| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 一、 引言 | 第9-12页 |
| 1. 有关 miRNA 的生物学问题 | 第9页 |
| 2. 深度测序对于研究 miRNA 带来的帮助 | 第9-10页 |
| 3. 实用价值与理论意义 | 第10-11页 |
| 4. 解决的问题 | 第11-12页 |
| 二、 材料与方法 | 第12-34页 |
| 1. 理论分析 | 第12-13页 |
| 2. 和 miRNA 数据分析相关深度测序软件简介 | 第13-17页 |
| 3. 计算方法分析 | 第17-32页 |
| 4. 数据来源与使用工具 | 第32-34页 |
| 三、 结果 | 第34-50页 |
| 1. 运行时间 | 第34-35页 |
| 2. 敏感性 | 第35-39页 |
| 3. 准确性 | 第39-42页 |
| 4. 文氏图 | 第42-43页 |
| 5. 预测新 miRNAs 的能力 | 第43-50页 |
| 四、 讨论 | 第50-56页 |
| 1. 和小片段 RNA 序列的比对 | 第50页 |
| 2. 预测已知 miRNAs 的敏感性 | 第50-51页 |
| 3. 预测已知 miRNAs 的准确性 | 第51页 |
| 4. 文氏图 | 第51-52页 |
| 5. 预测新的 miRNAs 的能力 | 第52页 |
| 6. 八款软件的不足及其影响的功能特点 | 第52-53页 |
| 7. 整体上对软件的综述和深入分析 | 第53-54页 |
| 8. 根据不同的需求选择不同的软件 | 第54-56页 |
| 五、 实际应用 | 第56-74页 |
| 1. 使用 mirTools，DSAP，miranalyzer 做简单的数据分析 | 第56-60页 |
| 2. 使用 mireap，miRDeep，MIReNA 做深度的数据分析 | 第60-74页 |
| 参考文献 | 第74-77页 |
| 攻读学位期间公开发表的论文 | 第77-78页 |
| 附录：作为第一作者在《NucleicAcids Research》发表论文全文 | 第78-86页 |
| 致谢 | 第86-88页 |
