| 符号说明 | 第4-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-25页 |
| 1.1 辣椒种植现状 | 第12页 |
| 1.2 植物根际促生细菌(PlantGrowth-promotingRhizobacteria,PGPR) | 第12-19页 |
| 1.2.1 PGPR改善植物营养 | 第13-15页 |
| 1.2.1.1 生物固氮 | 第13页 |
| 1.2.1.2 溶磷、解钾作用 | 第13-14页 |
| 1.2.1.3 产生铁载体 | 第14页 |
| 1.2.1.4 产生植物生长调节物质 | 第14-15页 |
| 1.2.2 PGPR拮抗病原菌 | 第15页 |
| 1.2.3 营养及空间竞争 | 第15-16页 |
| 1.2.4 PGPR菌株诱导植物的应答过程 | 第16-17页 |
| 1.2.4.1 诱导植物防御反应 | 第16-17页 |
| 1.2.4.2 增强植物耐受性 | 第17页 |
| 1.2.5 PGPR与植物互作 | 第17-19页 |
| 1.3 多粘类芽孢杆菌概述 | 第19-21页 |
| 1.3.1 多粘类芽孢杆菌的分类地位 | 第19-20页 |
| 1.3.2 多粘类芽孢杆菌促生机理及应用 | 第20-21页 |
| 1.3.2.1 作为植物根际促生菌和生防菌 | 第20页 |
| 1.3.2.2 作为潜在生物医药应用菌 | 第20-21页 |
| 1.3.2.3 作为工业应用菌 | 第21页 |
| 1.4 多粘类芽孢杆菌SC | 第21-22页 |
| 1.5 转录组学 | 第22-23页 |
| 1.6 本研究的意义、研究内容和技术路线 | 第23-25页 |
| 1.6.1 研究的意义 | 第23-24页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第24页 |
| 1.6.3 技术路线 | 第24-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-36页 |
| 2.1 材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 试验用土 | 第25页 |
| 2.1.2 供试辣椒 | 第25页 |
| 2.1.3 供试菌株 | 第25页 |
| 2.1.4 培养基 | 第25-26页 |
| 2.1.5 生化试剂 | 第26页 |
| 2.1.6 引物 | 第26页 |
| 2.1.7 主要仪器设备 | 第26-27页 |
| 2.1.8 主要溶液的配制 | 第27页 |
| 2.2 方法 | 第27-36页 |
| 2.2.1 菌剂的制备 | 第27页 |
| 2.2.2 辣椒育苗 | 第27页 |
| 2.2.3 盆栽试验设计 | 第27-28页 |
| 2.2.4 SC2对辣椒促生效果调查 | 第28页 |
| 2.2.5 土壤酶活的测定 | 第28-29页 |
| 2.2.6 无菌环境SC2和辣椒苗相互作用试验 | 第29页 |
| 2.2.7 辣椒根总RNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.8 SC2总RNA的提取 | 第30-31页 |
| 2.2.9 RNA反转录 | 第31页 |
| 2.2.10 实时荧光定量PCR | 第31-32页 |
| 2.2.11 辣椒根和SC2转录组测序分析 | 第32-36页 |
| 2.2.11.1 总RNA质量要求 | 第32页 |
| 2.2.11.2 OligodT富集mRNA | 第32页 |
| 2.2.11.3 片段化mRNA | 第32-33页 |
| 2.2.11.4 反转合成cDNA | 第33页 |
| 2.2.11.5 连接adaptor | 第33页 |
| 2.2.11.6 IlluminaHiseq上机测序 | 第33页 |
| 2.2.11.7 信息分析 | 第33-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-56页 |
| 3.1 新茬土试验SC2对辣椒的促生效果 | 第36-38页 |
| 3.1.1 不同处理时间辣椒农艺性状调查 | 第36-37页 |
| 3.1.2 土壤酶活的影响 | 第37-38页 |
| 3.2 重茬土试验SC2对辣椒的促生效果 | 第38-40页 |
| 3.2.1 不同处理时间辣椒农艺性状 | 第38-40页 |
| 3.2.2 辣椒根系活力的测量 | 第40页 |
| 3.3 辣椒和SC2互作时间的确定 | 第40-41页 |
| 3.4 辣椒和SC2互作20h转录组分析 | 第41-56页 |
| 3.4.1 辣椒和SC2总RNA质量分析 | 第41-42页 |
| 3.4.1.1 RNA纯度检测 | 第41-42页 |
| 3.4.1.2 RIN值检测 | 第42页 |
| 3.4.1.3 RNA完整性检测 | 第42页 |
| 3.4.2 转录组测序质量分析 | 第42-44页 |
| 3.4.3 SC2参考序列比对分析 | 第44页 |
| 3.4.4 辣椒转录组从头组装 | 第44-45页 |
| 3.4.5 与组装结果比对 | 第45页 |
| 3.4.6 表达差异分析 | 第45-51页 |
| 3.4.6.1 差异表达基因统计分析 | 第45-49页 |
| 3.4.6.2 差异基因可视化图 | 第49-50页 |
| 3.4.6.3 差异基因表达模式聚类 | 第50-51页 |
| 3.4.7 差异基因GO分析 | 第51-54页 |
| 3.4.7.1 差异基因GO分类统计 | 第51-52页 |
| 3.4.7.2 差异基因GO富集分析 | 第52-54页 |
| 3.4.8 差异基因KEGG通路富集分析 | 第54-56页 |
| 4 讨论 | 第56-60页 |
| 5 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-70页 |
| 附录 | 第70-108页 |
| 致谢 | 第108页 |