| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-15页 |
| 缩写词 | 第15-16页 |
| 1 绪论 | 第16-33页 |
| ·植物MIRNA | 第16页 |
| ·植物MIRNA的起源与进化 | 第16-18页 |
| ·植物新miRNA的起源 | 第16-17页 |
| ·植物miRNA家族的扩张 | 第17-18页 |
| ·植物MIRNA靶基因分析方法 | 第18-21页 |
| ·植物miRNA靶基因的生物信息学预测 | 第18-20页 |
| ·植物miRNA靶基因的实验鉴定 | 第20-21页 |
| ·植物MIRNA与非生物胁迫响应 | 第21-24页 |
| ·miRNA与氧化胁迫 | 第22页 |
| ·miRNA与低磷胁迫 | 第22-23页 |
| ·miRNA与低硫胁迫 | 第23页 |
| ·miRNA与干旱胁迫 | 第23-24页 |
| ·杨树MIRNA研究进展 | 第24-27页 |
| ·杨树耐盐机理 | 第27-30页 |
| ·盐胁迫及其机理 | 第27-28页 |
| ·杨树耐盐机理 | 第28-30页 |
| ·本研究的目的意义与技术路线 | 第30-33页 |
| ·本研究的目的意义 | 第30-31页 |
| ·本文研究内容与技术路线 | 第31-33页 |
| 2 杨树MIR169基因家族分子进化分析 | 第33-46页 |
| ·材料方法 | 第33-35页 |
| ·数据库搜索 | 第33页 |
| ·基因倍增模式分析 | 第33页 |
| ·基因倍增时间估算 | 第33-34页 |
| ·多序列比对与系统发育分析 | 第34页 |
| ·基于EST的表达分析 | 第34页 |
| ·基于小RNA高通量测序的表达分析 | 第34页 |
| ·靶基因预测 | 第34-35页 |
| ·结果与分析 | 第35-44页 |
| ·毛果杨MIR169基因家族部分成员成簇分布 | 第35页 |
| ·MIR169基因家族的倍增模式 | 第35-39页 |
| ·基因倍增时间估算 | 第39页 |
| ·分子系统进化树的构建 | 第39-41页 |
| ·杨树MIR169基因家族的表达情况 | 第41-43页 |
| ·杨树MIR169靶基因预测结果 | 第43-44页 |
| ·讨论 | 第44-46页 |
| 3 杨树MIR171基因家族分子进化分析 | 第46-66页 |
| ·材料与方法 | 第46-51页 |
| ·染色体定位与基因倍增模式分析 | 第46页 |
| ·基因倍增时间估算 | 第46页 |
| ·系统发育树构建 | 第46页 |
| ·启动子分析 | 第46-47页 |
| ·miRNA表达分析 | 第47页 |
| ·靶基因预测 | 第47页 |
| ·材料培养与RNA提取 | 第47-48页 |
| ·RT-PCR扩增MIR171及其靶基因SCL | 第48页 |
| ·从凝胶回收扩增产物 | 第48页 |
| ·回收产物与T载体连接 | 第48页 |
| ·重组子转化大肠杆菌 | 第48-49页 |
| ·RACE扩增全长cDNA | 第49页 |
| ·cDNA的生物信息学分析 | 第49-50页 |
| ·靶位点验证 | 第50页 |
| ·Pescl1表达情况分析 | 第50-51页 |
| ·结果与分析 | 第51-64页 |
| ·染色体定位与基因倍增模式分析 | 第51-52页 |
| ·基因倍增时间估算 | 第52页 |
| ·系统进化树构建 | 第52-53页 |
| ·启动子结构分析 | 第53-54页 |
| ·miRNA表达分析 | 第54-55页 |
| ·靶基因分析 | 第55-57页 |
| ·杨树总RNA的提取 | 第57页 |
| ·MIR171基因克隆与测序 | 第57-58页 |
| ·MIR171靶基因SCL基因家族成员克隆与测序 | 第58-60页 |
| ·PeSCL1全长cDNA克隆 | 第60-62页 |
| ·胡杨SCL基因的生物信息学分析 | 第62-63页 |
| ·靶位点验证 | 第63页 |
| ·胡杨SCL基因家族成员表达情况 | 第63-64页 |
| ·讨论 | 第64-66页 |
| 4 杨树MIR156基因家族分子进化与功能分化研究 | 第66-74页 |
| ·材料与方法 | 第66-67页 |
| ·基因组定位与基因倍增模式分析 | 第66页 |
| ·基因倍增时间估算 | 第66页 |
| ·分子系统发育树构建 | 第66页 |
