| 中文摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-16页 |
| 缩略词 | 第16-17页 |
| 第一部分 胶质母细胞瘤突变、基因和miRNA表达数据的整合分析 | 第17-70页 |
| 1. 前言 | 第17-21页 |
| 2. 方法 | 第21-36页 |
| ·检验体细胞突变以及LOH突变与胶质母细胞瘤的关联 | 第21-27页 |
| ·基因和microRNA的生存分析 | 第27页 |
| ·用Lasso方法构建基因共表达网络 | 第27-29页 |
| ·功能模块鉴定与基因富集分析 | 第29-30页 |
| ·基因及miRNA交互作用网络构建 | 第30-32页 |
| ·复杂网络度量及节点排序 | 第32-35页 |
| ·miRNA靶标网络构建 | 第35页 |
| ·突变对miRNA和mRNA表达的调节 | 第35-36页 |
| 3. 结果 | 第36-60页 |
| ·检验体细胞突变和LOH突变与脑瘤的关联 | 第36-37页 |
| ·基因网络分析 | 第37-44页 |
| ·基因差异表达分析 | 第37-38页 |
| ·基因共表达网络分析 | 第38-43页 |
| ·基因交互作用网络分析 | 第43-44页 |
| ·miRNA网络分析 | 第44-48页 |
| ·miRNA差异表达分析 | 第44页 |
| ·miRNA共表达网络分析 | 第44-47页 |
| ·miRNA交互作用网络分析 | 第47-48页 |
| ·miRNA靶标网络 | 第48-54页 |
| ·DNA甲基化分析 | 第54-56页 |
| ·连接突变,基因和miRNA表达和GBM的通路 | 第56-60页 |
| 4. 讨论 | 第60-62页 |
| 5. 参考文献 | 第62-70页 |
| 第二部分 胶质母细胞瘤拷贝数变化的全基因组关联分析 | 第70-92页 |
| 1. 前言 | 第70-73页 |
| 2. 数据及方法 | 第73-77页 |
| ·数据集说明 | 第73页 |
| ·CNVcalling方法 | 第73-74页 |
| ·检验单个CNV片段与疾病的关联 | 第74-75页 |
| ·以基因为单位检验CNV与疾病的关联 | 第75页 |
| ·以通路为单位检验CNV与疾病的关联 | 第75-76页 |
| ·揭示对基因或miRNA表达有调控效应的CNV | 第76-77页 |
| 3. 结果 | 第77-87页 |
| ·与神经胶质母细胞瘤有显著关联的拷贝数变化区段 | 第77-79页 |
| ·基因的CNV关联分析 | 第79-80页 |
| ·通路的CNV关联分析 | 第80-82页 |
| ·CNV影响到的基因和miRNA | 第82-84页 |
| ·拷贝数变化与突变结合分析 | 第84-87页 |
| 4. 讨论 | 第87-88页 |
| 5. 参考文献 | 第88-92页 |
| 第三部分 肿瘤组织中遗传和表观遗传因素对基因表达的相对贡献 | 第92-116页 |
| 1. 前言 | 第92-94页 |
| 2. 数据及方法 | 第94-104页 |
| ·数据集说明 | 第94-95页 |
| ·目前方法存在的问题 | 第95-96页 |
| ·数量遗传和表观遗传学中的混合线性模型 | 第96-98页 |
| ·局部线性嵌入(LLE)方法用于基因组学和表观组学分析 | 第98-101页 |
| ·LASSO用于数据约减 | 第101-104页 |
| 3. 结果 | 第104-110页 |
| ·SNP、CNV、miRNA、甲基化对基因表达的贡献 | 第104-107页 |
| ·CNV和SNP对miRNA表达和甲基化的贡献 | 第107-110页 |
| 4. 讨论 | 第110-113页 |
| 5. 参考文献 | 第113-116页 |
| 博士期间发表论文 | 第116-118页 |
| 后记 | 第118-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
