| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 符号说明 | 第11-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-21页 |
| 1 引言 | 第16-17页 |
| 2 美国杂草稻起源的研究进展 | 第17页 |
| 3 马来西亚杂草稻起源的研究进展 | 第17-18页 |
| 4 目标区域捕获测序技术(Target Sequence) | 第18-19页 |
| 5 本研究的目的意义 | 第19页 |
| 6 技术路线 | 第19-21页 |
| 第二章 利用Rc基因研究马来西亚杂草稻起源 | 第21-56页 |
| 1 引言 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-38页 |
| 2.1 材料 | 第22-32页 |
| 2.2 主要仪器设备 | 第32页 |
| 2.3 药品与试剂 | 第32页 |
| 2.4 DNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.5 Rc基因的目捕获测序(Target Sequence) | 第33页 |
| 2.6 Rc基因的数据分析 | 第33-34页 |
| 2.7 Rc基因exon 7的Sanger测序 | 第34-35页 |
| 2.7.1 目的片段的PCR扩增和纯化 | 第34页 |
| 2.7.2 目的DNA片段(exon 7)的测序 | 第34-35页 |
| 2.8 An-1基因目标片段的Sanger测序 | 第35-38页 |
| 2.8.1 目的片段的PCR扩增和纯化 | 第36-37页 |
| 2.8.2 目的DNA片段的测序 | 第37-38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-51页 |
| 3.1 Rc等位基因在ML树上的分布及其与谷粒颜色的关联性 | 第38-40页 |
| 3.2 不同起源马来西亚杂草稻所特有的SNPs | 第40-41页 |
| 3.3 遗传多样性分析 | 第41-50页 |
| 3.4 An-1、Bh4、sh4、Rc等位基因在马来西亚杂草稻中的分布比例 | 第50-51页 |
| 4 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 马来西亚杂草稻复杂遗传背景的贡献因子 | 第51-54页 |
| 4.1.1 野生稻(Oryza rufipogon) | 第51-52页 |
| 4.1.2 地方品种(Red-pericarp rice) | 第52页 |
| 4.1.3 白色的栽培稻(white-pericarp rice) | 第52-53页 |
| 4.1.4 马来西亚杂草稻起源多样性对马来西亚遗传多样性的影响 | 第53-54页 |
| 4.2 Rc基因与杂草稻适应性的关联性 | 第54页 |
| 4.3 马来西亚杂草稻是栽培稻和野生稻(o.rufipogon)之间基因漂流的桥梁 | 第54-55页 |
| 5 小结 | 第55-56页 |
| 第三章 美国杂草稻花期关联基因DTH7遗传变异研究 | 第56-70页 |
| 1 引言 | 第56-59页 |
| 2 材料与方法 | 第59-64页 |
| 2.1 材料 | 第59-62页 |
| 2.2 仪器设备 | 第62页 |
| 2.3 药品与试剂 | 第62页 |
| 2.4 DNA的提取 | 第62-63页 |
| 2.5 美国杂草稻花期的统计 | 第63页 |
| 2.6 DTH 7基因目标捕获测序(TargetSequence) | 第63-64页 |
| 2.7 数据的分析 | 第64页 |
| 3 结果与分析 | 第64-67页 |
| 3.1 美国杂草稻的花期 | 第64-65页 |
| 3.2 DTH7基的基因型 | 第65-66页 |
| 3.3 DTH7基因遗传多样性分析 | 第66-67页 |
| 4 讨论 | 第67-68页 |
| 4.1 杂草稻花期多样性加速了杂草稻蔓延 | 第67-68页 |
| 4.2 杂草稻花期的遗传基础 | 第68页 |
| 5 小结 | 第68-70页 |
| 第四章 美国和马来西亚杂草稻OsC1基因的选择性分析和起源研究 | 第70-92页 |
| 1 引言 | 第70-73页 |
| 2 材料与方法 | 第73-82页 |
| 2.1 材料 | 第73-78页 |
| 2.2 仪器设备 | 第78页 |
| 2.3 药品与试剂 | 第78页 |
| 2.4 DNA的提取 | 第78-79页 |
| 2.5 Osa1基因Sanger的测序 | 第79-81页 |
| 2.5.1 Osa1基因的引物设计和PCR扩增 | 第79-80页 |
| 2.5.2 Osa1基因的PCR产物的纯化 | 第80页 |
| 2.5.3 Osa1基因的测序 | 第80-81页 |
| 2.6 OsC1基因的目标捕获测序 | 第81页 |
| 2.7 数据分析 | 第81-82页 |
| 2.7.1 Osa1基因的遗传多样性分析 | 第81页 |
| 2.7.2 OsC1基因的raw data分析 | 第81-82页 |
| 3 结果与分析 | 第82-90页 |
| 3.1 Osa1基因核苷酸和氨基酸变异分析 | 第82-83页 |
| 3.2 Osa1基因的遗传多样性分析 | 第83-85页 |
| 3.3 OsC1基因核苷酸序列变异分析 | 第85-86页 |
| 3.4 通过OsC1基因的ML树分析杂草稻起源 | 第86-87页 |
| 3.5 杂草稻OsC1基因的遗传多样性分析 | 第87-90页 |
| 4 讨论 | 第90页 |
| 4.1 植物调控基因对植物进化的重要性 | 第90页 |
| 5 小结 | 第90-92页 |
| 第五章 利用ALS基因研究美国、马来西亚、南亚抗除草剂杂草稻起源 | 第92-119页 |
| 1 引言 | 第92-96页 |
| 2 材料和方法 | 第96-103页 |
| 2.1 材料 | 第96-101页 |
| 2.2 仪器设备 | 第101页 |
| 2.3 马来西亚、美国、南亚地区杂草稻除草机抗性分析 | 第101-102页 |
| 2.4 基因组DNA的提取和ALS基因的目标捕获测序 | 第102-103页 |
| 2.4.1 基因组DNA的提取 | 第102页 |
| 2.4.2 ALS基因的目标捕获测序 | 第102-103页 |
| 2.5 马来西亚、美国、南亚地区杂草稻ALS基因SNPs研究 | 第103页 |
| 2.6 ML(Maximum likelihood)进化树分析 | 第103页 |
| 2.7 遗传多样性分析 | 第103页 |
| 3 结果与分析 | 第103-116页 |
| 3.1 DNA的提取 | 第103-104页 |
| 3.2 杂草稻ALS基因上SNPs的分析 | 第104-113页 |
| 3.3 美国、马来西亚、南亚地区杂草稻除草剂抗性 | 第113页 |
| 3.4 利用ML树分析杂草稻除草剂草抗性的起源 | 第113-115页 |
| 3.5 遗传多样性分析 | 第115-116页 |
| 4 讨论 | 第116-118页 |
| 4.1 杂草稻ALS酶的氨基酸变异和咪唑啉酮抗性起源 | 第116-117页 |
| 4.2 控制抗除草杂草稻蔓延的主要措施 | 第117-118页 |
| 5 小结 | 第118-119页 |
| 第六章 结论 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第132页 |
