| 第一部分:结核分枝杆菌分子流行病学研究 | 第1-58页 |
| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 前言 | 第10-12页 |
| 材料与方法 | 第12-18页 |
| ·实验材料 | 第12-13页 |
| ·实验菌株来源和标准菌株H37RV DNA样品 | 第12页 |
| ·主要试剂及配方 | 第12-13页 |
| ·引物合成 | 第13页 |
| ·仪器设备 | 第13页 |
| ·实验方法 | 第13-18页 |
| ·结核分枝杆菌散在重复单位(MIRU)分型方法的建立 | 第13-16页 |
| ·结核分枝杆菌北京基因型鉴定方法的建立 | 第16页 |
| ·数据分析 | 第16-18页 |
| 结果 | 第18-35页 |
| ·结核分枝杆菌分离株的来源 | 第18页 |
| ·结核分枝杆菌成簇结果 | 第18页 |
| ·结核分枝杆菌菌株MIRU基因分型结果 | 第18-27页 |
| ·北京家族基因分型结果 | 第27-30页 |
| ·MIRU基因分型和北京型基因分型联合分型结果 | 第30-33页 |
| ·结核分枝杆菌耐药特点 | 第33页 |
| ·结核分枝杆菌成簇率的影响因素 | 第33-34页 |
| ·成簇病例地理位置分布特点及与结核病传播的关系 | 第34-35页 |
| 讨论 | 第35-38页 |
| 结论 | 第38-39页 |
| 参考文献 | 第39-42页 |
| 附录 | 第42-58页 |
| 第二部分:临床结核分枝杆菌利福平依赖表型与基因型变异研究 | 第58-81页 |
| 中文摘要 | 第58-60页 |
| 英文摘要 | 第60-62页 |
| 前言 | 第62-64页 |
| 材料与方法 | 第64-68页 |
| ·实验材料 | 第64-65页 |
| ·实验菌株 | 第64页 |
| ·主要的试剂 | 第64页 |
| ·主要仪器设备 | 第64页 |
| ·基因组、转录组测序 | 第64-65页 |
| ·实验方法 | 第65-68页 |
| ·传代培养 | 第65页 |
| ·萋尔-纳尔逊(Ziehl-Neelsen)抗酸染色 | 第65-66页 |
| ·抗酸染色结果镜检 | 第66页 |
| ·提取利福平依赖菌株基因组DNA | 第66页 |
| ·基因分型 | 第66页 |
| ·提取菌株1034 RNA | 第66-68页 |
| 结果 | 第68-76页 |
| ·确定结核分枝杆菌利福平依赖菌株及病例基本资料 | 第68页 |
| ·传代培养 | 第68-72页 |
| ·提取利福平依赖菌株基因组DNA | 第72页 |
| ·4株结核分枝杆菌利福平依赖菌株基因分型结果 | 第72-75页 |
| ·MIRU基因分型结果 | 第72-75页 |
| ·北京基因型分型结果 | 第75页 |
| ·提取依赖菌株RNA | 第75页 |
| ·利福平依赖菌株1034全基因组和转录组测序 | 第75-76页 |
| 讨论 | 第76-78页 |
| 结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-81页 |
| 第三部分 综述:结核分枝杆菌基因分型方法的研究进展 | 第81-91页 |
| ·结核分枝杆菌目前常用的几种基因分型方法 | 第81-86页 |
| ·结核分枝杆菌标准分型方法:IS6110 RFLP | 第81-82页 |
| ·PCR单链构象多态性(PCR—SSCP)分型方法 | 第82-83页 |
| ·单核苷酸多态性分型 | 第83-84页 |
| ·间隔区寡核营酸分型法 | 第84页 |
| ·可变串联重复序列 | 第84-85页 |
| ·靶向缺失区多重方法鉴定 | 第85-86页 |
| ·结核分枝杆菌基因分型方法在结核病分子流行病中的应用 | 第86-87页 |
| ·在结核分枝杆菌传播中的应用 | 第86页 |
| ·在"北京家族"中的应用 | 第86-87页 |
| ·在检测实验室交叉污染中的应用 | 第87页 |
| ·在结核病暴发中的评估作用 | 第87页 |
| ·结核分枝杆菌分型技术展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-91页 |
| 基金资助情况 | 第91-92页 |
| 攻读学位期间的学术成果 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93页 |
