| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 综述 | 第11-23页 |
| 0. 引言 | 第11页 |
| ·水稻纹枯病生物学特征 | 第11-13页 |
| ·水稻纹枯病菌丝融合群鉴定 | 第11页 |
| ·水稻纹枯病特征 | 第11-12页 |
| ·病原菌生长条件 | 第12-13页 |
| ·大片段基因组文库的发展 | 第13-17页 |
| ·噬菌体文库 | 第13-14页 |
| ·黏粒文库 | 第14-15页 |
| ·人工染色体文库 | 第15-17页 |
| ·其它的大片段文库 | 第17页 |
| ·大片段基因组文库的应用 | 第17-19页 |
| ·物理作图 | 第17-18页 |
| ·基因组测序 | 第18页 |
| ·图位克隆 | 第18-19页 |
| ·分子标记的发掘 | 第19页 |
| ·基因的染色体定位 | 第19页 |
| ·线粒体基因组研究意义 | 第19-21页 |
| ·线粒体基因是细胞内相对独立的基因组 | 第20页 |
| ·线粒体DNA多态性是很好的进化研究分析标记 | 第20页 |
| ·线粒体基因的主要编码功能 | 第20页 |
| ·线粒体基因与核基因之间的联系 | 第20-21页 |
| ·线粒体基因组研究进展 | 第21-22页 |
| ·线粒体基因组多样性研究 | 第21-22页 |
| ·线粒体基因结构研究 | 第22页 |
| ·本研究的目的意义 | 第22-23页 |
| 第二章 水稻纹枯病菌RHIZOCTONIA SOLANI AG1 IA FOSMID基因组文库的构建和鉴定 | 第23-41页 |
| 第一节 水稻立纹枯病菌RHIZOCTONIA SOLANI AG1 IA FOSMID基因组文库的构建 | 第23-32页 |
| 0 引言 | 第23页 |
| ·材料与方法 | 第23-27页 |
| ·材料 | 第23页 |
| ·试剂 | 第23-24页 |
| ·主要仪器 | 第24页 |
| ·方法 | 第24-27页 |
| ·结果与分析 | 第27-30页 |
| ·菌丝的显微观察 | 第27页 |
| ·菌丝之间的融合鉴定(主要是AG1 IA、AG1 IB、AG1 IC之间的鉴定) | 第27-28页 |
| ·基因组DNA的制备 | 第28-29页 |
| ·适合片段的回收与末端修复 | 第29页 |
| ·链接、包装与转染 | 第29页 |
| ·克隆保存 | 第29-30页 |
| ·讨论 | 第30-32页 |
| 第二节 水稻纹枯病RHIZOCTONIA SOLANI AG1 IA FOSMID基因组文库的质量鉴定 | 第32-41页 |
| 0. 引言 | 第32页 |
| ·材料与方法 | 第32-33页 |
| ·水稻纹枯病AG1 IA基因组含量的测定 | 第32页 |
| ·插入片段大小的检测 | 第32-33页 |
| ·末端测序 | 第33页 |
| ·结果与分析 | 第33-38页 |
| ·水稻纹枯病AG1 IA基因组大小 | 第33页 |
| ·NotⅠ酶检测切插入片段 | 第33-34页 |
| ·文库覆盖率的计算 | 第34页 |
| ·对插入片段的末端测序 | 第34-38页 |
| ·随机抽取6个克隆片段,进行全序列测序 | 第38页 |
| ·FOSMID与基因组测序SCAFFOLD序列对比 | 第38页 |
| ·讨论 | 第38-41页 |
| ·Fosmid文库的质量鉴定 | 第38-39页 |
| ·关于Fosmid文库的构建效率 | 第39-40页 |
| ·Fosmid文库构建的意义 | 第40-41页 |
| 第三章 水稻纹枯病菌AG1 IA线粒体基因组装分析 | 第41-47页 |
| 0. 引言 | 第41页 |
| ·主要设备和试剂 | 第41页 |
| ·主要仪器设备 | 第41页 |
| ·主要试剂 | 第41页 |
| ·方法 | 第41-43页 |
| ·材料准备 | 第41-42页 |
| ·提取方法 | 第42-43页 |
| ·结果与分析 | 第43-46页 |
| ·线粒体DNA的提取及检测 | 第43页 |
| ·对测序过程中出现的漏洞进行补洞 | 第43-44页 |
| ·线粒体基因的获得 | 第44-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| 第四章 水稻纹枯病菌AG1 IA线粒体基因组全序列分析 | 第47-54页 |
| ·线粒体基因的组成成分分析 | 第47-49页 |
| ·线粒体基因组中各类基因的分析 | 第49-51页 |
| ·tRNA的组成及二级结构分析 | 第49页 |
| ·线粒体蛋白质编码基因分析 | 第49-51页 |
| ·线粒体基因的进化分析 | 第51-53页 |
| ·根据Atp6基因的氨基酸序列的同源性构建系统发育树 | 第52页 |
| ·根据Cytb编码的氨基酸序列同源性构建系统发育树 | 第52-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 第五章 主要结论和后期开展 | 第54-55页 |
| ·主要结论 | 第54页 |
| ·后期开展 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 附件 | 第62-64页 |
