| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 符号说明 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-55页 |
| ·限制—修饰系统简介 | 第14-22页 |
| ·限制—修饰系统的概述 | 第14-16页 |
| ·限制—修饰系统的分类 | 第16-20页 |
| ·限制—修饰系统检测方法的确立 | 第20-22页 |
| ·DNA磷硫酰化修饰 | 第22-53页 |
| ·DNA降解现象(DNA Degradation,Dnd)的前期研究 | 第24-29页 |
| ·DNA磷硫酰化修饰生物合成基因簇的分离及概念的提出 | 第29-39页 |
| ·DNA磷硫酰化修饰的相关研究进展 | 第39-46页 |
| ·参与DNA磷硫酰化修饰相关蛋白的功能研究 | 第46-53页 |
| ·本课题研究的目的、意义以及主要研究内容 | 第53-55页 |
| ·研究内容 | 第53-54页 |
| ·研究目的 | 第54-55页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第55-85页 |
| ·实验材料 | 第55-69页 |
| ·菌株(表2-1) | 第55-59页 |
| ·质粒(表2-2) | 第59-63页 |
| ·研究中所用引物(表2-3) | 第63-65页 |
| ·抗生素及使用浓度(表2-4) | 第65页 |
| ·培养基的配制及试剂配方 | 第65-69页 |
| ·实验方法 | 第69-85页 |
| ·细菌(大肠杆菌及沙门氏菌)培养及保存方法 | 第69-70页 |
| ·细菌感受态的制备方法 | 第70页 |
| ·转化方法 | 第70-71页 |
| ·质粒的提取及检测方法 | 第71-72页 |
| ·小量PCR产物的纯化(QIAGEN试剂盒) | 第72页 |
| ·DNA凝胶回收片段的纯化(OMEGA试剂盒) | 第72页 |
| ·目的片段的扩增体系 | 第72-73页 |
| ·T-A克隆体系 | 第73页 |
| ·DNA的酶切反应体系 | 第73页 |
| ·DNA的酶连反应体系 | 第73-74页 |
| ·大肠杆菌质粒DNA的快速抽提及检测 | 第74页 |
| ·利用定点突变对质粒进行改造 | 第74-75页 |
| ·在质粒pJTU1238上dndE基因同框缺失方法的建立 | 第75页 |
| ·组氨酸标签基因重组蛋白的诱导表达 | 第75页 |
| ·组氨酸标签基因重组蛋白的纯化 | 第75-76页 |
| ·蛋白浓度的测定(参照Bradford法) | 第76-77页 |
| ·抗原蛋白兔抗体的制备 | 第77页 |
| ·大肠杆菌及沙门氏菌基因组DNA的提取方法(QIAGEN试剂盒柱提法) | 第77-78页 |
| ·细菌基因组DNA的提取方法(化学试剂手提法) | 第78页 |
| ·基因组DNA的酶解方法 | 第78页 |
| ·DNA磷硫酰化修饰标准曲线的制作方法 | 第78-79页 |
| ·LC-MS/MS方法检测DNA磷硫酰化修饰 | 第79-80页 |
| ·细菌基因转录水平的定量分析 | 第80-82页 |
| ·细菌基因表达水平的定量分析(Western blot法) | 第82-83页 |
| ·TM扫描电镜观察菌体形态 | 第83页 |
| ·TEV蛋白酶去除融合标签的方法 | 第83-85页 |
| 第三章 DndE蛋白在生理条件下对DNA磷硫酰化修饰体系的影响 | 第85-120页 |
| ·前言 | 第85-86页 |
| ·结果与分析 | 第86-116页 |
| ·DndE蛋白的表达与纯化及相关抗体的制备 | 第86-89页 |
| ·dndE基因同框缺失质粒的构建 | 第89-91页 |
| ·dndE基因位点突变衍生质粒的构建 | 第91-92页 |
| ·串联质谱检测标准计算方法的建立 | 第92-96页 |
| ·pJTU1238及其衍生质粒在XTG102中同源回补对磷硫酰化修饰的影响 | 第96-97页 |
| ·pJTU1238及其衍生质粒在大肠杆菌中异源表达对磷硫酰化修饰的影响 | 第97-104页 |
| ·pJTU1238及其衍生质粒在转录水平的相对定量分析 | 第104-107页 |
| ·pJTU1238及其衍生质粒在转录水平相对一致时磷硫酰化修饰的相对定量 | 第107-108页 |
| ·pJTU1238及其衍生质粒在翻译水平的相对定量分析 | 第108-111页 |
| ·pJTU1238及其衍生质粒在翻译水平一致情况下磷硫酰化修饰的相对定量 | 第111-112页 |
| ·dndE基因突变对菌体细胞形态的影响 | 第112-115页 |
| ·DndE蛋白的功能性探索及同源性比对分析 | 第115-116页 |
| ·小结与讨论 | 第116-120页 |
| 第四章 Dnd修饰相关蛋白的纯化体系的建立 | 第120-132页 |
| ·前言 | 第120-121页 |
| ·结果与分析 | 第121-131页 |
| ·Dnd相关蛋白的表达与纯化 | 第121-131页 |
| ·本章小结与讨论 | 第131-132页 |
| 第五章 本研究工作总结与展望 | 第132-135页 |
| ·本研究工作总结 | 第132-133页 |
| ·本研究的进一步工作展望 | 第133-135页 |
| 参考文献 | 第135-142页 |
| 攻读博士期间的科研成果 | 第142-143页 |
| 致谢 | 第143-146页 |
