| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-30页 |
| 1.1 我国四个蒙古系绵羊的品种特征 | 第13-15页 |
| 1.2 DNA甲基化机理研究进展 | 第15-24页 |
| 1.2.1 DNA甲基化机制 | 第15-16页 |
| 1.2.2 DNA甲基转移酶 | 第16-17页 |
| 1.2.3 从头甲基化酶的机制 | 第17-18页 |
| 1.2.4 去甲基化机制 | 第18-20页 |
| 1.2.5 甲基化识别机制 | 第20页 |
| 1.2.6 不同基因元件的DNA甲基化 | 第20-24页 |
| 1.3 DNA甲基化与表型差异研究 | 第24-26页 |
| 1.4 检测DNA甲基化方法 | 第26-28页 |
| 1.4.1 内切酶消化法 | 第26页 |
| 1.4.2 亲和富集法 | 第26-27页 |
| 1.4.3 重亚硫酸盐转化法 | 第27页 |
| 1.4.4 综合法-MassARRAY | 第27-28页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第28-30页 |
| 第二章 四个蒙古系绵羊品种的DNA甲基化研究 | 第30-63页 |
| 2.1 引言 | 第30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-33页 |
| 2.2.1 四个绵羊品种的遗传背景检测 | 第30-32页 |
| 2.2.2 四个绵羊品种的DNA甲基化研究 | 第32-33页 |
| 2.2.3 乌珠穆沁羊性别差异研究 | 第33页 |
| 2.3 数据分析 | 第33-35页 |
| 2.3.1 四个绵羊品种的群体遗传分化指数计算 | 第33页 |
| 2.3.2 四个绵羊品种的DNA甲基化研究数据分析 | 第33-35页 |
| 2.3.3 乌珠穆沁羊性别差异甲基化区域的筛选 | 第35页 |
| 2.4 MeDIP-seq准确性验证 | 第35-38页 |
| 2.4.1 MassARRAY引物设计 | 第36页 |
| 2.4.2 PCR扩增 | 第36-37页 |
| 2.4.3 SAP反应 | 第37页 |
| 2.4.4 T切反应/RNase A消化 | 第37-38页 |
| 2.4.5 去盐 | 第38页 |
| 2.5 结果与分析 | 第38-59页 |
| 2.5.1 四个绵羊品种的Fst值 | 第38-41页 |
| 2.5.2 MeDIP-seq测序DNA质量 | 第41-42页 |
| 2.5.3 基因组比对结果 | 第42-43页 |
| 2.5.4 Pearson相关分析结果 | 第43-44页 |
| 2.5.5 DNA甲基化图谱 | 第44-45页 |
| 2.5.6 MeDIP-seq准确性验证 | 第45-46页 |
| 2.5.7 基因元件的分布 | 第46-48页 |
| 2.5.8 品种特有DNA甲基化区域的筛选 | 第48-55页 |
| 2.5.9 乌珠穆沁羊性别差异甲基化区域的筛选 | 第55-59页 |
| 2.6 讨论 | 第59-62页 |
| 2.6.1 四个绵羊品种的群体分化指数 | 第59-60页 |
| 2.6.2 外显子与内含子的DNA甲基化水平 | 第60页 |
| 2.6.3 品种特有DNA甲基化区域 | 第60页 |
| 2.6.4 潜在与性别相关的信号通路 | 第60-62页 |
| 2.7 小结 | 第62-63页 |
| 第三章 绵羊体型相关的候选差异甲基化区域的筛选与验证 | 第63-79页 |
| 3.1 引言 | 第63页 |
| 3.2 材料与方法 | 第63-69页 |
| 3.2.1 身体质量指数测量 | 第63页 |
| 3.2.2 验证实验个体的选择 | 第63页 |
| 3.2.3 主要仪器设备 | 第63-64页 |
| 3.2.4 主要实验试剂 | 第64页 |
| 3.2.5 MassARRAY引物信息 | 第64-65页 |
| 3.2.6 RNA提取 | 第65-66页 |
| 3.2.7 RNA反转录cDNA | 第66页 |
| 3.2.8 荧光定量PCR引物设计 | 第66-67页 |
| 3.2.9 荧光定量PCR | 第67-68页 |
| 3.2.10 蛋白提取 | 第68页 |
| 3.2.11 BCA法蛋白定量 | 第68页 |
| 3.2.12 蛋白浓度调整 | 第68页 |
| 3.2.13 目的蛋白Western Blot | 第68-69页 |
| 3.2.14 内参蛋白Western Blot | 第69页 |
| 3.3 结果与分析 | 第69-76页 |
| 3.3.1 身体质量指数结果 | 第70页 |
| 3.3.2 与体型相关的候选差异甲基化区域 | 第70-71页 |
| 3.3.3 验证基因的甲基化水平 | 第71-72页 |
| 3.3.4 验证基因的mRNA表达水平 | 第72-73页 |
| 3.3.5 验证基因甲基化和mRNA表达的关系 | 第73-74页 |
| 3.3.6 验证基因的蛋白表达结果及其与甲基化和mRNA表达的关系 | 第74-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-78页 |
| 3.4.1 验证基因的DNA甲基化水平 | 第76页 |
| 3.4.2 甲基化水平和基因表达之间的关系 | 第76-78页 |
| 3.5 小结 | 第78-79页 |
| 第四章 绵羊繁殖性能相关差异甲基化区域及单核苷酸突变位点的筛选 | 第79-92页 |
| 4.1 引言 | 第79页 |
| 4.2 材料与方法 | 第79页 |
| 4.3 数据分析 | 第79-80页 |
| 4.4 结果分析 | 第80-89页 |
| 4.4.1 单核苷酸突变位点在基因组的分布情况 | 第80-82页 |
| 4.4.2 样本的Ts/Tv值及纯合、杂合率 | 第82-83页 |
| 4.4.3 碱基及氨基酸转化 | 第83-84页 |
| 4.4.4 高繁组绵羊和低繁组绵羊差异单核苷酸突变位点的扫描 | 第84-85页 |
| 4.4.5 位于绵羊QTL的单核苷酸突变位点 | 第85-86页 |
| 4.4.6 高繁组绵羊和低繁组绵羊差异甲基化区域的扫描 | 第86-87页 |
| 4.4.7 位于差异甲基化区域的单核苷酸突变位点 | 第87-89页 |
| 4.5 讨论 | 第89-91页 |
| 4.5.1 影响Ts/Tv的因素 | 第89-90页 |
| 4.5.2 与繁殖性能相关的单核苷酸突变位点 | 第90-91页 |
| 4.5.3 FecB基因的功能研究 | 第91页 |
| 4.6 小结 | 第91-92页 |
| 第五章 结论 | 第92-94页 |
| 5.1 主要结论 | 第92-93页 |
| 5.2 创新之处 | 第93页 |
| 5.3 不足之处和下一步工作建议 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 附录 | 第104-142页 |
| 1. MeDIP-seq样本DNA质检凝胶电泳图 | 第104页 |
| 2. 与绵羊体型相关候选差异甲基化区域 | 第104-119页 |
| 3. 位于位于绵羊QTL数据库的359个单核苷酸突变位点 | 第119-142页 |
| 作者简历 | 第142页 |
