
| 2.7 基于高通量测序识别人源微生物标记物解析水体中人类粪便污染 | 第39-40页 |
| 2.7.1 已知人类粪便特异性指示菌信息 | 第39页 |
| 2.7.2 基于高通量测序结果识别指示菌种解析人源污染 | 第39-40页 |
| 2.8 qPCR | 第40-44页 |
| 2.8.1 qPCR目的基因信息 | 第40页 |
| 2.8.2 目的基因标准品质粒制作 | 第40-44页 |
| 2.8.3 qPCR上机测定 | 第44页 |
| 2.9 定量微生物风险评估 | 第44-48页 |
| 2.10 数据统计分析及可视化方法 | 第48-49页 |
| 第3章 基于16S rRNA基因高通量测序技术检测细菌病原菌多样性的方法优化 | 第49-62页 |
| 3.1 病原菌16S rRNA基因数据库完善 | 第49-56页 |
| 3.1.1 含有病原菌的属清单(全文简称病原菌属) | 第49-54页 |
| 3.1.2 23个病原菌属的种水平数据库构建 | 第54-56页 |
| 3.2 高通量测序条件优化选择 | 第56-60页 |
| 3.3 本章小结 | 第60-62页 |
| 第4章 城市景观娱乐湖泊细菌病原菌分布特征及风险评价 | 第62-84页 |
| 4.1 研究方案 | 第62-65页 |
| 4.1.1 研究对象概况 | 第62-63页 |
| 4.1.2 采样方案 | 第63-65页 |
| 4.2 湖水营养水平变化规律及影响因素 | 第65-68页 |
| 4.2.1 湖水营养水平时间变化 | 第65-66页 |
| 4.2.2 再生水补入对湖水营养水平的影响 | 第66页 |
| 4.2.3 人工湿地循环净化对湖水营养水平的影响 | 第66-68页 |
| 4.3 细菌群落结构特征 | 第68-71页 |
| 4.3.1 微生物总数变化 | 第68-69页 |
| 4.3.2 细菌群落结构变化特征 | 第69页 |
| 4.3.3 细菌群落结构与环境因子相关性 | 第69-71页 |
| 4.4 细菌病原菌多样性特征 | 第71-75页 |
| 4.4.1 病原菌属多样性 | 第72页 |
| 4.4.2 潜在病原菌种多样性 | 第72-75页 |
| 4.5 病原菌定量 | 第75-80页 |
| 4.5.1 qPCR标准曲线和测定质量 | 第75页 |
| 4.5.2 湖水病原菌整体存在水平 | 第75-77页 |
| 4.5.3 湖水病原菌存在水平的季节变化与空间变化 | 第77-78页 |
| 4.5.4 人工湿地对湖水中病原菌水平的影响 | 第78-80页 |
| 4.6 娱乐活动中病原微生物定量风险评价 | 第80-83页 |
| 4.7 本章小结 | 第83-84页 |
| 第5章 城市河流细菌病原菌分布特征及风险评价 | 第84-128页 |
| 5.1 研究方案 | 第84-88页 |
| 5.1.1 研究对象概况 | 第84-86页 |
| 5.1.2 采样方案 | 第86-88页 |
| 5.2 城市河流水质特征 | 第88-91页 |
| 5.2.1 河流长期监测断面水质变化规律 | 第88页 |
| 5.2.2 河水水质特征与生活污水、污水厂出水比较 | 第88-91页 |
| 5.3 细菌群落结构特征 | 第91-95页 |
| 5.3.1 河水、生活污水、污水厂出水中细菌总数 | 第91-92页 |
| 5.3.2 河水、生活污水、污水厂出水中细菌群落结构比较 | 第92-95页 |
| 5.4 河水细菌病原菌多样性特征 | 第95-111页 |
| 5.4.1 河水、生活污水、污水厂出水中病原菌属多样性 | 第95-102页 |
| 5.4.2 河水、生活污水、污水厂出水中潜在病原菌种多样性 | 第102-109页 |
| 5.4.3 河水细菌病原菌多样性特征与其他水体比较 | 第109-111页 |
| 5.5 河水细菌病原菌定量 | 第111-125页 |
| 5.5.1 目的基因qPCR标准曲线和测定质量 | 第111页 |
| 5.5.2 河水、生活污水、污水厂出水中病原菌定量水平 | 第111-115页 |
| 5.5.3 河水与污水中的病原菌定量水平比较 | 第115-116页 |
| 5.5.4 河水中病原菌水平与其他水体比较 | 第116-121页 |
| 5.5.5 河水中病原菌水平与环境因子相关性 | 第121-123页 |
| 5.5.6 病原菌qPCR定量与基于NGS测序检测结果比较 | 第123-125页 |
| 5.6 病原微生物定量风险评价 | 第125-126页 |
| 5.7 本章小结 | 第126-128页 |
| 第6章 城市水体原位生态净化/修复措施对细菌病原菌水平的影响 | 第128-144页 |
| 6.1 城市河流人工浮岛生物膜细菌病原菌分布及潜在影响研究方案 | 第128-129页 |
| 6.2 修复河流人工浮岛生物膜、底泥中细菌群落特征 | 第129-133页 |
| 6.2.1 细菌总数 | 第129-130页 |
| 6.2.2 人工浮岛生物膜、底泥细菌群落结构 | 第130-131页 |
| 6.2.3 生物膜、底泥中细菌群落结构与河水中的差异 | 第131-133页 |
| 6.3 人工浮岛生物膜、底泥中细菌病原菌多样性 | 第133-136页 |
| 6.3.1 病原菌属多样性 | 第133-134页 |
| 6.3.2 潜在病原菌种多样性 | 第134-136页 |
| 6.4 人工浮岛生物膜、底泥中病原菌定量水平 | 第136-137页 |
| 6.5 人工浮岛生物膜、底泥与河水中病原菌分布特征比较 | 第137-141页 |
| 6.5.1 多样性特征比较 | 第137-138页 |
| 6.5.2 定量水平比较 | 第138-141页 |
| 6.6 人工浮岛中植物与塑料纤维生物膜中病原菌分布特征比较 | 第141-143页 |
| 6.6.1 多样性特征比较 | 第141页 |
| 6.6.2 定量水平比较 | 第141-143页 |
| 6.7 本章小结 | 第143-144页 |
| 第7章 城市河流肠道病原菌污染源解析及管理建议 | 第144-150页 |
| 7.1 利用人类粪便微生物标记物解析城市河流人源污染程度 | 第144-146页 |
| 7.1.1 人源粪便微生物标记物的区域有效性确认 | 第145-146页 |
| 7.1.2 城市河流人源污染程度解析 | 第146页 |
| 7.2 肠道病原菌与河流人源污染程度的相关性分析 | 第146-148页 |
| 7.3 城市河流肠道病原菌的主要输入途径 | 第148-149页 |
| 7.4 城市河流微生物风险管理建议 | 第149页 |
| 7.5 本章小结 | 第149-150页 |
| 第8章 结论与建议 | 第150-153页 |
| 8.1 结论 | 第150-152页 |
| 8.2 建议 | 第152-153页 |
| 参考文献 | 第153-165页 |
| 致谢 | 第165-167页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文及研究成果 | 第167页 |
