| 第一章 绪论 | 第1-15页 |
| ·人类基因组计划和模式生物基因组计划 | 第8-9页 |
| ·生物信息学 | 第9-13页 |
| ·与本论文相关的知识 | 第13-15页 |
| 第二章 Z 曲线理论及其应用 | 第15-21页 |
| ·DNA 序列的Z 曲线理论 | 第15-16页 |
| ·考虑密码子内部相邻碱基近程相关性的Z 曲线理论 | 第16-17页 |
| ·描述基因组GC 含量沿序列分布的z'_n 曲线 | 第17-18页 |
| ·应用 | 第18-21页 |
| ·基于可视化的Z 曲线分析和比较基因组 | 第18-19页 |
| ·细菌、古细菌复制起始位点识别 | 第19-20页 |
| ·其他 | 第20-21页 |
| 第三章 分子进化分析 | 第21-29页 |
| ·基因组进化的分子基础 | 第21-22页 |
| ·基于序列比对的分子进化分析 | 第22-26页 |
| ·生命的三个超界:古细菌、细菌和真核生物 | 第26-27页 |
| ·基于全蛋白质组的K-组分矢量分析法 | 第27-29页 |
| 第四章 基于几何方法的冠状病毒进化关系分析 | 第29-45页 |
| ·引言 | 第30-31页 |
| ·冠状病毒 | 第31-35页 |
| ·材料与方法 | 第35-39页 |
| ·原始数据 | 第35页 |
| ·Z-曲线 | 第35-36页 |
| ·算法 | 第36-39页 |
| ·结果与讨论 | 第39-44页 |
| ·全基因组的三维Z-曲线 | 第39-40页 |
| ·冠状病毒进化树 | 第40-41页 |
| ·与其他结果比较 | 第41-43页 |
| ·本方法的优点 | 第43-44页 |
| ·局限性 | 第44页 |
| ·结论 | 第44-45页 |
| 第五章 冠状病毒多聚蛋白酶切位点的预测 | 第45-48页 |
| ·酶切位点的预测 | 第45-47页 |
| ·基于预测蛋白序列进行种系分析 | 第47-48页 |
| 总结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 发表论文及参加科研情况说明 | 第53-54页 |
| 附录 I 核苷酸代码 | 第54-55页 |
| 附录 II DNA 碱基结构及碱基配对 | 第55-56页 |
| 附录 III 24 株冠状病毒信息列表 | 第56-57页 |
| 附录 IV 24 株冠状病毒基因组Z 曲线的几何中心和特征向量 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |