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油菜亚基因组杂种和亲本的基因差异表达研究

摘要第1-10页
ABSTRACT第10-13页
缩略词表第13-14页
1 文献综述第14-34页
   ·油菜杂种优势利用第14页
   ·杂种优势机理的假说第14-15页
     ·显性假说第14-15页
     ·超显性假说第15页
     ·上位性假说第15页
   ·遗传距离与杂种优势第15-16页
   ·基因差异表达的几种研究方法第16-19页
     ·DDRT-PCR技术第16-17页
     ·cDNA-AFLP技术第17-18页
     ·抑制差减杂交法(SSH)第18页
     ·基因芯片技术(Microarray)第18-19页
   ·基因的差异表达与杂种优势第19-20页
   ·差异表达基因cDNA片段的分离、克隆与功能分析第20-21页
   ·数量性状位点与杂种优势第21-26页
     ·遗传标记的发展与利用第21-22页
     ·遗传连锁图的构建第22页
     ·QTL定位的原理与方法第22-24页
       ·单标记分析法(Analysis of Variance,ANOVA)第23页
       ·区间作图法(Interval Mapping,IM)第23页
       ·复合区间作图法(Composite Interval Mapping,CIM)第23-24页
       ·混合型线性模型复合区间作图法(Mixed Composite Interval Mapping,MCIM)第24页
       ·多重区间作图法(Multiple Interval Mapping,MIM)第24页
     ·甘蓝型油菜的QTL定位与分子标记辅助选择第24-26页
   ·植物的多倍化与种质资源的创新第26-30页
     ·多倍化后基因组的遗传变化第26-27页
     ·多倍化后基因表达的变化第27-30页
       ·基因的表达与沉默第27-29页
       ·多倍体中重复基因表达的调节机制第29-30页
   ·甘蓝型油菜的人工合成第30-34页
     ·人工合成甘蓝型油菜研究进展第31-32页
     ·本实验室合成新型甘蓝型油菜的研究进展第32-34页
2 研究目的与意义第34-35页
   ·目的第34页
   ·意义第34-35页
3 新型甘蓝型油菜与甘蓝型油菜及其芸薹属内其它亲本间的遗传分析和亚基因组间杂种的杂种优势表现第35-42页
   ·实验材料和田间试验第35-36页
   ·AFLP分析方法(见附录1)第36页
   ·分子标记数据处理方法第36页
   ·田间数据分析方法第36-37页
   ·结果与分析第37-41页
     ·AFLP分子标记分析结果第37页
     ·新型甘蓝型油菜的遗传组成第37-38页
     ·实验材料间的遗传相似性分析第38-39页
     ·亚基因组间杂种的杂种优势表现第39-41页
     ·亚基因组间杂种的农艺性状表现及杂种优势与遗传距离的相关性第41页
   ·小结第41-42页
4 CDNA-AFLP基因差异表达分析第42-65页
   ·实验材料第42-43页
   ·cDNA-AFLP实验方法(见附录2)第43-45页
     ·差异TDF的记录与差异表达程度的计算第43页
     ·TDF的回收,重扩增和PCR产物的纯化第43页
     ·纯化PCR产物的克隆与测序第43-45页
       ·大肠杆菌感受态细胞的制备(萨姆布鲁克等,2002)第43页
       ·目的片段与T载体的连接和转化第43-44页
       ·克隆片段的鉴定第44-45页
       ·克隆片段测序第45页
     ·测序结果的分析方法第45页
     ·两步法RT-PCR(见附录3)第45页
     ·基因预测软件EuGene'Hom第45页
   ·结果与分析第45-63页
     ·总RNA质量检测第45-46页
     ·新型甘蓝型油菜及其芸薹属亲本间的表达谱分析第46-48页
     ·亚基因组间杂种及其亲本间的基因表达谱分析第48-50页
     ·TDF差异展示类型与杂种表现和杂种优势的相关分析第50-54页
     ·单个差异展示的TDF与杂种表现和杂种优势的关系第54-55页
     ·差异片段的回收第55-56页
     ·重扩增片段的纯化与克隆第56-57页
     ·测序TDF的BLAST结果和功能预测第57页
     ·引物设计和引物在DNA水平上的扩增效果第57-61页
     ·设计引物RT-PCR扩增效果第61页
     ·半定量RT-PCR对TDF在亚基因组间杂交组合中的差异表达进行验证第61-63页
   ·小结第63-65页
5 差异表达TDF的定位和QTL分析第65-74页
   ·实验材料第65页
   ·实验方法第65页
     ·SSR引物的设计第65页
     ·TN群体的亲本多态性筛选和遗传作图第65页
       ·SSR引物和TDF特异引物以及TRAP引物的筛选第65页
       ·遗传作图与QTL分析第65页
   ·结果与分析第65-72页
     ·SSR引物的设计及其扩增情况第65-66页
     ·多态性筛选结果第66页
     ·杂种优势相关TDF的染色体定位和QTL定位第66-72页
       ·TN群体的染色体定位结果第66-67页
       ·TN DH群体定位的SSR和TRAP标记区间的QTL分布第67-71页
       ·HT RIL和HT RIL-BC_1群体农艺性状与4个多态性标记的单标记分析第71-72页
       ·TN图谱与HT图谱的对比分析第72页
   ·小结第72-74页
6 讨论第74-81页
   ·新甘蓝型油菜的合成策略第74-75页
   ·遗传变异和杂种优势第75页
   ·新型甘蓝型油菜与甘蓝型油菜间的基因差异表达第75-76页
   ·新TDF在亚基因组间杂种中的表达及其与杂种优势的关系第76-77页
   ·杂种优势相关TDF的染色体定位和QTL分析第77-78页
   ·利用网上序列信息进行同源比对及电子克隆的策略第78页
   ·关于网上芸薹属物种EST序列信息的挖掘及利用的一点建议第78-79页
   ·关于改进cDNA-AFLP基因表达差异显示技术的一点想法第79-81页
参考文献第81-93页
附录1(AFLP技术流程)第93-96页
附录2(CDNA-AFLP技术流程)第96-99页
附录3(两步法RT-PCR技术流程)第99-101页
作者简介第101页
与博士论文有关的论文和会议摘要第101-102页
致谢第102页

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