| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-23页 |
| 1.星状病毒简介 | 第12页 |
| 2.星状病毒的命名和分类 | 第12-13页 |
| 3.星状病毒的形态特征和理化性质 | 第13-14页 |
| 4.星状病毒的基因结构 | 第14-15页 |
| 5.星状病毒的病理学 | 第15-16页 |
| 5.1 临床症状 | 第15-16页 |
| 5.2 组织病变 | 第16页 |
| 5.3 致病机理 | 第16页 |
| 6.星状病毒的诊断 | 第16-19页 |
| 6.1 直接电镜法 | 第16-17页 |
| 6.2 免疫电镜法 | 第17页 |
| 6.3 酶联免疫技术 | 第17页 |
| 6.4 免疫荧光技术 | 第17页 |
| 6.5 分子探针技术 | 第17页 |
| 6.6 反转录PCR | 第17-18页 |
| 6.7 免疫胶体金技术 | 第18页 |
| 6.8 环介导等温扩增技术 | 第18页 |
| 6.9 荧光定量PCR技术 | 第18-19页 |
| 7.星状病毒的细胞培养 | 第19-20页 |
| 7.1 人星状病毒的细胞培养 | 第19-20页 |
| 7.2 动物星状病毒的细胞培养 | 第20页 |
| 8. CDNA末端快速扩增技术 | 第20-21页 |
| 9. 研究目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 猪星状病毒RT-PCR检测方法的建立和应用 | 第23-33页 |
| 1.试验材料和仪器设备 | 第23-24页 |
| 1.1 样品采集 | 第23页 |
| 1.2 试剂 | 第23页 |
| 1.3 主要的仪器和设备 | 第23-24页 |
| 2.试验方法和步骤 | 第24-29页 |
| 2.1 引物设计 | 第24页 |
| 2.2 样品处理及RNA的提取 | 第24-25页 |
| 2.2.1 粪便样品的处理 | 第24页 |
| 2.2.2 肠组织样品的处理 | 第24页 |
| 2.2.3 RNA提取 | 第24-25页 |
| 2.3 反转录（RT） | 第25页 |
| 2.4 PCR扩增 | 第25-26页 |
| 2.5 琼脂糖凝胶电泳 | 第26页 |
| 2.6 PCR反应条件优化 | 第26页 |
| 2.6.1 退火温度优化 | 第26页 |
| 2.7 H片段的胶回收 | 第26-27页 |
| 2.8 H片段回收产物的鉴定 | 第27页 |
| 2.9 H片段的T-A克隆 | 第27-28页 |
| 2.9.1 H片段与pMD18-T载体连接 | 第27页 |
| 2.9.2 连接产物的转化 | 第27页 |
| 2.9.3 重组菌的扩大培养 | 第27-28页 |
| 2.9.4 重组菌液的鉴定 | 第28页 |
| 2.11 H片段的测序 | 第28页 |
| 2.12 PCR扩增效率检测 | 第28-29页 |
| 2.12.1 质粒提取 | 第28页 |
| 2.12.2 标准品的建立 | 第28-29页 |
| 2.13 RT-PCR检测方法的应用 | 第29页 |
| 3.试验结果 | 第29-32页 |
| 3.1 重组菌液的PCR结果 | 第29页 |
| 3.2 H片段测序结果 | 第29-30页 |
| 3.3 退火温度优化结果 | 第30页 |
| 3.4 敏感性检测结果 | 第30-31页 |
| 3.5 江西各地区商业猪群中猪星状病毒感染率检测结果 | 第31-32页 |
| 4.讨论 | 第32-33页 |
| 第三章 猪星状病毒JXJA株和JXZS株全基因组测序 | 第33-59页 |
| 1.试验材料和仪器设备 | 第33-34页 |
| 1.1 样品采集 | 第33页 |
| 1.2 试剂 | 第33页 |
| 1.3 仪器和设备 | 第33-34页 |
| 1.4 溶液和培养基的配制 | 第34页 |
| 2.试验方法和步骤 | 第34-46页 |
| 2.1 引物设计 | 第34-36页 |
| 2.2 样品RNA的提取 | 第36页 |
| 2.2.1 样品的处理 | 第36页 |
| 2.2.2 病毒RNA的提取 | 第36页 |
| 2.3 两株病毒基因组各片段的扩增 | 第36-39页 |
| 2.3.1 JXJA-1、JXJA-2、JXJA-3、JXJA-4、JXJA-5 的反转录 | 第36-37页 |
| 2.3.2 JXZS-1、JXZS-2、JXZS-3、JXZS-4 的反转录 | 第37页 |
| 2.3.3 JXJA-1、JXJA-2、JXJA-3、JXJA-4、JXJA-5 的PCR扩增 | 第37-38页 |
| 2.3.4 JXZS-1、JXZS-2、JXZS-3、JXZS-4 的PCR扩增 | 第38-39页 |
| 2.4 两株病毒全基因组各片段的克隆和测序 | 第39-41页 |
| 2.4.1 全长扩增片段的回收和纯化 | 第39页 |
| 2.4.2 回收产物与载体连接 | 第39页 |
| 2.4.3 连接产物的转化 | 第39-40页 |
| 2.4.4 重组菌液的扩大培养 | 第40页 |
| 2.4.5 重组菌液的PCR鉴定 | 第40页 |
| 2.4.6 测序 | 第40-41页 |
| 2.5 3’末端的扩增和测序 | 第41-43页 |
| 2.5.1 第一条cDNA链的合成 | 第41页 |
| 2.5.2 3’末端的PCR扩增 | 第41-42页 |
| 2.5.3 3’RACE产物的胶回收 | 第42页 |
| 2.5.4 回收产物与载体连接 | 第42页 |
| 2.5.6 回收产物的克隆和转化 | 第42页 |
| 2.5.7 3’end片段的测序 | 第42-43页 |
| 2.6 5’RACE | 第43-46页 |
| 2.6.1 引物设计 | 第43页 |
| 2.6.2 病毒RNA准备 | 第43页 |
| 2.6.3 第一条cDNA链的合成 | 第43-44页 |
| 2.6.4 末端PCR扩增 | 第44页 |
| 2.6.5 5’RACE产物的回收 | 第44-45页 |
| 2.6.6 RACE产物的无缝克隆（In-Fusion Clone） | 第45-46页 |
| 3.试验结果 | 第46-47页 |
| 3.1 JXJA株全长各片段扩增结果 | 第46-47页 |
| 3.2 JXZS株全长各片段扩增电泳结果 | 第47页 |
| 4.猪星状病毒JXJA株和JXZS株基因组全长序列分析 | 第47-58页 |
| 4.1 JXJA株和JXZS株同源性分析 | 第48-51页 |
| 4.2 测序株与参考株同源性分析 | 第51-53页 |
| 4.2.1 测序株与参考株全基因组同源性 | 第51-53页 |
| 4.3 测序株与参考株进化树分析 | 第53-57页 |
| 4.3.1 全长进化树分析 | 第53-55页 |
| 4.3.2 ORF1ab 和 ORF2 进化树分析 | 第55-57页 |
| 4.4 衣壳蛋白（ORF2）分析 | 第57-58页 |
| 5.小结与讨论 | 第58-59页 |
| 全文总结 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
