| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-19页 |
| 1.1 植物内生细菌的概念 | 第11页 |
| 1.2 植物内生细菌的多样性 | 第11-13页 |
| 1.3 植物内生细菌的研究方法 | 第13-15页 |
| 1.3.1 培养方法 | 第13-14页 |
| 1.3.2 免培养方法 | 第14页 |
| 1.3.3 测序技术的发展历程 | 第14-15页 |
| 1.4 苔藓植物内生细菌的研究进展 | 第15-17页 |
| 1.5 藓类植物基质土壤微生物的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.6 研究目的与意义 | 第18-19页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第19-25页 |
| 2.1 实验材料 | 第19-20页 |
| 2.1.1 实验标本及采集地 | 第19页 |
| 2.1.2 培养基 | 第19-20页 |
| 2.1.3 仪器及试剂 | 第20页 |
| 2.2 山羽藓内生细菌及基质土壤的高通量测序 | 第20-21页 |
| 2.2.1 山羽藓表面灭菌方法 | 第20页 |
| 2.2.2 DNA提取和PCR扩增 | 第20-21页 |
| 2.2.3 构建16SrDNA文库与上机测序 | 第21页 |
| 2.3 高通量测序数据的生物信息学分析 | 第21-25页 |
| 2.3.1 原始数据的区分与统计 | 第21页 |
| 2.3.2 数据优化 | 第21页 |
| 2.3.3 OTU聚类和物种注释 | 第21-22页 |
| 2.3.4 Alpha多样性分析 | 第22-23页 |
| 2.3.5 Beta多样性分析 | 第23页 |
| 2.3.6 多元统计分析 | 第23-25页 |
| 第三章 青海云杉林下山羽藓内生细菌多样性 | 第25-37页 |
| 3.1 结果与分析 | 第25-35页 |
| 3.1.1 山羽藓表面灭菌条件 | 第25-26页 |
| 3.1.2 DNA提取和PCR扩增结果 | 第26页 |
| 3.1.3 数据质控和OTU统计结果 | 第26-27页 |
| 3.1.4 山羽藓和基质土壤细菌的Alpha-多样性分析 | 第27-28页 |
| 3.1.5 山羽藓内生细菌与基质土壤群落组成 | 第28-35页 |
| 3.2 讨论 | 第35-37页 |
| 3.2.1 山羽藓与基质土壤的高通量测序 | 第35页 |
| 3.2.2 山羽藓内生细菌多样性 | 第35-37页 |
| 第四章 沙地云杉林下山羽藓内生细菌多样性 | 第37-48页 |
| 4.1 结果与分析 | 第37-46页 |
| 4.1.1 样品DNA提取和PCR扩增结果 | 第37页 |
| 4.1.2 数据优化和OTU统计结果 | 第37-38页 |
| 4.1.3 山羽藓内生细菌与土壤细菌的Alpha-多样性分析 | 第38-39页 |
| 4.1.4 山羽藓内生细菌与基质土壤的群落组成 | 第39-46页 |
| 4.2 讨论 | 第46-48页 |
| 第五章 两种生境下山羽藓内生细菌比较研究 | 第48-55页 |
| 5.1 结果与分析 | 第48-53页 |
| 5.1.1 两种生境下山羽藓内生细菌的相似性 | 第48-50页 |
| 5.1.2 两种生境下山羽藓内生细菌的差异性 | 第50-53页 |
| 5.2 讨论 | 第53-55页 |
| 第六章 结论 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-65页 |
| 附录 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第67页 |