| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 引言 | 第9页 |
| 1.2 课题研究背景 | 第9-11页 |
| 1.2.1 木聚糖酶耐热性研究进展 | 第9-10页 |
| 1.2.2 氨基酸网络研究进展 | 第10-11页 |
| 1.3 研究方法 | 第11-14页 |
| 1.3.1 Voronoi多边形 | 第11页 |
| 1.3.2 复杂网络 | 第11-12页 |
| 1.3.3 聚类算法研究进展 | 第12-13页 |
| 1.3.4 进化聚类框架 | 第13-14页 |
| 1.4 本文的研究意义 | 第14-15页 |
| 1.5 研究目标和主要工作 | 第15-16页 |
| 第二章 水与木聚糖酶耐热性关系的研究 | 第16-26页 |
| 2.1 引言 | 第16页 |
| 2.2 材料和方法 | 第16-19页 |
| 2.2.1 数据集与分子动力学模拟 | 第16-17页 |
| 2.2.2 识别与木聚糖酶相互作用的水分子的Voronoi算法描述 | 第17页 |
| 2.2.3 构建残基-水相互作用无加权网络 | 第17页 |
| 2.2.4 网络中水节点的平均拓扑参数的计算 | 第17-18页 |
| 2.2.5 基于hub水残基-水相互作用网络聚类 | 第18-19页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第19-25页 |
| 2.3.1 木聚糖酶中与氨基酸残基相互作用的水分子分布 | 第19-21页 |
| 2.3.2 木聚糖酶中hub水的数量随模拟时间和温度的变化分析 | 第21页 |
| 2.3.3 木聚糖酶氨基酸残基-水相互作用网络中水的网络特性分析 | 第21-23页 |
| 2.3.4 子网规模与木聚糖酶耐热性的关系 | 第23-24页 |
| 2.3.5 水在子网中所占比例与木聚糖酶耐热性的关系 | 第24-25页 |
| 2.4 本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 木聚糖酶氨基酸网络中关键残基的鉴别与演化 | 第26-37页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 木聚糖酶氨基酸网络拓扑分析方法 | 第26-29页 |
| 3.2.1 氨基酸网络节点中的拓扑属性 | 第26-27页 |
| 3.2.2 关键残基的鉴别方法FPC | 第27-29页 |
| 3.2.3 关键残基与木聚糖酶的耐热性 | 第29页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第29-35页 |
| 3.3.1 木聚糖酶氨基酸网络分析 | 第29-30页 |
| 3.3.2 在木聚糖酶氨基酸网络中鉴别关键残基 | 第30-32页 |
| 3.3.3 关键残基分析及在木聚糖酶氨基酸网络中的演化 | 第32-35页 |
| 3.4 本章小结 | 第35-37页 |
| 第四章 适用于木聚糖酶氨基酸网络的聚类算法改进研究 | 第37-45页 |
| 4.1 引言 | 第37页 |
| 4.2 材料与方法 | 第37-40页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第37页 |
| 4.2.2 数据预处理算法 | 第37-38页 |
| 4.2.3 适用于氨基酸网络的S-FCM算法 | 第38-39页 |
| 4.2.4 聚类结果评价 | 第39-40页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第40-44页 |
| 4.3.1 算法初始节点和分类数目的选择 | 第40-41页 |
| 4.3.2 FCM算法、KFCM算法与S-FCM算法聚类的质量和精度比较 | 第41-43页 |
| 4.3.3 耐热木聚糖酶和常温木聚糖酶网络中社团属性的比较 | 第43-44页 |
| 4.4 本章小结 | 第44-45页 |
| 第五章 木聚糖酶氨基酸网络的进化聚类研究 | 第45-54页 |
| 5.1 引言 | 第45页 |
| 5.2 方法 | 第45-49页 |
| 5.2.1 动态社团分析模型 | 第45-47页 |
| 5.2.2 在氨基酸动态网络中追踪社团的演化 | 第47-49页 |
| 5.2.3 动态社团基本属性 | 第49页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第49-53页 |
| 5.3.1 进化聚类框架中阈值的选择 | 第49-51页 |
| 5.3.2 常温木聚糖酶与耐热木聚糖酶社团演化的差异 | 第51-53页 |
| 5.4 本章小结 | 第53-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-56页 |
| 6.1 论文总结 | 第54-55页 |
| 6.2 工作展望 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录: 氨基酸中英文对照及缩写 | 第63-64页 |
| 附录: 作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第64页 |
