| 中文摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 缩略词说明 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-43页 |
| 1 遗传多样性的概念及畜禽遗传资源保护 | 第14-18页 |
| 1.1 遗传多样性的概念 | 第14-15页 |
| 1.2 畜禽遗传资源保护 | 第15-18页 |
| 1.2.1 畜禽遗传资源保种理论 | 第16页 |
| 1.2.2 畜禽遗传资源保种方法 | 第16-18页 |
| 2 我国地方鸭种起源及品种资源概况 | 第18-43页 |
| 2.1 我国地方鸭品种起源与进化 | 第18页 |
| 2.2 我国地方鸭品种遗传资源概况 | 第18-20页 |
| 2.3 地方鸭品种遗传多样性及群体结构研究进展 | 第20-29页 |
| 2.3.1 形态水平遗传多样性与群体结构 | 第22页 |
| 2.3.2 细胞水平遗传多样性与群体结构 | 第22-23页 |
| 2.3.3 生化水平遗传多样性与群体结构 | 第23-24页 |
| 2.3.4 分子水平遗传多样性与群体结构 | 第24-29页 |
| 2.4 SSR标记及其在家禽遗传育种研究中的应用 | 第29-38页 |
| 2.4.1 SSR DNA的发现、结构及分布 | 第29-30页 |
| 2.4.2 SSR DNA多态性形成的机制及研究方法 | 第30-32页 |
| 2.4.3 SSR标记的优点 | 第32-33页 |
| 2.4.4 SSR标记研究的方法 | 第33-34页 |
| 2.4.5 SSR标记在畜禽遗传育种研究中的应用 | 第34-37页 |
| 2.4.6 SSR标记的缺陷与不足 | 第37-38页 |
| 2.5 mtDNA的遗传多样性与群体结构分析 | 第38-40页 |
| 2.6 系统发育树构建方法 | 第40-41页 |
| 2.6.1 非加权组平均法(UPGMA) | 第40页 |
| 2.6.2 最小二乘法(LS) | 第40页 |
| 2.6.3 最小进化法(ME) | 第40页 |
| 2.6.4 邻接法(NJ) | 第40-41页 |
| 2.6.5 最大简约法(MP) | 第41页 |
| 2.6.6 最大似然法(ML) | 第41页 |
| 2.7 本研究的目的与意义 | 第41-43页 |
| 第二章 基于STR分型技术分析我国部分地方鸭品种遗传多样性与群体结构 | 第43-76页 |
| 1 材料与方法 | 第43-50页 |
| 1.1 样本采集 | 第43-44页 |
| 1.2 SSR引物选择 | 第44页 |
| 1.3 主要仪器与试剂 | 第44-45页 |
| 1.3.1 主要仪器设备 | 第44页 |
| 1.3.2 主要试剂 | 第44-45页 |
| 1.4 主要溶液的配制 | 第45页 |
| 1.5 鸭基因组总DNA提取 | 第45页 |
| 1.6 PCR反应体系及程序的优化 | 第45-46页 |
| 1.7 PCR产物检测 | 第46-47页 |
| 1.7.1 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第46页 |
| 1.7.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳及硝酸银染色 | 第46-47页 |
| 1.8 基于丙烯酰胺凝胶的基因型判定 | 第47页 |
| 1.9 荧光引物的筛选与组合 | 第47页 |
| 1.10 多色PCR扩增产物ABI-3730XL DNA Analyzer检测 | 第47页 |
| 1.11 统计原理与基因型判定方法 | 第47-50页 |
| 1.11.1 统计原理 | 第47-49页 |
| 1.11.2 基因型判定方法 | 第49-50页 |
| 1.12 聚类方法 | 第50页 |
| 2 结果 | 第50-73页 |
| 2.1 基因组DNA的提取 | 第50-51页 |
| 2.2 普通PCR扩增产物PAGE电泳检测 | 第51-52页 |
| 2.3 筛选的标记引物及其组合 | 第52-53页 |
| 2.4 荧光PCR产物的STR分型 | 第53-54页 |
| 2.5 所选SSR座位的遗传参数 | 第54-55页 |
