| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第8-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-27页 |
| 1.1 乳腺癌 | 第11-13页 |
| 1.2 肿瘤干细胞 | 第13-16页 |
| 1.3 表观遗传修饰与肿瘤 | 第16-23页 |
| 1.3.1 DNA甲基化与肿瘤 | 第16-18页 |
| 1.3.2 非编码RNA与肿瘤 | 第18-21页 |
| 1.3.3 组蛋白修饰与肿瘤 | 第21-23页 |
| 1.4 染色质免疫共沉淀联合高通量测序技术 | 第23-26页 |
| 1.5 研究内容概述/研究目的与研究意义 | 第26-27页 |
| 第2章 材料、仪器设备与方法 | 第27-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.1.1 细胞株 | 第27页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第27-28页 |
| 2.2 仪器设备 | 第28-29页 |
| 2.3 常用试剂配制 | 第29-30页 |
| 2.4 实验方法 | 第30-36页 |
| 2.4.1 细胞复苏、培养、传代与冻存 | 第30-33页 |
| 2.4.2 流式细胞仪细胞分选 | 第33-34页 |
| 2.4.3 染色质免疫共沉淀 | 第34-35页 |
| 2.4.4 回收DNA片段 | 第35页 |
| 2.4.5 DNA凝胶电泳 | 第35-36页 |
| 2.5 数据分析方法 | 第36-39页 |
| 2.5.1 ChIP DNA测序 | 第36页 |
| 2.5.2 原始数据预处理(reads filter) | 第36页 |
| 2.5.3 Reads定位(reads mapping) | 第36-37页 |
| 2.5.4 富集峰找寻(peak calling) | 第37页 |
| 2.5.5 富集峰注释 | 第37页 |
| 2.5.6 组蛋白甲基化差异绑定位点找寻 | 第37页 |
| 2.5.7 差异绑定位点基因注释及下游分析 | 第37-39页 |
| 2.5.7.1 差异绑定位点基因注释及通路分析 | 第37-38页 |
| 2.5.7.2 差异绑定位点在染色体上分布统计 | 第38页 |
| 2.5.7.3 差异富集峰亚型分类分析 | 第38页 |
| 2.5.7.4 差异位点在增强子中分布分析 | 第38-39页 |
| 第3章 结果与分析 | 第39-57页 |
| 3.1 乳腺癌肿瘤干细胞的分选 | 第39页 |
| 3.2 组蛋白特异性甲基化修饰富集峰找寻 | 第39-43页 |
| 3.3 组蛋白甲基化差异绑定位点的找寻 | 第43-49页 |
| 3.4 组蛋白修饰差异绑定位点下游分析 | 第49-57页 |
| 第4章 讨论与总结 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-71页 |
| 作者简历及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第71页 |
