| 前言 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| 英文摘要 | 第8-10页 |
| 主要缩略词 | 第11-16页 |
| 第一章: 绪论-基因重复现象的研究现状 | 第16-59页 |
| 1.1 引言-基因重复现象的概述 | 第16-18页 |
| 1.2 基因重复的产生机制 | 第18-22页 |
| 1.2.1 不等交换(unequal crossing over) | 第18-19页 |
| 1.2.2 逆转录转座(retroposition) | 第19-21页 |
| 1.2.3 染色体或基因组范围的重复(chromosomal or genome duplication) | 第21-22页 |
| 1.3 重复基因的演化模型(evolutionary models) | 第22-28页 |
| 1.3.1 第一大类 | 第23-25页 |
| 1.3.2 第二大类 | 第25-26页 |
| 1.3.3 第三大类 | 第26-27页 |
| 1.3.4 第四大类 | 第27-28页 |
| 1.4 重复基因的演化命运 | 第28-34页 |
| 1.4.1 假基因化(pseudogenization) | 第28-29页 |
| 1.4.2 亚功能化(subfunctionalization) | 第29-32页 |
| 1.4.3 新功能化(neofunctionalization) | 第32-34页 |
| 1.5 基因重复演化上的贡献 | 第34-41页 |
| 1.5.1 提供演化必要的材料 | 第34-35页 |
| 1.5.2 基因表达多样性的增加 | 第35-39页 |
| 1.5.3 物种的适应性演化 | 第39-41页 |
| 1.6 果蝇、线虫中基因重复的研究进展 | 第41-46页 |
| 1.6.1 果蝇中基因重复的研究 | 第43-45页 |
| 1.6.2 线虫中基因重复的研究 | 第45-46页 |
| 1.7 本研究的背景、目的和意义 | 第46-47页 |
| 1.8 参考文献 | 第47-59页 |
| 第二章: 功能需求驱动的12个果蝇基因组中新近重复基因的适应性演化 | 第59-91页 |
| 2.1 引言 | 第59-60页 |
| 2.2 材料与方法 | 第60-63页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第60-61页 |
| 2.2.2 新近重复基因家族的鉴定 | 第61-62页 |
| 2.2.3 新近重复基因家族系统发生树的构建 | 第62页 |
| 2.2.4 染色体上新近重复热点的随机模拟 | 第62-63页 |
| 2.2.5 新近重复基因家族的结构域预测 | 第63页 |
| 2.2.6 新近重复基因同义替换率、非同义替换率以及重复年代的计算 | 第63页 |
| 2.3 结果 | 第63-78页 |
| 2.3.1 新近重复基因家族的数目及分类 | 第63-64页 |
| 2.3.2 新近重复基因家族的染色体分布 | 第64-68页 |
| 2.3.3 新近重复基因家族的功能偏好 | 第68-71页 |
| 2.3.4 旁系同源基因(paralog)与直系同源基因(ortholog)的选择压力 | 第71-75页 |
| 2.3.5 新近基因重复事件的发生年代对比 | 第75-78页 |
| 2.4 讨论 | 第78-82页 |
| 2.4.1 新近重复基因的趋同演化 | 第78-79页 |
| 2.4.2 新近重复基因的适应性演化 | 第79-80页 |
| 2.4.3 适应性演化驱动特异性功能偏好 | 第80-82页 |
| 2.5 小结 | 第82页 |
| 2.6 参考文献 | 第82-91页 |
| 第三章: 新近基因重复驱动12个果蝇基因组中胰蛋白酶(Trypsin)基因的快速演化 | 第91-110页 |
| 3.1 引言 | 第91-92页 |
| 3.2 材料与方法 | 第92-94页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第92-93页 |
| 3.2.2 胰蛋白酶基因的鉴定 | 第93页 |
| 3.2.3 胰蛋白酶基因家族系统发生树的构建 | 第93页 |
| 3.2.4 胰蛋白酶基因家族复制/缺失事件的统计 | 第93-94页 |
| 3.2.5 胰蛋白酶基因家族的同义替换率、非同义替换率以及重复年代的计算 | 第94页 |
| 3.3 结果 | 第94-102页 |
| 3.3.1 胰蛋白酶基因家族的重复/缺失事件的演化模式 | 第94-96页 |
| 3.3.2 胰蛋白酶基因家族的重复事件与食物来源相关 | 第96-97页 |
| 3.3.3 胰蛋白酶基因重复发生年代 | 第97-101页 |
| 3.3.4 驱动胰蛋白酶基因演化的选择压力 | 第101-102页 |
| 3.4 讨论 | 第102-106页 |
| 3.4.1 胰蛋白酶基因的适应性演化 | 第102-103页 |
| 3.4.2 胰蛋白酶基因的辐射型演化模式 | 第103-104页 |
| 3.4.3 适应性演化赋予物种差异性 | 第104-106页 |
| 3.5 小结 | 第106页 |
| 3.6 参考文献 | 第106-110页 |
| 第四章: Patched同源基因家族的演化模式 | 第110-131页 |
| 4.1 引言 | 第110-111页 |
| 4.2 材料与方法 | 第111-113页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第111-112页 |
| 4.2.2 Patched同源基因的鉴定 | 第112页 |
| 4.2.3 基因家族系统发生树 | 第112页 |
| 4.2.4 协调树(reconciled tree)的构建 | 第112-113页 |
| 4.2.5 同义替换率及核苷酸差异度的计算 | 第113页 |
| 4.2.6 Patched同源基因在秀丽线虫染色体上的分布 | 第113页 |
| 4.3 结果 | 第113-125页 |
| 4.3.1 Patched同源基因数目及分类 | 第113-116页 |
| 4.3.2 Patched同源基因家族系统演化分析 | 第116-117页 |
| 4.3.3 Patched同源基因在线虫中的重复模式 | 第117-120页 |
| 4.3.4 Patched同源基因的外显子(exon)演化模式 | 第120-121页 |
| 4.3.5 直系同源基因在三个隐杆线虫属(Caenorhabditis)物种中的比较 | 第121-125页 |
| 4.4 讨论 | 第125-127页 |
| 4.4.1 Patched同源基因在线虫中的重复模式 | 第125-126页 |
| 4.4.2 Patched同源基因在线虫中的基因功能 | 第126-127页 |
| 4.5 小结 | 第127页 |
| 4.6 参考文献 | 第127-131页 |
| 全文结论 | 第131-132页 |
| 致谢 | 第132-134页 |
| 攻读博士期间科研成果 | 第134-135页 |
| 附录A | 第135-148页 |
| 附录B | 第148-167页 |
