| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 前言 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-35页 |
| ·基因倍增的发生机制 | 第14-16页 |
| ·不平等交叉互换(Unequal crossing-over) | 第14页 |
| ·DNA的复制性转座(Duplicative transposition) | 第14-15页 |
| ·反转录转座(Retrotransposition) | 第15页 |
| ·全基因组倍增(Whole genome duplication) | 第15-16页 |
| ·倍增基因的进化命运 | 第16-21页 |
| ·剂量---负选择(CNV与疾病) | 第16-17页 |
| ·剂量---正选择假说 | 第17-18页 |
| ·假基因化(Pseudogenization) | 第18-19页 |
| ·亚功能化(Subfunctionalization) | 第19-20页 |
| ·新功能化(Neofunctionalization) | 第20-21页 |
| ·倍增基因的功能分化 | 第21-26页 |
| ·表达分化 | 第21-23页 |
| ·选择性剪切的分化 | 第23-24页 |
| ·氨基酸位点与功能分化 | 第24-25页 |
| ·蛋白质相互作用的分化 | 第25-26页 |
| ·参考文献 | 第26-35页 |
| 第二章 基因倍增后启动子TATA box的进化研究 | 第35-62页 |
| ·摘要 | 第35页 |
| ·引言 | 第35-37页 |
| ·材料与方法 | 第37-41页 |
| ·TATA-containing和TATA-less基因分类 | 第37页 |
| ·倍增基因和单拷贝基因的识别 | 第37-38页 |
| ·酵母基因家族祖先基因的TATA box状态推断 | 第38-40页 |
| ·酵母表达数据及倍增基因表达分化的定义 | 第40-41页 |
| ·酵母TATA-containing倍增基因的功能分析 | 第41页 |
| ·结果 | 第41-52页 |
| ·TATA box显著富集于倍增基因启动子中 | 第41-42页 |
| ·基因家族启动子TATA box的进化 | 第42-44页 |
| ·基因倍增后TATA box获得事件要频繁于失去事件 | 第44-45页 |
| ·TATA-containing倍增基因的功能偏好 | 第45-48页 |
| ·TATA box获得事件的进化时间 | 第48-50页 |
| ·基因倍增后启动子TATA box的获得加速了环境诱导的基因表达的不对称进化 | 第50-52页 |
| ·讨论 | 第52-56页 |
| ·倍增基因与环境胁迫应答 | 第53页 |
| ·TATA box和全基因组倍增 | 第53-54页 |
| ·祖先状态推断中的技术问题 | 第54-56页 |
| ·参考文献 | 第56-62页 |
| 第三章 倍增基因遗传调控网络进化研究 | 第62-82页 |
| ·摘要 | 第62页 |
| ·引言 | 第62-63页 |
| ·材料与方法 | 第63-70页 |
| ·酵母基因组eQTL数据 | 第63-67页 |
| ·酵母功能基因组学数据 | 第67-69页 |
| ·酵母倍增基因的识别 | 第69页 |
| ·倍增基因间的功能距离定义 | 第69-70页 |
| ·结果 | 第70-75页 |
| ·倍增基因比单拷贝基因具有更高的表达遗传率,在上位性与方向效应上无显著差别 | 第70-72页 |
| ·倍增基因的反式调控eQTL随进化时间不断分化 | 第72-73页 |
| ·倍增基因间的反式调控eQTL分化促使其快速的表达进化 | 第73-74页 |
| ·反式调控eQTL分化与其它功能分化参数的关系 | 第74-75页 |
| ·讨论 | 第75-78页 |
| ·eQTL分析中的一些说明 | 第76-77页 |
| ·倍增基因对的eQTL和转录模块分化 | 第77页 |
| ·倍增基因对的选择 | 第77-78页 |
| ·参考文献 | 第78-82页 |
| 第四章 倍增基因表观遗传调控进化研究 | 第82-101页 |
| ·摘要 | 第82页 |
| ·引言 | 第82-83页 |
| ·材料与方法 | 第83-85页 |
| ·人类与酵母的组蛋白修饰谱数据 | 第83-84页 |
| ·酵母染色质修饰因子与转录因子突变体的基因表达谱数据 | 第84页 |
| ·酵母反式和顺式调控元件数据 | 第84-85页 |
| ·蛋白质亚细胞定位和生物过程 | 第85页 |
| ·倍增基因的组蛋白修饰谱距离定义 | 第85页 |
| ·结果 | 第85-94页 |
| ·倍增基因具有更为相似的组蛋白修饰谱 | 第85-87页 |
| ·基因倍增后组蛋白修饰谱分化与编码序列进化 | 第87-88页 |
| ·组蛋白修饰以及相关蛋白酶对倍增基因表达分化的贡献 | 第88-89页 |
| ·其它调控因子与组蛋白修饰的关系 | 第89-92页 |
| ·基因的生物功能影响组蛋白修饰谱的进化 | 第92-94页 |
| ·讨论 | 第94-97页 |
| ·EC模型与倍增基因保留 | 第94-96页 |
| ·人类倍增基因的组蛋白修饰谱进化 | 第96-97页 |
| ·参考文献 | 第97-101页 |
| 第五章 倍增基因功能补偿效应相关研究 | 第101-111页 |
| ·引言 | 第101-102页 |
| ·材料与方法 | 第102页 |
| ·酵母基因敲除表型数据 | 第102页 |
| ·结果 | 第102-109页 |
| ·自然环境依赖的倍增基因功能补偿效应丢失假说 | 第102-105页 |
| ·基因网络-蛋白质功能假说 | 第105-109页 |
| ·参考文献 | 第109-111页 |
| 第六章 结论与展望 | 第111-113页 |
| 附录 | 第113-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第123-124页 |