| ·启动子顺式作用元件分析 | 第66-67页 |
| ·miRNA表达分析 | 第67页 |
| ·靶基因分析 | 第67页 |
| ·结果与分析 | 第67-72页 |
| ·基因组定位与基因倍增模式分析 | 第67-68页 |
| ·分子系统发育树构建 | 第68-69页 |
| ·miRNA表达分析 | 第69-70页 |
| ·启动子顺式作用元件分析 | 第70-71页 |
| ·靶基因分析 | 第71-72页 |
| ·讨论 | 第72-74页 |
| 5 杨树4个新起源MIRNA家族的进化与功能分化 | 第74-96页 |
| ·材料与方法 | 第74-79页 |
| ·基因组定位与基因倍增模式分析 | 第74页 |
| ·染色体大片段重复时间估算 | 第74-75页 |
| ·分子系统发育树构建 | 第75页 |
| ·miRNA表达分析 | 第75页 |
| ·靶基因分析 | 第75页 |
| ·总RNA提取 | 第75页 |
| ·Pecngc1全长cDNA克隆 | 第75-76页 |
| ·Pecngc1全长cDNA生物信息学分析 | 第76页 |
| ·Pecngc1表达情况分析 | 第76页 |
| ·表达载体构建 | 第76-78页 |
| ·农杆菌转化 | 第78页 |
| ·瞬时转化烟草与亚细胞定位观察 | 第78页 |
| ·转化拟南芥 | 第78页 |
| ·转基因植株的筛选与耐盐性分析 | 第78-79页 |
| ·结果与分析 | 第79-92页 |
| ·基因组定位与基因倍增模式分析 | 第79-80页 |
| ·分子系统发育树构建 | 第80-81页 |
| ·miRNA表达分析 | 第81-83页 |
| ·靶基因分析 | 第83-86页 |
| ·Pecngc1基因克隆与序列分析 | 第86-89页 |
| ·Pecngc1生物信息学分析 | 第89页 |
| ·Pecngc1的表达分析 | 第89-90页 |
| ·Pecngc1基因表达载体构建 | 第90-91页 |
| ·Pecngc1基因亚细胞定位分析 | 第91页 |
| ·Pecngc1基因转化拟南芥 | 第91页 |
| ·转基因植株的耐盐性分析 | 第91-92页 |
| ·讨论 | 第92-96页 |
| 6 杨树降解组测序与MIRNA靶基因富集分析 | 第96-116页 |
| ·材料与方法 | 第96-99页 |
| ·植物材料 | 第96页 |
| ·总RNA提取 | 第96-97页 |
| ·降解组测序 | 第97页 |
| ·降解组数据分析 | 第97-98页 |
| ·miRNA靶基因预测 | 第98-99页 |
| ·靶基因GO功能注释与富集分析 | 第99页 |
| ·结果与分析 | 第99-114页 |
| ·测序样品制备 | 第99-102页 |
| ·降解组数据处理与长度分布 | 第102-103页 |
| ·降解组序列与杨树基因组比对 | 第103页 |
| ·降解组片段与GenBank比对鉴定非编码RNA | 第103页 |
| ·降解组片段与Rfam比对鉴定非编码RNA | 第103-104页 |
| ·降解组片段中polyN序列的鉴定 | 第104页 |
| ·降解组片段分类注释 | 第104-105页 |
| ·miRNA靶基因鉴定 | 第105-108页 |
| ·靶基因功能分析 | 第108-109页 |
| ·杨树miRNA预测靶基因的GO富集分析 | 第109-112页 |
| ·杨树、拟南芥和水稻miRNA预测靶基因的比较分析 | 第112-114页 |
| ·讨论 | 第114-116页 |
| 7 全文总结 | 第116-118页 |
| ·本文的主要结论 | 第116-117页 |
| ·杨树miRNA基因家族的分子进化 | 第116页 |
| ·杨树降解组分析与靶基因富集分析 | 第116页 |
| ·杨树miRNA靶基因克隆与初步功能分析 | 第116-117页 |
| ·本文的创新之处 | 第117页 |
| ·工作展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-132页 |
| 附录A 靶基因鉴定的T-PLOT图 | 第132-135页 |
| 附录B MIRNA靶基因富集分析结果 | 第135-148页 |
| 附录C 攻读博士学位期间的主要学术成果 | 第148-150页 |
| 1) 参加项目课题 | 第148页 |
| 2) 发表论文 | 第148-150页 |
| 致谢 | 第150-151页 |