| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-21页 |
| 1.1 染色质与基因转录调控 | 第9-10页 |
| 1.2 染色质空间结构解析技术 | 第10-17页 |
| 1.2.1 染色质结构 | 第10-11页 |
| 1.2.2 染色质空间结构捕获技术 | 第11-12页 |
| 1.2.3 Hi-C技术以及其应用 | 第12-16页 |
| 1.2.3.1 Hi-C图谱中的“格子图案”模型 | 第13-15页 |
| 1.2.3.2 拓扑关联结构域(TAD) | 第15-16页 |
| 1.2.4 染色质相互作用数据 | 第16-17页 |
| 1.3 基因转录调控 | 第17-19页 |
| 1.3.1 基因转录调控 | 第17页 |
| 1.3.2 核小体定位及其对基因转录调控的影响 | 第17-18页 |
| 1.3.3 组蛋白修饰及其对基因转录调控的影响 | 第18页 |
| 1.3.4 多外显子基因与单外显子基因具有不同的转录调控特点 | 第18-19页 |
| 1.4 研究内容与意义 | 第19-20页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第19-20页 |
| 1.4.2 研究意义 | 第20页 |
| 1.5 论文结构 | 第20-21页 |
| 第二章 数据和方法 | 第21-27页 |
| 2.1 染色质相互作用数据 | 第21页 |
| 2.2 多外显子基因和单外显子基因数据筛选方法 | 第21-22页 |
| 2.3 基于染色质相互作用的基因聚类分析方法 | 第22-23页 |
| 2.3.1 基因转录起始位点的染色质相互作用统计 | 第22页 |
| 2.3.2 基于染色质相互作用数据的基因聚类方法 | 第22-23页 |
| 2.4 TAD鉴定方法 | 第23-25页 |
| 2.5 基因表达数据分析 | 第25页 |
| 2.6 核小体定位数据 | 第25-26页 |
| 2.7 组蛋白修饰数据 | 第26页 |
| 2.8 基因功能富集分析 | 第26-27页 |
| 第三章 基因组尺度的染色质相互作用分析 | 第27-33页 |
| 3.1 引言 | 第27页 |
| 3.2 人类基因组小染色体间的相互作用更强 | 第27-30页 |
| 3.3 基因组中的拓扑关联结构域(TAD)分析 | 第30-31页 |
| 3.4 本章小结 | 第31-33页 |
| 第四章 多外显子基因的染色质相互作用及其基因调控作用分析 | 第33-51页 |
| 4.1 引言 | 第33页 |
| 4.2 基于染色质相互作用数据的多外显子基因聚类 | 第33-37页 |
| 4.2.1 多外显子基因染色质相互作用可以分为5类模式 | 第33-36页 |
| 4.2.2 染色质相互作用强的多外显子基因表达水平高 | 第36-37页 |
| 4.3 多外显子基因不同染色质相互作用模式与核小体占据水平有关 | 第37-39页 |
| 4.4 多外显子基因染色质相互作用强度与活性组蛋白修饰呈正相关关系 | 第39-43页 |
| 4.5 染色质相互作用强度高的多外显子基因TSS更倾向位于TAD边界 | 第43-45页 |
| 4.6 不同染色质相互作用模式的多外显子基因簇GO基因功能富集不同 | 第45-48页 |
| 4.7 本章小结 | 第48-51页 |
| 第五章 单外显子基因的染色质相互作用及其基因调控作用分析 | 第51-67页 |
| 5.1 引言 | 第51页 |
| 5.2 基于染色质相互作用数据的单外显子基因聚类 | 第51-55页 |
| 5.2.1 单外显子基因具有4类染色质相互作用模式 | 第51-54页 |
| 5.2.2 单外显子基因表达水平低 | 第54-55页 |
| 5.3 单外显子基因核小体占据水平高 | 第55-57页 |
| 5.4 单外显子基因不同染色质相互作用模式与组蛋白修饰的关系 | 第57-61页 |
| 5.5 单外显子基因不同染色质相互作用模式与TAD的关系 | 第61-62页 |
| 5.6 单外显子基因GO功能富集分析 | 第62-64页 |
| 5.7 本章小结 | 第64-67页 |
| 第六章 总结与展望 | 第67-69页 |
| 6.1 总结 | 第67-68页 |
| 6.2 展望 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 作者简介 | 第75页 |
