| 缩略语 | 第6-7页 |
| 中文摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 前言 | 第14-20页 |
| 1. 志贺菌的分型 | 第14页 |
| 2. CRISPR系统的发现与基本结构 | 第14-16页 |
| 3. 基于CRISPR结构的分子分型方法研究进展 | 第16页 |
| 4. CRISPR系统的免疫功能研究进展 | 第16页 |
| 5. CRISPR系统对细菌调节功能的研究进展 | 第16-18页 |
| 6. 研究思路与意义 | 第18-20页 |
| 第一章 志贺菌CRISPR系统的遗传多态性研究 | 第20-49页 |
| 1 实验材料 | 第20-21页 |
| 1.1 菌株 | 第20页 |
| 1.2 试剂及耗材 | 第20页 |
| 1.3 主要仪器 | 第20页 |
| 1.4 试剂配制 | 第20页 |
| 1.5 引物序列 | 第20-21页 |
| 2 实验方法 | 第21-23页 |
| 2.1 细菌的分离培养与核酸提取 | 第21页 |
| 2.2 从数据库中下载CRISPR标准株的CRISPR位点信息 | 第21页 |
| 2.3 对志贺菌与大肠杆菌中CRISPR结构的PCR扩增 | 第21-22页 |
| 2.4 CRISPR位点测序结果分析 | 第22页 |
| 2.5 CRISPR重复序列二级结构预测 | 第22页 |
| 2.6 志贺菌CRISPR间隔序列同源性分析 | 第22-23页 |
| 2.7 基于CRISPR间隔序列的聚类分析 | 第23页 |
| 3. 实验结果 | 第23-47页 |
| 3.1 志贺菌CRISPR结构的分布与特性 | 第23-32页 |
| 3.2 志贺菌CRISPR间隔序列同源性分析 | 第32-33页 |
| 3.3 志贺菌与大肠杆菌中CRISPR结构的比较与进化分析 | 第33-35页 |
| 3.4 志贺菌基于CRISPR系统快速检测与分子分型方法的建立 | 第35-36页 |
| 3.5 志贺菌与其它细菌的CRISPR结构共存性研究 | 第36-46页 |
| 3.6 志贺菌CRISPR-Cas蛋白基因的识别与分析 | 第46-47页 |
| 4 小结 | 第47-49页 |
| 第二章 志贺菌CRISPR系统的免疫功能研究 | 第49-81页 |
| 1 实验材料 | 第49-50页 |
| 1.1 菌株和质粒 | 第49页 |
| 1.2 主要试剂耗材 | 第49-50页 |
| 1.3 主要试剂配制 | 第50页 |
| 1.4 主要仪器 | 第50页 |
| 2 实验方法 | 第50-67页 |
| 2.1 志贺菌Cas蛋白基因簇中的插入序列的无痕敲除的方法 | 第50-58页 |
| 2.2 志贺菌HNS基因敲除株与回复株的构建 | 第58-63页 |
| 2.3 通过转化实验验证CRISPR系统的免疫功能 | 第63-64页 |
| 2.4 通过噬菌体转导实验验证CRISPR系统免疫功能 | 第64-67页 |
| 3 实验结果 | 第67-78页 |
| 3.1 志贺菌中插入序列ISSfl2与IS600的无痕敲除结果 | 第67-71页 |
| 3.2 野生株WT与突变株△ISD的HNS基因敲除结果 | 第71-74页 |
| 3.3 间隔序列同源载体转化实验结果 | 第74-75页 |
| 3.4 噬菌体对志贺菌的转导实验结果 | 第75-78页 |
| 4 小结 | 第78-81页 |
| 第三章 志贺菌CRISPR系统的调控功能研究 | 第81-135页 |
| 1 实验材料 | 第81-82页 |
| 1.1 菌株和质粒 | 第81-82页 |
| 1.2 主要试剂耗材 | 第82页 |
| 1.3 主要试剂配制 | 第82页 |
| 1.4 主要仪器 | 第82页 |
| 2 实验方法 | 第82-91页 |
| 2.1 突变株中glgP基因表达水平研究 | 第82-83页 |
| 2.2 突变株生长曲线分析 | 第83-84页 |
| 2.3 突变株Biolog生化指标分析 | 第84页 |
| 2.4 突变株耐药性检测分析 | 第84-85页 |
| 2.5 志贺菌Cse2及Cse3蛋白序列无痕突变株的构建 | 第85-86页 |
| 2.6 突变株PFGE实验 | 第86-90页 |
| 2.7 基于iTRAQ技术的比较蛋白组学研究 | 第90-91页 |
| 3 实验结果 | 第91-132页 |
| 3.1 野生株与△ISD突变株中glgP基因表达量分析结果 | 第91-92页 |
| 3.2 野生株与插入序列突变株生长曲线的测定结果 | 第92页 |
| 3.3 插入序列突变株Biolog生化指标分析结果 | 第92-97页 |
| 3.4 Cse2及Cse3蛋白无痕突变株构建结果 | 第97-100页 |
| 3.5 Cas蛋白序列突变株的生长曲线分析 | 第100-101页 |
| 3.6 Cas蛋白序列突变株的Biolog生化指标分析 | 第101-103页 |
| 3.7 野生株与突变株PFGE及质粒图谱分析结果 | 第103-104页 |
| 3.8 突变株耐药性分析结果 | 第104-106页 |
| 3.9 野生株与突变株iTRAQ标记的比较蛋白质组学分析 | 第106-132页 |
| 4 小结 | 第132-135页 |
| 讨论 | 第135-141页 |
| 结论 | 第141-142页 |
| 参考文献 | 第142-150页 |
| 附录 | 第150-156页 |
| 代表性论文 | 第156-168页 |
| 个人简介 | 第168-170页 |
| 致谢 | 第170页 |
