| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 第一章 引言 | 第12-16页 |
| 1.1 肾癌研究现状 | 第12-13页 |
| 1.2 预后介绍 | 第13页 |
| 1.3 二代测序介绍 | 第13-14页 |
| 1.4 论文结构 | 第14-16页 |
| 第二章 材料与方法 | 第16-24页 |
| 2.1 材料获取与预处理 | 第16-18页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第16页 |
| 2.1.2 数据的预处理 | 第16-18页 |
| 2.2 统计方法 | 第18-22页 |
| 2.2.1 差异表达基因以及差异DNA甲基化位点 | 第18页 |
| 2.2.2 COX比例风险模型 | 第18-19页 |
| 2.2.3 随机生存森林算法 | 第19-20页 |
| 2.2.4 加权基因共表达网络 | 第20-21页 |
| 2.2.5 LASSO逻辑回归算法 | 第21-22页 |
| 2.2.6 DNA甲基化年龄预测算法 | 第22页 |
| 2.3 富集分析 | 第22-24页 |
| 2.3.1 GO分析 | 第22-23页 |
| 2.3.2 GSEA分析 | 第23-24页 |
| 第三章 基于基因表达构建KIRC预后模型 | 第24-37页 |
| 3.1 预后模型的构建 | 第24-27页 |
| 3.1.1 差异表达基因的获取 | 第24-25页 |
| 3.1.2 基于差异表达基因构建预后模型 | 第25-27页 |
| 3.2 对预后模型的评价 | 第27-30页 |
| 3.2.1 预后模型在训练集及测试集的表现 | 第27-29页 |
| 3.2.2 NRPM的独立性检验 | 第29-30页 |
| 3.3 在不同分组患者中模型的表现 | 第30-33页 |
| 3.3.1 不同组织学分级的患者生存曲线 | 第30-32页 |
| 3.3.2 不同年龄、性别患者的生存曲线 | 第32-33页 |
| 3.4 NRPM模型中基因表达情况与功能介绍 | 第33-36页 |
| 3.5 本章小结 | 第36-37页 |
| 第四章 基于KIRC差异表达基因的共表达网络分析 | 第37-53页 |
| 4.1 网络构建的过程 | 第37-41页 |
| 4.1.1 网络构建的意义与目的 | 第37页 |
| 4.1.2 样本及基因的预处理 | 第37页 |
| 4.1.3 离群样本和基因的去除 | 第37-39页 |
| 4.1.4 模块的形成 | 第39-41页 |
| 4.2 模块生存分析 | 第41-43页 |
| 4.3 与生存密切相关模块内基因的功能富集 | 第43-44页 |
| 4.4 网络中每个模块与临床特征之间的联系 | 第44-51页 |
| 4.4.1 模块与临床特征的联系 | 第44-45页 |
| 4.4.2 light-green和 green-yellow模块hub-gene的选择以及功能的探究 | 第45-51页 |
| 4.5 本章小结 | 第51-53页 |
| 第五章 确诊年龄对肾透明细胞癌患者预后的影响 | 第53-67页 |
| 5.1 特征的获取 | 第53-58页 |
| 5.1.1 基因表达特征 | 第53-54页 |
| 5.1.2 甲基化特征 | 第54-58页 |
| 5.2 年龄阶段的划分 | 第58-59页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第59-66页 |
| 5.3.1 临床特征与年龄组的关系 | 第59-61页 |
| 5.3.2 基因表达以及甲基化特征与年龄组的关系 | 第61-63页 |
| 5.3.3 单个基因表达以及甲基化特征对不同年龄组患者生存的影响 | 第63-64页 |
| 5.3.4 多个基因表达以及甲基化特征与不同年龄组患者生存之间的关系 | 第64-66页 |
| 5.4 本章小结 | 第66-67页 |
| 第六章 总结与展望 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-76页 |
| 附录 | 第76-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
