CDK2的分子动力学模拟研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶家族 | 第9-11页 |
| 1.2 CDK2简述 | 第11-13页 |
| 1.3 本论文的研究目的 | 第13-14页 |
| 第二章 分子动力学模拟及分析方法 | 第14-23页 |
| 2.1 分子动力学模拟简述 | 第14页 |
| 2.2 积分算法 | 第14-16页 |
| 2.3 分子力场 | 第16-17页 |
| 2.3.1 CHARMM力场 | 第16页 |
| 2.3.2 AMBER力场 | 第16-17页 |
| 2.4 分子动力学模拟的系综 | 第17页 |
| 2.5 周期性边界条件 | 第17页 |
| 2.6 分子动力学模拟软件 | 第17-19页 |
| 2.6.1 NAMD | 第18页 |
| 2.6.2 AMBER | 第18-19页 |
| 2.7 分析方法介绍 | 第19-23页 |
| 2.7.1 主链二面角 | 第19页 |
| 2.7.2 二面角数据的主成分分析 | 第19-20页 |
| 2.7.3 DSSP | 第20页 |
| 2.7.4 RMSD | 第20-21页 |
| 2.7.5 RMSF | 第21页 |
| 2.7.6 回旋半径 | 第21-22页 |
| 2.7.7 箱线图 | 第22-23页 |
| 第三章 分子动力学模拟步骤 | 第23-30页 |
| 3.1 准备阶段 | 第23-27页 |
| 3.1.1 补全残基 | 第23-27页 |
| 3.1.2 预处理 | 第27页 |
| 3.2 构建模拟体系 | 第27-28页 |
| 3.3 对体系进行分子动力学模拟 | 第28-30页 |
| 第四章 结果和讨论 | 第30-46页 |
| 4.1 CDK2的二级结构 | 第30页 |
| 4.2 CDK2晶体结构的RMSD值及分组 | 第30-35页 |
| 4.3 回旋半径 | 第35页 |
| 4.4 RMSF分析 | 第35-36页 |
| 4.5 主链二面角分布 | 第36-39页 |
| 4.6 多个时间尺度上的构象分析 | 第39-46页 |
| 4.6.1 计算主链二面角分组间的转化次数 | 第39-40页 |
| 4.6.2 在多个时间尺度上对样本空间分组 | 第40页 |
| 4.6.3 判断晶体结构所属的构象子集 | 第40-46页 |
| 结论 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 作者简介 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53页 |
