| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 术语、符号说明 | 第8-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-49页 |
| ·研究目的和意义 | 第14-15页 |
| ·国内外研究现状 | 第15-47页 |
| ·动物胃肠道微生物 | 第15-30页 |
| ·宏基因组学 | 第30-44页 |
| ·芳香族化合物微生物降解代谢的研究进展 | 第44-47页 |
| ·研究的内容及技术路线 | 第47-49页 |
| ·研究内容 | 第47-48页 |
| ·技术路线 | 第48-49页 |
| 第二章 基于 16S rRNA基因的倭蜂猴粪便菌群多样性研究 | 第49-64页 |
| ·引言 | 第49页 |
| ·实验材料与方法 | 第49-55页 |
| ·倭蜂猴粪便样品的采集 | 第49页 |
| ·菌种 | 第49页 |
| ·培养基 | 第49-50页 |
| ·试剂与仪器 | 第50页 |
| ·细菌 16S rRNA基因扩增引物 | 第50页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物基因组DNA的提取 | 第50-52页 |
| ·倭蜂猴粪便细菌 16S r DNA文库构建及系统发育分析 | 第52-55页 |
| ·结果和分析 | 第55-61页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物基因组DNA的提取 | 第55-56页 |
| ·PCR扩增细菌 16S rDNA | 第56-57页 |
| ·16S rDNA克隆、转化和文库构建 | 第57页 |
| ·菌落PCR验证阳性克隆 | 第57-58页 |
| ·阳性克隆的PCR-RFLP分析 | 第58页 |
| ·系统进化分析 | 第58-61页 |
| ·讨论 | 第61-64页 |
| 第三章 基于宏基因组学的倭蜂猴粪便微生物组成研究 | 第64-81页 |
| ·引言 | 第64页 |
| ·实验材料与方法 | 第64-66页 |
| ·倭蜂猴粪便样品的采集 | 第64页 |
| ·DNA提取及Shotgun Pyrosequencing | 第64-65页 |
| ·生物信息学和统计学分析 | 第65-66页 |
| ·结果和分析 | 第66-79页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物基因组DNA的提取 | 第66页 |
| ·Shotgun Pyrosequencing | 第66-69页 |
| ·倭蜂猴粪便细菌的进化分析 | 第69-72页 |
| ·倭蜂猴粪便真菌的进化分析 | 第72-73页 |
| ·倭蜂猴粪便古菌的进化分析 | 第73-75页 |
| ·倭蜂猴粪便病毒的进化分析 | 第75-76页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物组成的比较宏基因组分析 | 第76-79页 |
| ·讨论 | 第79-81页 |
| 第四章 基于宏基因组学的倭蜂猴粪便微生物潜在功能及代谢研究 | 第81-99页 |
| ·引言 | 第81页 |
| ·实验材料与方法 | 第81-83页 |
| ·倭蜂猴粪便样品的采集 | 第81页 |
| ·DNA提取及Shotgun Pyrosequencing | 第81-82页 |
| ·生物信息学和统计学分析 | 第82-83页 |
| ·KEGG代谢途径分析 | 第83页 |
| ·结果与分析 | 第83-97页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物宏基因组的SEED subsystems功能分类 | 第83-84页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物宏基因组的COG功能分类 | 第84-85页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物功能的比较宏基因组分析 | 第85-90页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物宏基因组的碳水化合物活性酶类注释 | 第90-95页 |
| ·KEGG代谢途径分析 | 第95-97页 |
| ·讨论 | 第97-99页 |
| 第五章 倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库构建及芳香族化合物代谢基因的研究 | 第99-128页 |
| ·引言 | 第99-100页 |
| ·实验材料与方法 | 第100-106页 |
| ·倭蜂猴粪便样品的采集 | 第100页 |
| ·DNA提取 | 第100页 |
| ·宏基因组Fosmid文库构建 | 第100-104页 |
| ·宏基因组Fosmid文库中芳香族化合物代谢相关基因的活性筛选 | 第104-105页 |
| ·Fosmid质粒提取、验证、测序和分析 | 第105页 |
| ·苯乙酸代谢基因簇和基因的分析及其系统进化树构建 | 第105页 |
| ·苯乙酰辅酶A连接酶paaK的生物信息学分析 | 第105-106页 |
| ·试剂与仪器 | 第106页 |
| ·结果与分析 | 第106-126页 |
| ·倭蜂猴粪便微生物宏基因组DNA提取结果 | 第106-107页 |
| ·倭蜂猴粪便样品中目的DNA的回收 | 第107-109页 |
| ·Fosmid宏基因组文库构建 | 第109页 |
| ·Fosmid宏基因组文库评估 | 第109-111页 |
| ·Fosmid宏基因组文库中芳香族化合物代谢基因筛选 | 第111-112页 |
| ·Fosmid质粒测序和分析 | 第112-114页 |
| ·scaffold11中苯乙酸代谢基因簇的序列分析 | 第114-116页 |
| ·scaffold3中苯乙酸代谢基因簇的序列分析 | 第116-120页 |
| ·Brevibacterium sp.苯乙酸代谢基因簇中苯乙酰辅酶A连接酶基因paaK的序列分析及其系统进化研究 | 第120-121页 |
| ·Brevibacterium sp.苯乙酸代谢基因簇中paaK的一级结构预测 | 第121-122页 |
| ·Brevibacterium sp.苯乙酸代谢基因簇中paa K的二级结构预测 | 第122-124页 |
| ·Brevibacterium sp.苯乙酸代谢基因簇中paaK的保守结构域分析和多序列比对 | 第124-126页 |
| ·Brevibacterium sp.苯乙酸代谢基因簇中paaK的三级结构预测 | 第126页 |
| ·讨论 | 第126-128页 |
| 第六章 结论与建议 | 第128-132页 |
| ·结论与创新点 | 第128-129页 |
| ·研究结论 | 第128-129页 |
| ·创新点 | 第129页 |
| ·建议与展望 | 第129-132页 |
| 参考文献 | 第132-153页 |
| 附录 | 第153-156页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文和研究成果 | 第156-158页 |
| 致谢 | 第158页 |
