| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-34页 |
| 1.1 隐孢子虫与公共健康 | 第14-17页 |
| 1.1.1 隐孢子虫的介水传播 | 第15页 |
| 1.1.2 隐孢子虫的其它传播途径 | 第15-16页 |
| 1.1.3 隐孢子虫病防控策略 | 第16-17页 |
| 1.2 隐孢子虫的病原生物学概况 | 第17-19页 |
| 1.2.1 隐孢子虫形态和生活史 | 第17页 |
| 1.2.2 隐孢子虫分类学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.2.3 隐孢子虫的宿主适应性 | 第18-19页 |
| 1.3 隐孢子虫的检测和基因分型 | 第19-25页 |
| 1.3.1 显微镜镜检 | 第19-20页 |
| 1.3.2 隐孢子虫虫种/基因型区分 | 第20-22页 |
| 1.3.3 隐孢子虫基因亚型区分 | 第22-24页 |
| 1.3.4 隐孢子虫基因分型工具的应用 | 第24-25页 |
| 1.4 人、动物、环境中的隐孢子虫虫种/基因型 | 第25-28页 |
| 1.4.1 感染人的隐孢子虫虫种/基因型 | 第25-27页 |
| 1.4.2 感染动物的隐孢子虫虫种/基因型 | 第27-28页 |
| 1.4.3 地表水中的隐孢子虫虫种/基因型 | 第28页 |
| 1.5 隐孢子虫在我国人、动物、环境中的分布 | 第28-32页 |
| 1.5.1 隐孢子虫在我国人群中的分布 | 第28-29页 |
| 1.5.2 隐孢子虫在我国动物中的分布 | 第29-30页 |
| 1.5.3 隐孢子虫在我国地表水中的分布 | 第30-32页 |
| 1.6 本研究主要内容及意义 | 第32-34页 |
| 第2章 隐孢子虫在上海水环境中的分布及其公共卫生学意义 | 第34-50页 |
| 2.1 前言 | 第34-35页 |
| 2.2 实验材料 | 第35-37页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第35页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第35-36页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第36-37页 |
| 2.3 实验方法 | 第37-42页 |
| 2.3.1 原水絮凝沉淀 | 第37页 |
| 2.3.2 自来水过滤浓缩 | 第37-38页 |
| 2.3.3 其它水样处理 | 第38页 |
| 2.3.4 DNA提取 | 第38页 |
| 2.3.5 虫种/基因型鉴定 | 第38-40页 |
| 2.3.5.1 PCR引物 | 第38-39页 |
| 2.3.5.2 PCR反应体系及反应程序 | 第39页 |
| 2.3.5.3 凝胶电泳 | 第39-40页 |
| 2.3.5.4 限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP) | 第40页 |
| 2.3.6 基因亚型的确定 | 第40-42页 |
| 2.3.6.1 PCR引物 | 第40页 |
| 2.3.6.2 PCR反应体系及反应程序 | 第40-41页 |
| 2.3.6.3 凝胶电泳 | 第41页 |
| 2.3.6.4 PCR产物序列测定 | 第41-42页 |
| 2.3.6.5 序列分析 | 第42页 |
| 2.4 实验结果 | 第42-46页 |
| 2.4.1 隐孢子虫检出率 | 第42-43页 |
| 2.4.2 隐孢子虫虫种/基因型鉴定 | 第43-45页 |
| 2.4.3 隐孢子虫基因亚型鉴定 | 第45-46页 |
| 2.5 讨论 | 第46-48页 |
| 2.5.1 水源中隐孢子虫的公共卫生学意义 | 第46-48页 |
| 2.5.2 生活污水中隐孢子虫的公共卫生学意义 | 第48页 |
| 2.6 本章小结 | 第48-50页 |
| 第3章 隐孢子虫在上海住院儿童中的分布与传播特征 | 第50-67页 |
| 3.1 前言 | 第50页 |
| 3.2 实验材料 | 第50-51页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第50-51页 |
| 3.2.2 实验仪器和试剂 | 第51页 |
| 3.3 实验方法 | 第51-54页 |
| 3.3.1 DNA提取 | 第51页 |
| 3.3.2 虫种/基因型和基因亚型鉴定 | 第51页 |
| 3.3.3 隐孢子虫群体结构分析 | 第51-53页 |
| 3.3.3.1 MLST位点选择 | 第51-52页 |
| 3.3.3.2 群体遗传结构研究 | 第52-53页 |
| 3.3.3.3 亚群体结构分析 | 第53页 |
| 3.3.4 统计学分析 | 第53页 |
| 3.3.5 序列分析和提交 | 第53-54页 |
| 3.4 实验结果 | 第54-65页 |
| 3.4.1 隐孢子虫感染率和暴发源追踪 | 第54页 |
| 3.4.2 隐孢子虫的虫种和基因亚型分布 | 第54-55页 |
| 3.4.3 隐孢子虫感染的年龄、性别、季节分布 | 第55-56页 |
| 3.4.4 隐孢子虫感染与腹泻 | 第56-57页 |
| 3.4.5 C.hominis群体结构分析 | 第57-65页 |
| 3.4.5.1 MLST PCR扩增和测序 | 第57-59页 |
| 3.4.5.2 基因内遗传多样性分析 | 第59-61页 |
| 3.4.5.3 基于等位基因型分布的多位点分析 | 第61-63页 |
| 3.4.5.4 亚群结构分析 | 第63-65页 |
| 3.5 讨论 | 第65-66页 |
| 3.5.1 隐孢子虫的感染来源 | 第65页 |
| 3.5.2 隐孢子虫病的暴发特征 | 第65-66页 |
| 3.6 小结 | 第66-67页 |
| 第4章 隐孢子虫在上海住院儿童中的传播途径及其传染来源追踪 | 第67-86页 |
| 4.1 前言 | 第67页 |
| 4.2 实验材料 | 第67-68页 |
| 4.2.1 样品采集 | 第67页 |
| 4.2.2 实验仪器和试剂 | 第67-68页 |
| 4.3 实验方法 | 第68-71页 |
| 4.3.1 DNA提取 | 第68页 |
| 4.3.2 隐孢子虫基因分型 | 第68页 |
| 4.3.3 贾第虫检测和分型 | 第68-69页 |
| 4.3.4 微孢子虫检测和分型 | 第69页 |
| 4.3.5 艰难梭菌检测和分型 | 第69-70页 |
| 4.3.6 序列分析和提交 | 第70页 |
| 4.3.7 系统进化分析 | 第70-71页 |
| 4.3.8 统计学分析 | 第71页 |
| 4.4 实验结果 | 第71-81页 |
| 4.4.1 院内环境因素调查 | 第71页 |
| 4.4.2 多种病原的传播特征分析 | 第71-80页 |
| 4.4.2.1 感染率 | 第71-72页 |
| 4.4.2.2 基因型和基因亚型分布 | 第72-78页 |
| 4.4.2.3 年龄、性别、腹泻状况与病原感染 | 第78页 |
| 4.4.2.4 多病原传播特征及传播因素分析 | 第78-80页 |
| 4.4.3 隐孢子虫暴发亚型的传染来源追踪 | 第80-81页 |
| 4.5 讨论 | 第81-84页 |
| 4.6 小结 | 第84-86页 |
| 第5章 隐孢子虫在河南HIV+病人中的传播与溯源 | 第86-95页 |
| 5.1 前言 | 第86页 |
| 5.2 实验材料 | 第86-87页 |
| 5.2.1 样本采集 | 第86-87页 |
| 5.2.2 实验仪器和试剂 | 第87页 |
| 5.3 实验方法 | 第87-88页 |
| 5.3.1 DNA提取 | 第87页 |
| 5.3.2 隐孢子虫检测和分型 | 第87-88页 |
| 5.3.3 微孢子虫检测和分型 | 第88页 |
| 5.3.4 序列分析和提交 | 第88页 |
| 5.3.5 系统进化分析 | 第88页 |
| 5.3.6 统计学分析 | 第88页 |
| 5.4 实验结果 | 第88-93页 |
| 5.4.1 感染率和基因分型 | 第88-91页 |
| 5.4.2 与感染相关的风险因素分析 | 第91-93页 |
| 5.5 讨论 | 第93-94页 |
| 5.6 小结 | 第94-95页 |
| 第6章 新型隐孢子虫快速检测和分型工具的建立 | 第95-110页 |
| 6.1 前言 | 第95-97页 |
| 6.2 实验材料 | 第97页 |
| 6.2.1 实验仪器 | 第97页 |
| 6.2.2 实验试剂 | 第97页 |
| 6.2.3 测试样品 | 第97页 |
| 6.3 实验方法 | 第97-99页 |
| 6.3.1 引物和探针设计 | 第97-99页 |
| 6.3.2 real-time反应体系和反应程序 | 第99页 |
| 6.4 实验结果 | 第99-108页 |
| 6.4.1 Mg~(2+)浓度优化和两种检测方法的相对灵敏性 | 第99-103页 |
| 6.4.2 新型LightCycler real-time PCR 工具对临床样本的检测 | 第103-104页 |
| 6.4.3 新型LightCycler real-time PCR工具对地表水样本的检测 | 第104-108页 |
| 6.5 讨论 | 第108-109页 |
| 6.6 小结 | 第109-110页 |
| 第7章 结论和创新点 | 第110-113页 |
| 7.1 主要结论 | 第110-111页 |
| 7.2 论文创新点 | 第111页 |
| 7.3 展望 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-132页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第132-134页 |
| 致谢 | 第134页 |
