| 内容提要 | 第1-8页 |
| 第一章 引言 | 第8-20页 |
| ·生物信息学概述 | 第8-12页 |
| ·蛋白质的结构预测 | 第12-15页 |
| ·计算机辅助药物设计 | 第15-18页 |
| ·研究目的和论文内容 | 第18-20页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第20-70页 |
| ·同源模建 | 第20-24页 |
| ·基本原理与步骤 | 第20-21页 |
| ·序列比对 | 第21-24页 |
| ·分子力学与分子动力学 | 第24-55页 |
| ·分子力场 | 第24-32页 |
| ·分子内相互作用 | 第25页 |
| ·力场简述 | 第25-30页 |
| ·常用力场介绍 | 第30-32页 |
| ·分子力学 | 第32-38页 |
| ·分子动力学 | 第38-45页 |
| ·基本理论 | 第38-39页 |
| ·积分方法 | 第39-43页 |
| ·初始化 | 第43-45页 |
| ·分子对接 | 第45-50页 |
| ·分子对接的原理 | 第46页 |
| ·分子对接的类型 | 第46-50页 |
| ·自由能的计算 | 第50-55页 |
| ·热力微扰法 | 第51-52页 |
| ·热力积分法 | 第52-54页 |
| ·缓慢生长法 | 第54-55页 |
| ·量子化学简介 | 第55-70页 |
| ·定态Shr?dinger 方程 | 第55页 |
| ·分子轨道法在物理模型上的三个基本近似 | 第55-62页 |
| ·密度泛函理论(DFT) | 第62-70页 |
| 第三章 人类肺表面活性蛋白D 与单糖的动态相互作用 | 第70-92页 |
| ·引言 | 第70-73页 |
| ·理论方法 | 第73-77页 |
| ·分子对接 | 第73页 |
| ·常规分子动力学 | 第73-75页 |
| ·拉伸分子动力学 | 第75-77页 |
| ·自由能的计算 | 第77页 |
| ·结果与讨论 | 第77-91页 |
| ·分子对接 | 第77-80页 |
| ·常规分子动力学 | 第80-81页 |
| ·拉伸分子动力学 | 第81-85页 |
| ·参数选择 | 第82-83页 |
| ·重现性 | 第83-84页 |
| ·三个单糖的拉力比较 | 第84-85页 |
| ·脱离自由能图 | 第85-87页 |
| ·动态强度差异的原子水平原因 | 第87-91页 |
| ·本章小结 | 第91-92页 |
| 第四章 人类胞外信号调节激酶1 的同源模建及其抑制剂的对接与结构改良 | 第92-104页 |
| ·引言 | 第92-93页 |
| ·理论方法 | 第93-95页 |
| ·hERK1 空间结构的同源模建 | 第93页 |
| ·hERK1 空间结构的优化和评估 | 第93-94页 |
| ·hERK1 与抑制剂的分子对接 | 第94-95页 |
| ·抑制剂的抑制效果评估与结构改良 | 第95页 |
| ·结果与讨论 | 第95-103页 |
| ·hERK1 的三维结构 | 第95-99页 |
| ·hERK1 与抑制剂的分子对接 | 第99-102页 |
| ·hERK1 抑制剂的结构改良 | 第102-103页 |
| ·本章小结 | 第103-104页 |
| 第五章 人类碳酸酐酶VII 特异性抑制剂的理论设计 | 第104-119页 |
| ·引言 | 第104-105页 |
| ·理论方法和步骤 | 第105-108页 |
| ·hCA VII 三维结构的同源模建 | 第105-106页 |
| ·酶的结构优化和评估 | 第106页 |
| ·酶与抑制剂的分子对接 | 第106-107页 |
| ·已知抑制剂的结构改良 | 第107页 |
| ·小分子力场参数化 | 第107-108页 |
| ·对接构象的优化和抑制效果评估 | 第108页 |
| ·结果与讨论 | 第108-118页 |
| ·hCA II 和hCA VII 的三维结构 | 第108-112页 |
| ·已知抑制剂的选择机理 | 第112-114页 |
| ·改良抑制剂与两个异构酶的相互作用 | 第114-118页 |
| ·本章小结 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-144页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成论文情况 | 第144-145页 |
| 致谢 | 第145-146页 |
| 中文摘要 | 第146-149页 |
| Abstract | 第149-152页 |
