| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-26页 |
| 1.1 论文研究内容 | 第14-15页 |
| 1.2 土壤重金属污染 | 第15-16页 |
| 1.2.1 土壤重金属 | 第15页 |
| 1.2.2 重金属对植物的伤害 | 第15页 |
| 1.2.3 重金属对人体的危害 | 第15-16页 |
| 1.3 水稻对重金属元素的吸收及抗性机制 | 第16-18页 |
| 1.3.1 不同品种对重金属元素吸收的差异 | 第16页 |
| 1.3.2 水稻不同器官对重金属元素吸收的差异 | 第16-17页 |
| 1.3.3 水稻对不同重金属元素吸收的差异 | 第17页 |
| 1.3.4 植物对重金属胁迫的抗性机制 | 第17-18页 |
| 1.4 水稻耐亚铁毒、锌毒和铝毒胁迫的研究进展 | 第18-21页 |
| 1.4.1 水稻耐亚铁毒胁迫的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4.2 水稻耐锌毒胁迫的研究进展 | 第19页 |
| 1.4.3 水稻耐铝毒胁迫研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4.4 水稻耐亚铁毒、锌毒和铝毒胁迫相关的基因 | 第20-21页 |
| 1.5 全基因组关联分析研究进展 | 第21-24页 |
| 1.5.1 全基因组关联分析 | 第21页 |
| 1.5.2 GWAS分析的优势 | 第21-22页 |
| 1.5.3 GWAS在水稻中的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.5.4 GWAS分析中处理群体结构的方法 | 第23页 |
| 1.5.5 GWAS分析方法的局限性 | 第23-24页 |
| 1.6 BSA法挖掘候选基因 | 第24-26页 |
| 1.6.1 混合群体分离分析法 | 第24-25页 |
| 1.6.2 BSA法的优势及应用 | 第25-26页 |
| 第二章 关联分析定位水稻苗期耐亚铁毒和锌毒的QTL | 第26-42页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-28页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第26页 |
| 2.1.2 水稻苗期耐亚铁毒和锌毒的表型鉴定 | 第26页 |
| 2.1.3 地上部Fe2+和Zn2+含量的测定 | 第26-27页 |
| 2.1.4 表型数据分析 | 第27页 |
| 2.1.5 基因型数据分析 | 第27-28页 |
| 2.1.6 关联分析及候选基因确定 | 第28页 |
| 2.2 结果与分析 | 第28-39页 |
| 2.2.1 SNP基因型与群体结构 | 第28-30页 |
| 2.2.2 群体苗期耐亚铁毒和锌毒的表现 | 第30-32页 |
| 2.2.3 耐亚铁毒相关性状的QTL定位 | 第32-35页 |
| 2.2.4 耐锌毒相关性状的QTL定位 | 第35-36页 |
| 2.2.5 耐亚铁毒和锌毒重要QTL的候选基因分析 | 第36-39页 |
| 2.3 讨论 | 第39-42页 |
| 2.3.1 耐亚铁毒和锌毒QTL的遗传重叠 | 第39-40页 |
| 2.3.2 与前人定位到耐亚铁毒和锌毒的QTL或基因比较 | 第40页 |
| 2.3.3 耐亚铁毒和锌毒重要QTL候选基因的确定 | 第40-41页 |
| 2.3.4 本研究中GWAS定位的思考 | 第41页 |
| 2.3.5 对水稻耐亚铁毒和锌毒育种的启示 | 第41-42页 |
| 第三章 关联分析定位水稻苗期和芽期耐铝毒的QTL | 第42-52页 |
| 3.1 材料与方法 | 第42页 |
| 3.1.1 材料和700KSNP | 第42页 |
