| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1.1 柑橘黄化脉明病毒(CYVCV)的研究 | 第13-17页 |
| 1.1.1 CYVCV的发现及分布 | 第13-14页 |
| 1.1.2 CYVCV传播方式与寄主范围 | 第14页 |
| 1.1.3 CYVCV分子生物学特性 | 第14-16页 |
| 1.1.4 柑橘黄化脉明病毒的防控 | 第16-17页 |
| 1.2 miRNA与植物基因表达 | 第17-19页 |
| 1.2.1 miRNA的发现 | 第17页 |
| 1.2.2 植物miRNA的调控模式 | 第17-18页 |
| 1.2.3 植物miRNA对基因的调控 | 第18-19页 |
| 1.3 病毒侵染对寄主植物miRNA及基因表达的影响 | 第19-22页 |
| 1.3.1 植物病毒调控寄主基因表达 | 第19-20页 |
| 1.3.2 miRNA表达与病毒侵染 | 第20-22页 |
| 1.4 转录组测序和小RNA测序在植物响应生物胁迫中的应用 | 第22页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第22-24页 |
| 第二章 转录组测序鉴定CYVCV侵染诱导柠檬差异表达基因 | 第24-51页 |
| 2.1 研究材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第24-25页 |
| 2.1.2 所用试剂 | 第25页 |
| 2.2 研究方法 | 第25-30页 |
| 2.2.1 转录组测序 | 第25-26页 |
| 2.2.2 转录组测序数据分析 | 第26页 |
| 2.2.3 总RNA提取 | 第26-27页 |
| 2.2.4 RNA的DNA消化处理 | 第27页 |
| 2.2.5 总RNA反转录 | 第27-28页 |
| 2.2.6 巢式RT-PCR扩增 | 第28页 |
| 2.2.7 引物设计及qRT-PCR | 第28-30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-48页 |
| 2.3.1 嫁接接种CYVCV柠檬植株病毒检测及症状观察 | 第30-31页 |
| 2.3.2 柠檬叶片中CYVCV相对含量的qRT-PCR检测 | 第31-32页 |
| 2.3.3 测序结果分析 | 第32-33页 |
| 2.3.4 差异表达基因筛选 | 第33-34页 |
| 2.3.5 差异表达基因功能注释 | 第34-37页 |
| 2.3.6 CYVCV侵染对寄主候选基因的时间动态影响 | 第37-44页 |
| 2.3.7 差异表达基因在三种柑橘类植物中的时间动态分析 | 第44-47页 |
| 2.3.8 接种及模拟接种CYVCV柠檬第60d叶片样品转录组测序分析 | 第47-48页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第48-51页 |
| 第三章 小RNA测序鉴定柑橘黄化脉明病毒诱导柠檬差异表达miRNA | 第51-71页 |
| 3.1 研究材料 | 第51页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第51页 |
| 3.1.2 所用试剂 | 第51页 |
| 3.2 研究方法 | 第51-56页 |
| 3.2.1 小RNA测序 | 第51-52页 |
| 3.2.2 小RNA测序数据分析 | 第52-53页 |
| 3.2.3 引物设计及miRNA的定量RT-PCR分析 | 第53-54页 |
| 3.2.4 目标片段的回收 | 第54-55页 |
| 3.2.5 目标片段连接克隆载体 | 第55页 |
| 3.2.6 热激转化大肠杆菌DH5α感受态细胞 | 第55页 |
| 3.2.7 阳性克隆筛选及测序 | 第55-56页 |
| 3.3 结果与分析 | 第56-69页 |
| 3.3.1 小RNA测序结果分析 | 第56-57页 |
| 3.3.2 差异表达miRNA分析 | 第57-58页 |
| 3.3.3 新miRNA鉴定 | 第58-60页 |
| 3.3.4 差异表达miRNA靶基因预测及功能分析 | 第60-65页 |
| 3.3.5 CYVCV侵染的柠檬植株中差异表达miRNA时间动态分析 | 第65-66页 |
| 3.3.6 差异表达的已知miRNA与第60d柠檬叶片样品转录组测序关联分析 | 第66-68页 |
| 3.3.7 来源于CYVCV的vsiRNA分析 | 第68-69页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第69-71页 |
| 第四章 全文结论与展望 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-84页 |
| 附录A：常用溶液配方 | 第84-85页 |
| 附录B：差异表达miRNA信息 | 第85-86页 |
| 硕士期间已发表或已接收的文章 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