| 2.6 引物在单个群体中的群体遗传学参数 | 第55-57页 |
| 2.6.1 等位基因数 | 第55页 |
| 2.6.2 多态信息含量 | 第55-56页 |
| 2.6.3 杂合度 | 第56页 |
| 2.6.4 优势等位基因及频率 | 第56页 |
| 2.6.5 特有等位基因及频率 | 第56-57页 |
| 2.6.6 共有等位基因 | 第57页 |
| 2.7 F统计量 | 第57-58页 |
| 2.8 单个群体的遗传学参数分析 | 第58-59页 |
| 2.9 遗传距离与其初步应用 | 第59-63页 |
| 2.9.1 遗传距离 | 第59-60页 |
| 2.9.2 基于遗传距离的聚类分析 | 第60-61页 |
| 2.9.3 基于遗传距离的分化时间推测 | 第61-62页 |
| 2.9.4 基于遗传距离的杂种优势预测 | 第62-63页 |
| 2.10 PCA分析 | 第63-65页 |
| 2.11 群体结构分析 | 第65-73页 |
| 3 讨论 | 第73-76页 |
| 3.1 各群体的样本含量 | 第73页 |
| 3.2 SSR引物的选择及标记 | 第73-74页 |
| 3.3 群体遗传学参数与遗传距离 | 第74-75页 |
| 3.4 PCA与Structure程序分析 | 第75-76页 |
| 第三章 基于MTDNA D-LOOP区序列分析我国部分地方鸭品种的遗传结构 | 第76-88页 |
| 1 材料和方法 | 第76-77页 |
| 1.1 实验材料 | 第76页 |
| 1.2 实验方法 | 第76-77页 |
| 1.2.1 mt DNA提取 | 第76页 |
| 1.2.2 mtDNA D-loop区扩增 | 第76-77页 |
| 1.3 统计分析 | 第77页 |
| 2 结果与分析 | 第77-86页 |
| 2.1 mtDNA D-loop区扩增效果及测序结果 | 第77-78页 |
| 2.2 鸭mtDNA D-loop区的碱基组成 | 第78-79页 |
| 2.3 鸭mtDNAD-loop区遗传结构 | 第79-80页 |
| 2.4 鸭mtDNA D-loop区遗传多样性 | 第80-84页 |
| 2.5 聚类分析 | 第84-85页 |
| 2.6 Network网络图分析 | 第85-86页 |
| 3 讨论 | 第86-88页 |
| 第四章 基于COI基因序列分析我国部分地方鸭品种的遗传结构 | 第88-99页 |
| 1 材料与方法 | 第88-89页 |
| 1.1 实验材料 | 第88页 |
| 1.2 实验方法 | 第88-89页 |
| 1.2.1 mtDNA的提取 | 第88页 |
| 1.2.2 mtDNA COI基因的扩增 | 第88-89页 |
| 1.3 统计分析 | 第89页 |
| 2 结果 | 第89-97页 |
| 2.1 鸭COI基因扩增效果及测序结果 | 第89-90页 |
| 2.2 鸭COI基因的碱基组成 | 第90-91页 |
| 2.3 鸭COI基因的遗传多样性 | 第91-94页 |
| 2.4 聚类分析 | 第94-96页 |
| 2.5 Network网络图分析 | 第96-97页 |
| 3 讨论 | 第97-99页 |
| 第五章 巢湖鸭异地小群保种效果监测 | 第99-103页 |
| 1 材料和方法 | 第99页 |
| 1.1 实验材料 | 第99页 |
| 1.2 实验方法 | 第99页 |
| 1.2.1 血样采集与基因组DNA提取 | 第99页 |
| 1.2.2 SSR引物的选择与数据处理 | 第99页 |
| 2 结果与分析 | 第99-101页 |
| 2.1 荧光PCR扩增产物检测分型结果 | 第99-100页 |
| 2.2 保种群体与原产地群体优势等位基因的比较 | 第100页 |
| 2.3 保种群体与原产地群体He、PIC的比较 | 第100-101页 |
| 3 讨论 | 第101-103页 |
| 第六章 全文结论 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 附录 | 第114-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第121-123页 |
