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弓首蛔虫分子鉴定和线粒体基因组的研究

摘要第1-6页
本论文常用英文缩写第6-13页
前言第13-17页
第一章 弓首蛔虫和狮弓蛔虫种特异PCR鉴定方法的建立和应用第17-42页
 第一节 弓首蛔虫和狮弓蛔虫种特异PCR鉴定方法的建立第17-29页
  1 材料与方法第17-21页
   ·虫体样品第17页
   ·仪器和试剂第17-19页
     ·仪器第17-18页
     ·试剂和酶第18页
     ·溶液配制第18-19页
   ·引物的设计与合成第19页
   ·虫体总DNA 的提取和验证第19-21页
     ·虫体总DNA 的提取第19-20页
     ·虫体总DNA 的验证第20-21页
   ·特异 PCR 反应条件的优化第21页
   ·特异性实验第21页
   ·敏感性实验第21页
   ·序列分析第21页
  2 结果第21-27页
   ·PCR 试验条件的优化第21页
   ·PCR 扩增结果第21-22页
   ·特异性试验结果第22-24页
   ·敏感性试验结果第24-25页
   ·测序结果分析第25-27页
  3 讨论第27-29页
 第二节 非同位素SSCP 方法对弓首蛔虫和狮弓蛔虫ITS-2 序列的分析第29-37页
  1 材料与方法第29-32页
   ·虫体样品第29页
   ·仪器和试剂第29-30页
     ·主要仪器第29页
     ·主要试剂和溶液配制第29-30页
   ·虫体DNA 提取和PCR 扩增第30-31页
     ·虫体基因组DNA的提取第30页
     ·PCR 扩增第30-31页
   ·非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(SSCP 电泳)第31-32页
  2 结果与讨论第32-37页
   ·PCR 扩增第32-33页
   ·Cold-SSCP 分析第33-35页
   ·讨论第35-37页
 第三节 马来西亚弓首蛔虫在我国的首次发现第37-41页
  1 材料与方法第37-38页
   ·虫体的采集和处理第37页
   ·主要仪器和试剂第37页
   ·虫体基因组DNA的提取和特异PCR扩增第37页
   ·ITS 的 PCR 扩增和测序第37-38页
   ·虫体形态学观察第38页
  2 结果第38-40页
   ·形态学观察结果第38页
   ·特异PCR结果第38-39页
   ·ITS-2测序结果第39-40页
  3 讨论和小结第40-41页
 本章小结第41-42页
第二章 弓首属和弓蛔属蛔虫线粒体cox1、nad1 和nad4 基因多态性研究第42-77页
 1 材料与方法第42-51页
   ·虫体样品第42页
   ·仪器和试剂第42-43页
     ·主要仪器第42-43页
     ·试剂和酶第43页
   ·溶液和培养基的配制第43-44页
     ·溶液的配制第43-44页
     ·培养基的配制第44页
   ·感受态细胞第44-45页
   ·虫体总 DNA 的提取第45页
   ·线粒体DNA 三个基因片段的PCR 扩增第45-47页
     ·cox1 基因片段的PCR 扩增第45-46页
     ·nad1 基因片段的PCR 扩增第46页
     ·nad4 基因片段的PCR 扩增第46-47页
   ·非变性聚丙烯酰胺凝胶分析(SSCP 分析)第47-49页
     ·引物标记第47页
     ·SSCP分析第47-49页
   ·测序第49-51页
     ·PCR 产物的纯化和连接第49-50页
     ·重组质粒的转化及菌落PCR鉴定第50页
     ·质粒的小量抽提及酶切鉴定第50-51页
   ·DNA 序列分析第51页
 2 结果第51-74页
   ·PCR 扩增结果第51-52页
   ·PCR-SSCP 分析第52-55页
     ·cox1 基因PCR-SSCP 分析第52-53页
     ·nad1 基因PCR-SSCP 分析第53-54页
     ·nad4 基因PCR-SSCP 分析第54-55页
   ·测序结果第55-57页
     ·cox1 基因片断测序结果第55页
     ·nad1 基因片断测序结果第55页
     ·nad4 基因片断测序结果第55-57页
   ·DNA 序列分析结果第57-74页
     ·cox1 基因片断 DNA 序列分析结果第57-59页
     ·nad1 基因片断DNA 序列分析结果第59-61页
     ·nad4 基因片断 DNA 序列分析结果第61-74页
 3 讨论第74-76页
   ·cox1 基因多态性研究第74页
   ·nad1 基因多态性研究第74-75页
   ·nad4 基因多态性研究第75页
   ·线粒体三个基因序列上遗传标记位点比较第75页
   ·线粒体DNA三段基因序列种内和种间变异的分析第75页
   ·线粒体 DNA 序列作为遗传标记在虫种分类上的意义第75-76页
 本章小结第76-77页
第三章 犬弓首蛔虫线粒体基因组全序列测序及序列分析第77-94页
 1 材料与方法第77-79页
   ·虫体样品第77页
   ·仪器和试剂第77页
     ·仪器第77页
     ·试剂和试剂盒第77页
   ·基因组 DNA 的抽提和验证第77页
   ·线粒体DNA 的长PCR 扩增第77-79页
     ·长 PCR 扩增引物第77-78页
     ·长 PCR 扩增条件第78-79页
   ·序列分析方法第79页
 2 结果和讨论第79-92页
   ·长PCR扩增结果第79-80页
   ·犬弓首蛔虫线粒体基因组总的特征第80-88页
   ·蛋白质编码基因和密码子使用模式第88-91页
   ·转移RNA(tRNA)基因第91-92页
   ·核糖体 RNA(rRNA)基因第92页
   ·非编码区第92页
 本章小结第92-94页
全文总结第94-96页
致谢第96-97页
参考文献第97-109页
英文摘要第109-114页
附录 A 综述第114-130页
附录B 质粒pGEM-T Easy Vector基因图谱第130-131页
附录 C tRNA 二级结构第131-142页
附录 D 在学期间发表论文、著作及参加科研课题情况第142-145页

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