| 3.1.2 水稻苗期耐铝毒的表型鉴定 | 第42页 |
| 3.1.3 水稻芽期耐铝毒的表型鉴定 | 第42页 |
| 3.1.4 数据分析 | 第42页 |
| 3.2 结果与分析 | 第42-50页 |
| 3.2.1 群体苗期和芽期耐铝毒胁迫相关性状的表现 | 第42-44页 |
| 3.2.2 苗期耐铝毒相关性状间的相关 | 第44-45页 |
| 3.2.3 苗期耐铝毒相关性状的QTL定位 | 第45-47页 |
| 3.2.4 芽期耐铝毒相关性状的QTL定位 | 第47-48页 |
| 3.2.5 耐铝毒重要QTL的候选基因分析 | 第48-50页 |
| 3.3 讨论 | 第50-52页 |
| 3.3.1 耐铝毒相关QTL的遗传重叠 | 第50-51页 |
| 3.3.2 耐铝毒重要QTL候选基因的确定 | 第51页 |
| 3.3.3 与前人定位到耐铝毒相关QTL的比较 | 第51-52页 |
| 第四章 BSA法定位耐铝毒的候选基因 | 第52-64页 |
| 4.1 材料方法 | 第52-54页 |
| 4.1.1 材料 | 第52页 |
| 4.1.2 耐铝毒的表型鉴定 | 第52页 |
| 4.1.3 DNA提取 | 第52-53页 |
| 4.1.4 文库构建 | 第53页 |
| 4.1.5 QC分析 | 第53-54页 |
| 4.1.6 混池SNP频率差异分析 | 第54页 |
| 4.2 结果与分析 | 第54-62页 |
| 4.2.1 亲本及F2群体在铝毒胁迫下的表现 | 第54-55页 |
| 4.2.2 测序数据统计结果 | 第55-56页 |
| 4.2.3 抗感池测序结果 | 第56-57页 |
| 4.2.4 双亲在候选基因上的序列差异 | 第57-59页 |
| 4.2.5 双亲在Nrat1上的序列差异 | 第59-60页 |
| 4.2.6 利用3K材料验证候选基因 | 第60-62页 |
| 4.3 讨论 | 第62-64页 |
| 第五章 耐重金属相关基因的单倍型分析 | 第64-70页 |
| 5.1 材料与方法 | 第64页 |
| 5.1.1 材料 | 第64页 |
| 5.1.2 耐重金属胁迫的表型鉴定 | 第64页 |
| 5.1.3 单倍型获取与筛选 | 第64页 |
| 5.2 结果与分析 | 第64-68页 |
| 5.2.1 种质资源在亚铁毒和锌毒胁迫下的表现 | 第64-65页 |
| 5.2.2 单倍型分析结果 | 第65-68页 |
| 5.3 讨论 | 第68-70页 |
| 第六章 重金属抗感材料的转录组分析 | 第70-80页 |
| 6.1 材料与方法 | 第70-71页 |
| 6.1.1 材料 | 第70页 |
| 6.1.2 耐重金属胁迫的表型鉴定 | 第70页 |
| 6.1.3 总RNA提取 | 第70页 |
| 6.1.4 样品检测及文库构建 | 第70-71页 |
| 6.1.5 序列比对 | 第71页 |
| 6.1.6 差异表达基因分析 | 第71页 |
| 6.2 结果与分析 | 第71-78页 |
| 6.2.1 极端材料的表型 | 第71-72页 |
| 6.2.2 测序原始数据统计及比对 | 第72-73页 |
| 6.2.3 差异表达基因的相关性分析 | 第73-74页 |
| 6.2.4 抗感材料间的差异表达基因分析 | 第74-76页 |
| 6.2.5 差异表达基因的聚类分析和GO富集分析 | 第76-78页 |
| 6.2.6 本研究中候选基因的差异表达分析 | 第78页 |
| 6.3 讨论 | 第78-80页 |
| 第七章 全文结论 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-92页 |
| 附表 | 第92-106页 |
| 附图 | 第106-110页 |
| 附录 | 第110-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 作者简介 | 第117页 |
