| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-31页 |
| ·生物信息学简介 | 第11-13页 |
| ·分子系统发育分析 | 第13-16页 |
| ·分子系统发育分析简介 | 第13-15页 |
| ·系统发育树的构建 | 第15-16页 |
| ·基因组相关的生物信息学研究 | 第16-23页 |
| ·马尔可夫链及其在基因组相关的生物信息学研究中的应用 | 第17-18页 |
| ·基因组核苷酸组成和结构分析 | 第18-20页 |
| ·基因组的相关性 | 第20-21页 |
| ·基因组的 CGR 特征 | 第21-23页 |
| ·相关细菌的基因组多样性及生物学特征差异性简介 | 第23-28页 |
| ·近缘细菌基因组多样性及致病差异性 | 第23-27页 |
| ·近缘细菌基因组多样性及宿主特异性 | 第27-28页 |
| ·科学问题的提出及论文的主要研究内容 | 第28-30页 |
| ·科学问题的提出 | 第28-29页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第29-30页 |
| ·论文结构安排 | 第30-31页 |
| 第二章 材料和方法 | 第31-35页 |
| ·基因组及基因序列 | 第31页 |
| ·不同长度的寡聚核苷酸出现频率的计算 | 第31-32页 |
| ·基因组转移概率偏倚及其特征向量 | 第32-33页 |
| ·TPB 特征向量的相关性分析 | 第33页 |
| ·系统发育参照树的构建 | 第33-35页 |
| 第三章 原核生物及病毒基因组寡核苷酸转移概率偏倚的研究 | 第35-53页 |
| ·寡核苷酸转移概率偏倚分析方法的建立 | 第35-39页 |
| ·寡核苷酸 TPB 特征向量的计算及各方法稳定性的比较 | 第35-37页 |
| ·DNA 两条链的组成差异及其对转移概率偏倚计算的影响 | 第37-39页 |
| ·原核生物基因组三核苷酸转移概率最大偏倚的分析 | 第39-44页 |
| ·原核生物基因组 tri-TPB 特征向量具有物种特异性 | 第39-41页 |
| ·原核生物基因组三核苷酸转移概率最大偏倚具有多样性 | 第41-44页 |
| ·原核生物与外源性基因元素间 tri-TPB 特征向量的相关性 | 第44-48页 |
| ·原核生物与质粒序列间 tri-TPB 特征向量的相关性 | 第44-45页 |
| ·原核生物与噬菌体间 tri-TPB 特征向量的相关性 | 第45-47页 |
| ·细菌基因组与水平转移基因序列间 tri-TPB 特征向量的相关性 | 第47-48页 |
| ·病毒基因组的 tri-TPB 特征向量的相关性 | 第48-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 第四章 近缘物种全基因组 tri-TPB 特征向量的生物学特征关联性研究 | 第53-63页 |
| ·结果 | 第53-60页 |
| ·假单胞菌基因组 tri-TPB 特征向量的致病关联性 | 第53-54页 |
| ·弧菌基因组 tri-TPB 特征向量的致病关联性 | 第54-57页 |
| ·分枝杆菌基因组 tri-TPB 特征向量的致病关联性 | 第57-58页 |
| ·蚜虫内共生菌基因组 tri-TPB 特征向量与宿主特异性相关联 | 第58-60页 |
| ·讨论 | 第60-61页 |
| ·本章小结 | 第61-63页 |
| 结论与展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 附录 | 第73-117页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第117-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 附件 | 第120页 |
