| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-31页 |
| 1.1 研究背景 | 第11-12页 |
| 1.2 赖氨酸翻译后几种修饰 | 第12-16页 |
| 1.2.1 丙二酰化修饰 | 第14页 |
| 1.2.2 丙酰化修饰 | 第14-15页 |
| 1.2.3 巴豆酰化修饰 | 第15-16页 |
| 1.3 蛋白质翻译后修饰(PTMs)位点计算识别 | 第16-27页 |
| 1.3.1 计算识别PTMs位点方法及研究现状 | 第16-18页 |
| 1.3.2 计算识别蛋白质PTMs位点流程 | 第18-19页 |
| 1.3.3 蛋白质PTMs相关数据库 | 第19-21页 |
| 1.3.4 蛋白质PTMs位点计算预测的几类特征 | 第21-25页 |
| 1.3.5 两类特征优化算法 | 第25-26页 |
| 1.3.6 计算识别PTMs位点模型评估的几个重要参数 | 第26页 |
| 1.3.7 计算识别PTMs位点在线网络构建 | 第26-27页 |
| 1.4 蛋白质翻译后修饰生物信息学分析的相关工具 | 第27-28页 |
| 1.4.1 Cytoscape | 第27页 |
| 1.4.2 Motif-x | 第27页 |
| 1.4.3 DISPRED | 第27-28页 |
| 1.4.4 Fisher'sexacttest | 第28页 |
| 1.5 本论文思路及主要工作内容 | 第28-31页 |
| 第2章 物种特异性丙二酰化修饰的计算识别 | 第31-43页 |
| 2.1 引言 | 第31-32页 |
| 2.2 数据和方法 | 第32-35页 |
| 2.2.1 总体框架 | 第32-33页 |
| 2.2.2 数据搜集和处理 | 第33页 |
| 2.2.3 特征提取和优化 | 第33-34页 |
| 2.2.4 基于SVM进行特征筛选 | 第34-35页 |
| 2.2.5 模型训练和性能评估 | 第35页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第35-41页 |
| 2.3.1 功能分析 | 第35-37页 |
| 2.3.2 序列分析 | 第37-39页 |
| 2.3.3 进化信息分析 | 第39-40页 |
| 2.3.4 性能评估 | 第40-41页 |
| 2.4 结论 | 第41-43页 |
| 第3章 原核生物丙酰化修饰计算预测与功能分析 | 第43-55页 |
| 3.1 前言 | 第43-44页 |
| 3.2 数据和方法 | 第44-47页 |
| 3.2.1 数据收集和处理 | 第44页 |
| 3.2.2 三步特征筛选法建立丙酰化位点预测模型 | 第44-46页 |
| 3.2.3 功能分析 | 第46-47页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第47-54页 |
| 3.3.1 构建原核生物丙酰化修饰在线预测工具 | 第47-50页 |
| 3.3.2 原核生物丙酰化修饰功能分析 | 第50-54页 |
| 3.4 结论 | 第54-55页 |
| 第4章 氨基酸突变前后巴豆酰化修饰的计算预测 | 第55-67页 |
| 4.1 前言 | 第55-58页 |
| 4.2 数据和方法 | 第58-60页 |
| 4.2.1 基准数据集 | 第58-59页 |
| 4.2.2 特征提取与优化 | 第59页 |
| 4.2.3 功能分析 | 第59-60页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第60-65页 |
| 4.3.1 在线预测工具 | 第60-62页 |
| 4.3.2 功能分析 | 第62-65页 |
| 4.4 结论 | 第65-67页 |
| 第5章 赖氨酸PTMs及原位共修饰的蛋白质组学分析 | 第67-85页 |
| 5.1 前言 | 第67-69页 |
| 5.2 数据和方法 | 第69-71页 |
| 5.2.1 数据收集和处理 | 第69-70页 |
| 5.2.2 序列及结构分析 | 第70页 |
| 5.2.3 GO和KEGG分析 | 第70页 |
| 5.2.4 进化保守性分析 | 第70-71页 |
| 5.2.5 人类基因突变和疾病相关数据 | 第71页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第71-84页 |
| 5.3.1 赖氨酸竞争性的suffering多重原位共修饰 | 第71-73页 |
| 5.3.2 序列和结构偏好 | 第73-76页 |
| 5.3.3 保守性分析 | 第76-78页 |
| 5.3.4 GO和KEGG分析 | 第78-80页 |
| 5.3.5 赖氨酸PTMs与疾病相关的氨基酸突变 | 第80-82页 |
| 5.3.6 转录因子蛋白与PTMs | 第82-84页 |
| 5.4 结论 | 第84-85页 |
| 第6章 结论与展望 | 第85-87页 |
| 6.1 结论 | 第85页 |
| 6.2 展望 | 第85-87页 |
| 致谢 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-105页 |
| 附录A 附录图 | 第105-118页 |
| 附录B 附录表 | 第118-130页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第130页 |
